Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,870,939 – 1,871,038 |
Length | 99 |
Max. P | 0.622172 |
Location | 1,870,939 – 1,871,038 |
---|---|
Length | 99 |
Sequences | 6 |
Columns | 112 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 81.61 |
Mean single sequence MFE | -40.82 |
Consensus MFE | -26.12 |
Energy contribution | -29.01 |
Covariance contribution | 2.89 |
Combinations/Pair | 1.20 |
Mean z-score | -1.76 |
Structure conservation index | 0.64 |
SVM decision value | 0.18 |
SVM RNA-class probability | 0.622172 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 1870939 99 + 22224390 CUAGGUCCA-------CGCCUACGCCAACCCUUACGCCAGCCGUCACGCC---UA---CCGCCAGUGAUGGAGUGGCGGCCAAGAGCGUGAGGGUUACCCGGCACUCGUCGC .(((((...-------.))))).(((((((((((((((.((((((((...---..---...(((....))).))))))))...).)))))))))))....)))......... ( -43.90) >DroSec_CAF1 8264 99 + 1 CUAGGUCCA-------CGCCUACACCAACCCUUACGCCAGCCGUCACGCC---UA---CCGCCAGUGAUGGAGUGGCGGCCAAGAGCGUGAGGGUUACCCGGCACUCGUCGC .(((((...-------.)))))....((((((((((((.((((((((...---..---...(((....))).))))))))...).)))))))))))...((((....)))). ( -42.80) >DroSim_CAF1 3512 99 + 1 CUAGGUCCA-------CGCCUACGCCAACCCUUACGCCAGCCGUCACGCC---UA---CCGCCAGUGAUGGAGUGGCGGCCAAGAGCGUGAGGGUUACCCGGCACUCGUCGC .(((((...-------.))))).(((((((((((((((.((((((((...---..---...(((....))).))))))))...).)))))))))))....)))......... ( -43.90) >DroEre_CAF1 6884 96 + 1 CUAGGUCCA-------CACCUACGCCAACCCUUGCGCC---CGUCACGCC---CA---CCGCCAGCGAUGGAGUGGCGGCCAAGAGCGUGAGGGUUACACGGCACUCGUCGC .(((((...-------.))))).(((((((((..((((---((((((..(---((---.((....)).))).)))))))......)))..))))))....)))......... ( -42.10) >DroYak_CAF1 8842 99 + 1 CAAGGUCCA-------CACCUACGCCAACCCUUACGCCAGCUGUCACGCC---CA---CCGCCAGCGAUGGACUGGCGGCCAAGAGCGUGAGGGUUACCCGGCACUCGUCGC ..((((...-------.))))..(((((((((((((((.(((((((.(.(---((---.((....)).))).))))))))...).)))))))))))....)))......... ( -40.50) >DroMoj_CAF1 430 111 + 1 C-AGAUCGAUCAGACGAACCUUCGCCUCUGAUAACGGAAUGCGGCACUCCGCGCAGAACCUACUCCGAGGCACUGGCAGCAAAGAGUGUGCGCUUUACACGGCACUCGUCGC .-...((((((((((((....)))..))))))..)))...(((((.....((.(((..(((......)))..)))))......((((((.((.......))))))))))))) ( -31.70) >consensus CUAGGUCCA_______CACCUACGCCAACCCUUACGCCAGCCGUCACGCC___CA___CCGCCAGCGAUGGAGUGGCGGCCAAGAGCGUGAGGGUUACCCGGCACUCGUCGC .(((((...........))))).((((((((((((((..((((((((..............(((....))).)))))))).....)))))))))))....)))......... (-26.12 = -29.01 + 2.89)
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