Locus 6624

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 16,512,456 – 16,512,576
Length 120
Max. P 0.834080
window10823

overview

Window 3

Location 16,512,456 – 16,512,576
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.83
Mean single sequence MFE -52.68
Consensus MFE -43.26
Energy contribution -43.98
Covariance contribution 0.72
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -1.63
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 0.73
SVM RNA-class probability 0.834080
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16512456 120 + 22224390
GGCUGGAGCAGCACUGGUGGCCAUCGAGGCGGUGGCGUUGCGCACAGCUCCUCGGGAGGCGGUCGCCAGAGGUUGCUCCGCAUUAUCCUCAUUGCUGCUGACACUGGACUCAGGAGGAUU
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>DroSec_CAF1 82 120 + 1
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>DroSim_CAF1 120 120 + 1
GGCUGGAGCAGCACUGGUGGCCAUCGAGGCGGUGGCGUUGCGCACAGCUCCUCGGGAGGCGGUCGCCAGAGGUUGCUCCGUAUUAUCCUCAUUGCUGCUGACACUGGACUCAGUAGGAAU
....((((((((.(((((((((.((((((.(.(((((...))).)).).)))))).....)))))))))..))))))))...........(((.(((((((........))))))).))) ( -56.10)
>DroEre_CAF1 82 120 + 1
UGCUGGAACAGCACUGGUGGGCACAGAGGCGGAGGUGUUGCGCACAACUCCUCGGGAGGCGGUCCCCGUAGGUUGCUCCGUAUAAUUCUCAAUGCUGCUGACACUGGAAUCAGACGGAUU
(((((...)))))(((((.((((((((((((((((((.....)))....(((((((........)))).)))...))))))......)))..)).)))).)).(((....))).)))... ( -38.20)
>DroYak_CAF1 121 120 + 1
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>consensus
GGCUGGAGCAGCACUGGUGGCCAUCGAGGCGGUGGCGUUGCGCACAGCUCCUCGGGAGGCGGUCGCCAGAGGUUGCUCCGUAUUAUCCUCAUUGCUGCUGACACUGGACUCAGAAGGAUU
.((.((((((((.(((((((((.((((((.(.(((((...))).)).).)))))).....)))))))))..)))))))))).........(((.((.((((........)))).)).))) (-43.26 = -43.98 +   0.72)

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