Locus 6625

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 16,515,422 – 16,515,529
Length 107
Max. P 0.500000
window10824

overview

Window 4

Location 16,515,422 – 16,515,529
Length 107
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.23
Mean single sequence MFE -34.53
Consensus MFE -22.69
Energy contribution -23.05
Covariance contribution 0.36
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -1.08
Structure conservation index 0.66
SVM decision value -0.07
SVM RNA-class probability 0.500000
Prediction OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16515422 107 - 22224390
AACAUAUUCCUA----UAU----UUU-----UAGAUUUUCCUGGAGUUGUGGAAGCGUAAGUGUGCCGGCUACUCGUAUCGAUGGGGCACCAUUGAGAUGAGCAGCCUGGACAAGCCGCG
......((((.(----((.----(((-----(((......)))))).)))))))(((....(((.(.((((.(((((.(((((((....))))))).))))).)))).).)))...))). ( -39.80)
>DroPse_CAF1 2111 115 - 1
AGCAUAGCUCUUAAGCUAUUCCGUUG-----CAGAUCUUCCUGGAGCUGUGGAAGCGCAAAUGUGCUGGCUACUCGUACCGAUGGGGCACCAUCGAGAUGAGCAGCCUGGACAAGCCGCG
.((((((((....))))))(((.(..-----(((.(((....))).)))..).(((((....)))))((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).)))......)). ( -46.60)
>DroGri_CAF1 2489 102 - 1
--GG--UAAC-G----UUC----CUU-----UAGAUCUUUCUGGAGUUGUGGAAGCGUAAGUGUGCUGGCUAUUCGUAUCGUUGGGGCACCAUUGAGAUGAGCAGCUUGGAUAAACCGCG
--..--....-.----...----(((-----((((....)))))))..((((..((....))((.(.((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).)))).).))...)))). ( -29.30)
>DroWil_CAF1 2209 106 - 1
A--AUGUUUCAC----UUU---GUUU-----CAGAUCUUUCUCGAAUUGUGGAAACGUAAGUGUGCUGGCUACUCGUAUCGUUGGGGCACCAUAGAAAUGAGCAGCCUGGACAAACCGCG
.--...((((((----...---((((-----.(((....))).)))).)))))).(((...(((.(.((((.(((((.((..(((....)))..)).))))).)))).).)))....))) ( -31.80)
>DroMoj_CAF1 2617 102 - 1
--CA--UCUC-C----UCG----UUU-----UAGAUAUUUCUGGAACUGUGGAAGCGUCGAUGUGCUGGUCUAUCCUAUCGCUGGGGCACCAUUGAGAUGAGCAGCUUGGAUAAGCCGCG
--((--((((-.----..(----(((-----((((....)))))))).((((..((.(((..(((.(((......))).)))))).)).)))).)))))).((.((((....)))).)). ( -30.50)
>DroAna_CAF1 2085 110 - 1
--CUUAUCCCUC----UUU----CUCUCCUGCAGAUCUUCCUGGAGCUGUGGAAACGCAAGUGUGCUGGCUAUUCCUACCGCUGGGGCACCAUCGAAAUGAGCAGCCUGGACAAGCCGCG
--..........----...----...(((.((((.(((....))).)))))))..(((...(((.(.((((.(((....((.(((....))).))....))).)))).).)))....))) ( -29.20)
>consensus
__CAUAUCUCUC____UUU____UUU_____CAGAUCUUCCUGGAGCUGUGGAAGCGUAAGUGUGCUGGCUACUCGUAUCGAUGGGGCACCAUUGAGAUGAGCAGCCUGGACAAGCCGCG
...............................(((......))).....((((..((....))((.(.((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).)))).).))...)))). (-22.69 = -23.05 +   0.36)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:18:37 2006