Locus 6640

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 16,565,184 – 16,565,353
Length 169
Max. P 0.997236
window10848 window10849 window10850

overview

Window 8

Location 16,565,184 – 16,565,289
Length 105
Sequences 6
Columns 109
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.37
Mean single sequence MFE -44.88
Consensus MFE -37.44
Energy contribution -37.53
Covariance contribution 0.09
Combinations/Pair 1.27
Mean z-score -1.29
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 0.01
SVM RNA-class probability 0.539848
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16565184 105 + 22224390
-CU---UAGGUUUUGGCCGUUCUGGCUGUGAUUGGCGGUUCCCUGGCCGCUCCUCGUCCGGAUGUCAGCCAUCUGGCGGGAUACAGCUACCAGGCUGGUGGUUACAAUG
-..---(((.(.(..(((....((((((((...((((((......)))))).((((.(((((((.....))))))))))).))))))))...)))..).).)))..... ( -42.10)
>DroPse_CAF1 6060 106 + 1
UGAUUGCAGGUCUUGGCCUGCCUGGCGGUUAUCGGCGGUUCGCUGGCCGCUCCCCGUCCGGACGUGUCCCAUCUG---GGCUACCGCUACCAGGCAGGUGGCUACAACG
........((((...((((((((((((((....((((((......))))))....(((((((.(.....).))))---))).)))))...)))))))))))))...... ( -44.90)
>DroEre_CAF1 5121 105 + 1
-UU---AAGGCUUUGGCCGUUCUGGCUGUGAUUGGCGGUUCCCUGGCCGCUCCUCGUCCGGAUGUCAGCCAUCUGGCGGGAUACAGCUAUCAGGCUGGUGGCUACAACG
-..---..(((((..(((....((((((((...((((((......)))))).((((.(((((((.....))))))))))).))))))))...)))..).))))...... ( -46.10)
>DroYak_CAF1 5927 105 + 1
-CU---UAGGUUUUGGCCGUUCUGGCUGUGAUUGGCGGUUCUCUGGCCGCUCCUCGUCCGGAUGUCAGCCAUCUGGCGGGCUACAGCUACCAGGCUGGUGGCUACAACG
-..---...(((.(((((.....(((((((...((((((......)))))).((((.(((((((.....))))))))))).)))))))(((.....)))))))).))). ( -44.00)
>DroAna_CAF1 10308 106 + 1
UGA---UAGGUUUUGGCCUGUCUGGCUGUGAUCGGCGGCGCACUGGCUGCCCCCCGUCCGGAUGUUAGCCACUUGGCGGGAUACAGCUACCAGGCUGGCGGCUACAACG
((.---(((.(.(..(((((..((((((((...((((((......)))))).((((((.((.((.....)))).)))))).)))))))).)))))..).).)))))... ( -47.30)
>DroPer_CAF1 6325 106 + 1
UGAUUGCAGGUCUUGGCCUGCCUGGCGGUUAUCGGCGGUUCGCUGGCCGCUCCCCGUCCGGACGUGUCCCAUCUG---GGCUACCGCUACCAGGCAGGUGGCUACAACG
........((((...((((((((((((((....((((((......))))))....(((((((.(.....).))))---))).)))))...)))))))))))))...... ( -44.90)
>consensus
_GA___UAGGUUUUGGCCGGUCUGGCUGUGAUCGGCGGUUCCCUGGCCGCUCCCCGUCCGGAUGUCAGCCAUCUGGCGGGAUACAGCUACCAGGCUGGUGGCUACAACG
........(((((..(((....((((((((...((((((......)))))).((((.(((((((.....))))))))))).))))))))...)))..).))))...... (-37.44 = -37.53 +   0.09)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 9

