| Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 16,533,713 – 16,533,805 |
| Length | 92 |
| Max. P | 0.700660 |
| Location | 16,533,713 – 16,533,805 |
|---|---|
| Length | 92 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 102 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 76.01 |
| Mean single sequence MFE | -38.95 |
| Consensus MFE | -20.83 |
| Energy contribution | -22.03 |
| Covariance contribution | 1.20 |
| Combinations/Pair | 1.30 |
| Mean z-score | -1.75 |
| Structure conservation index | 0.53 |
| SVM decision value | 0.35 |
| SVM RNA-class probability | 0.700660 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 16533713 92 - 22224390 --GCU-UGCC--CUUAGAGCUCCAGCUAAUGAGCUGGAGAUUCAGGCGGGCAGCCUGCUCCUUUCCAGCGGAGG-----AGUUCGCGUUCCAGUGGCCACCG --(((-((((--....(((((((((((....)))))))).))).))))))).((..((((((((.....)))))-----)))..))................ ( -39.30) >DroVir_CAF1 6236 96 - 1 AAUCU-AAUCCACACAGCACAUCGGCCAGCGUGCUGAGCAUCCGCGCCGGCAGCCUAGAUCGCUUCAGUGGGGGCAUGCUG-----GUCAAUGUGGCGGAAG .....-..(((.(....(((((.(((((((((((((.((......)))))).((((...((((....))))))))))))))-----))).)))))).))).. ( -38.70) >DroSec_CAF1 9323 92 - 1 --GUU-UGCC--CUUAGAGCUCCAGCUAACCAGCUGGAGAUUCAGGCGGGCAGCCUGCUCCUUUCCAGCGUCGG-----AGUUCGCGUUCCCGUGGCCACCG --...-.(((--....(((((((((((....)))))))).)))..(((((..((..(((((...........))-----)))..))...))))))))..... ( -37.50) >DroSim_CAF1 10211 92 - 1 --GUU-UGUC--CUUAGAGCUCCAGCUAACCAGCUGGAGAUUCAGGCGGGCAGCCUGCUCCUUUCCAGCGGCGG-----AGUUCGCGUUCCCGUGGCCACCG --(((-((.(--((..(((((((((((....)))))))).))))))))))).(((.(((.......))))))((-----.(..((((....))))..).)). ( -37.20) >DroEre_CAF1 2873 92 - 1 --GUC-UGCC--CGCAGCGCUCCAGCUAACCAGCUGGAGAUUCAGGCGGGCAGCCUGCUCCUUUCCAGCGGAGG-----AGUUCGCGUUCCAGUGGCCACCG --(((-((((--(((....((((((((....))))))))......)))))))((..((((((((.....)))))-----)))..))........)))..... ( -43.20) >DroYak_CAF1 6182 93 - 1 --AUUUUUCC--CACAGAGCACCAGCUAACCAGCUGGAGAUUCAGGCGGGCAGCCUGCUCCUCUCCAGCGGCGG-----AGUUCGCGUUCCAGUGGCCACCG --.......(--(((.((((.(.((((..((.((((((((..(((((.....)))))....))))))))))...-----)))).).))))..))))...... ( -37.80) >consensus __GUU_UGCC__CUCAGAGCUCCAGCUAACCAGCUGGAGAUUCAGGCGGGCAGCCUGCUCCUUUCCAGCGGCGG_____AGUUCGCGUUCCAGUGGCCACCG .......(((......((((.(.((((..((.((((((((..(((((.....)))))....))))))))...)).....)))).).))))....)))..... (-20.83 = -22.03 + 1.20)
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