Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 16,533,321 – 16,533,438 |
Length | 117 |
Max. P | 0.500000 |
Location | 16,533,321 – 16,533,438 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 6 |
Columns | 117 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 79.09 |
Mean single sequence MFE | -55.63 |
Consensus MFE | -37.66 |
Energy contribution | -35.83 |
Covariance contribution | -1.83 |
Combinations/Pair | 1.40 |
Mean z-score | -1.12 |
Structure conservation index | 0.68 |
SVM decision value | -0.06 |
SVM RNA-class probability | 0.500000 |
Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 16533321 117 - 22224390 CAUCCCAAGGAUAAGGGUGCCUGCUACGGGGAUUCCGGUGGUCCGGCCACCUACCAGGGCAAACUGGUCGGCUUGGCCAGUUUCGUCAUCGGUGGCUGCGGACGAGCUGCGCCCGAU .((((...))))..((((((..(((.(((.....)))...(((((((((((......((((((((((((.....))))))))).)))...))))))..))))).))).))))))... ( -54.70) >DroVir_CAF1 3993 117 - 1 CAUGGCGCCAAUCUGGGCGCCUGCCAUGGCGACUCUGGUGGACCAGCUGUCUAUGGGGGCCGUCUCGUCGGCGUCGCCAGUUUUGUGUUGGGCGGCUGCGGCCGCGAGGCCCCCGAU ...((((((......)))))).((....))(((.((((....))))..)))..((((((((...(((.((((((.(((.((((......))))))).)).))))))))))))))).. ( -59.70) >DroSec_CAF1 8931 117 - 1 CAUCCCAAGGAUAAGGGUGCCUGCUACGGCGAUUCCGGUGGUCCGGCCACCUACCAGGGCAAAUUGGUCGGCGUCGCCAGUUUCGUCAUCGGUGCCUGCGGACGAUCUGCGCCCGAU .((((...))))..((((((.......((((((.(((((((.....))))).(((((......))))).)).))))))((..(((((..(((...)))..))))).))))))))... ( -47.20) >DroEre_CAF1 2481 117 - 1 CAUCCCAAGAAUAAGGGUGCCUGCUACGGGGAUUCCGGCGGUCCGGCCACCUACCAGGGCAAACUGGUCGGCUUGGCCAGUUUCGUGAUCGGUGGCUGUGGACGUGCUGCGCCCGAU ..............((((((..((..(((.....)))(((..(((((((((...((.((..((((((((.....)))))))))).))...)))))))).)..))))).))))))... ( -50.80) >DroYak_CAF1 5790 117 - 1 CAUCCCAAGGACAAGGGCGCCUGCUACGGCGACUCCGGCGGCCCGGCCACCUACCAGGGCAAGCUGGUCGGCCUGGCCAGCUUCGUGCUCGGCGGCUGCGGACGAGCUGCGCCCGAU ..(((...)))...((((((..(((.((.....((((.(((((.((((....(((((......))))).))))..((((((.....))).))))))))))))))))).))))))... ( -54.90) >DroMoj_CAF1 3705 117 - 1 CAUGGCGCCAAUCUGGGUGCCUGCCACGGCGACUCCGGCGGACCGGCUGUCUACGAGGGUCGCCUCGUAGGCGUGGCCAGCUUUGUGCUGGGCGCCUGCGGCCGGGAAGCGCCCGAC ...((((((......)))))).(((..((((((((((..((((.....)))).)).))))))))..((((((((..(((((.....))))))))))))))))((((.....)))).. ( -66.50) >consensus CAUCCCAAGAAUAAGGGUGCCUGCUACGGCGACUCCGGCGGUCCGGCCACCUACCAGGGCAAACUGGUCGGCGUGGCCAGUUUCGUGAUCGGCGGCUGCGGACGAGCUGCGCCCGAU ..............(((((((((((..((.....))))))).(((((((((.(((((......))))).(((...)))............)))))))).)........))))))... (-37.66 = -35.83 + -1.83)
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