Location 16,565,212 – 16,565,313
Length 101
Sequences 6
Columns 101
Reading direction forward
Mean pairwise identity 92.21
Mean single sequence MFE -46.68
Consensus MFE -44.90
Energy contribution -44.48
Covariance contribution -0.41
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -1.84
Structure conservation index 0.96
SVM decision value 2.82
SVM RNA-class probability 0.997236
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16565212 101 + 22224390
UGGCGGUUCCCUGGCCGCUCCUCGUCCGGAUGUCAGCCAUCUGGCGGGAUACAGCUACCAGGCUGGUGGUUACAAUGGCAACCUGGUGGCCAAUCAGGUGC
..((.(((...((((((((((.((.(((((((.....))))))))))))..(((((....)))))))))))).))).)).(((((((.....))))))).. ( -42.60)
>DroSec_CAF1 5044 101 + 1
UGGCGGUUCCCUUGCCGCUCCUCGUCCGGAUGUCAGCCAUCUGGCGGGAUACAGCUACCAGGCUGGUGGCUACAACGGCAACCUGGUGGCCAACCAGGUGC
.((((((......)))))).((((.(((((((.....)))))))))))....(((((((.....)))))))......(((.((((((.....))))))))) ( -47.20)
>DroSim_CAF1 5456 101 + 1
UGGCGGUUCCCUGGCCGCUCCUCGUCCGGAUGUCAGCCAUCUGGCGGGAUACAGCUACCAGGCUGGUGGCUACAACGGCAACCUGGUGGCCAACCAGGUGC
..((.(((...((((((((((.((.(((((((.....))))))))))))..(((((....)))))))))))).))).)).(((((((.....))))))).. ( -48.90)
>DroEre_CAF1 5149 101 + 1
UGGCGGUUCCCUGGCCGCUCCUCGUCCGGAUGUCAGCCAUCUGGCGGGAUACAGCUAUCAGGCUGGUGGCUACAACGGCAACCUGGUGGCCAACCAGGUGC
..((.(((...((((((((((.((.(((((((.....))))))))))))..(((((....)))))))))))).))).)).(((((((.....))))))).. ( -48.90)
>DroYak_CAF1 5955 101 + 1
UGGCGGUUCUCUGGCCGCUCCUCGUCCGGAUGUCAGCCAUCUGGCGGGCUACAGCUACCAGGCUGGUGGCUACAACGGCAACCUGGUGGCCAACCAGGUGA
..((.(((...(((((((..((((.(((((((.....)))))))))))...(((((....)))))))))))).))).)).(((((((.....))))))).. ( -47.80)
>DroAna_CAF1 10337 101 + 1
CGGCGGCGCACUGGCUGCCCCCCGUCCGGAUGUUAGCCACUUGGCGGGAUACAGCUACCAGGCUGGCGGCUACAACGGAGGCUUGGUGGCCAACCAGGUGG
.((((((......))))))..((....)).......((((((((..(......(((((((((((..((.......))..))))))))))))..)))))))) ( -44.70)
>consensus
UGGCGGUUCCCUGGCCGCUCCUCGUCCGGAUGUCAGCCAUCUGGCGGGAUACAGCUACCAGGCUGGUGGCUACAACGGCAACCUGGUGGCCAACCAGGUGC
..((.(((...(((((((..((((.(((((((.....)))))))))))...(((((....)))))))))))).))).)).(((((((.....))))))).. (-44.90 = -44.48 +  -0.41)

alignment

Postscript

secondary structure

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dotplot

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Window 0

Location 16,565,249 – 16,565,353
Length 104
Sequences 6
Columns 104
Reading direction forward
Mean pairwise identity 89.68
Mean single sequence MFE -41.27
Consensus MFE -34.86
Energy contribution -34.20
Covariance contribution -0.66
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -1.65
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 0.11
SVM RNA-class probability 0.587182
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16565249 104 + 22224390
CAUCUGGCGGGAUACAGCUACCAGGCUGGUGGUUACAAUGGCAACCUGGUGGCCAAUCAGGUGCUCAGUGCUCCCUUGACCACGGUGACCACCUCGUACCAGCC
.....(((.((.(((((((....))))(((((((((..((((((((((((.....)))))))((.....)).....)).)))..)))))))))..))))).))) ( -42.80)
>DroSec_CAF1 5081 104 + 1
CAUCUGGCGGGAUACAGCUACCAGGCUGGUGGCUACAACGGCAACCUGGUGGCCAACCAGGUGCUCAGUGCUCCCCUGACCACGGUGACCACCUCGUACCAGCC
...((((.((((((((((((((.....))))))).....((((.((((((.....))))))))))..))).))))........(((....))).....)))).. ( -40.60)
>DroSim_CAF1 5493 104 + 1
CAUCUGGCGGGAUACAGCUACCAGGCUGGUGGCUACAACGGCAACCUGGUGGCCAACCAGGUGCUCAGUGCUCCCCUGACCACGGUGACCACCUCGUACCAGCC
...((((.((((((((((((((.....))))))).....((((.((((((.....))))))))))..))).))))........(((....))).....)))).. ( -40.60)
>DroEre_CAF1 5186 104 + 1
CAUCUGGCGGGAUACAGCUAUCAGGCUGGUGGCUACAACGGCAACCUGGUGGCCAACCAGGUGCUCAGUGCUCCCCUGACCACGGUGUCCUCCUCGUAUCAGCC
.....((.(((((((.....(((((.((((((((((...(....)...)))))).))))((.((.....)).))))))).....)))))))))........... ( -39.60)
>DroYak_CAF1 5992 104 + 1
CAUCUGGCGGGCUACAGCUACCAGGCUGGUGGCUACAACGGCAACCUGGUGGCCAACCAGGUGAUCAGUGCUCCCCUGACCACGGUGACCACCUCGUAUCAGCC
(((((((..(((((((((((((.....))))))).....(....)...))))))..)))))))....(((.((....)).)))(((....)))........... ( -39.90)
>DroAna_CAF1 10374 98 + 1
CACUUGGCGGGAUACAGCUACCAGGCUGGCGGCUACAACGGAGGCUUGGUGGCCAACCAGGUGGUGAGCACCCCGG------UGGUGAGCACCUCGUACCAGCC
.....(((.((.(((.(((((((((((..((.......))..))))))))))).......(.((((..((((....------.))))..)))).)))))).))) ( -44.10)
>consensus
CAUCUGGCGGGAUACAGCUACCAGGCUGGUGGCUACAACGGCAACCUGGUGGCCAACCAGGUGCUCAGUGCUCCCCUGACCACGGUGACCACCUCGUACCAGCC
.....(((.((.(((.(((((((((.((.((.......)).)).))))))))).....(((((.(((.((............)).))).))))).))))).))) (-34.86 = -34.20 +  -0.66)

alignment

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Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:19:00 2006