Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 16,503,050 – 16,503,151 |
Length | 101 |
Max. P | 0.628711 |
Location | 16,503,050 – 16,503,151 |
---|---|
Length | 101 |
Sequences | 6 |
Columns | 103 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 79.41 |
Mean single sequence MFE | -37.98 |
Consensus MFE | -23.52 |
Energy contribution | -25.50 |
Covariance contribution | 1.98 |
Combinations/Pair | 1.27 |
Mean z-score | -1.56 |
Structure conservation index | 0.62 |
SVM decision value | 0.20 |
SVM RNA-class probability | 0.628711 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 16503050 101 + 22224390 AGAGUGCUCUCAGCGAACGCUGCGUUCAAGUUACCGGCCAACUGGGGCUGAUCCUGCGCCACACUGGUCAUGGCCACCACAUUGGCGGAGGAAUUGCUCUU-- (((((....((((((((((...)))))......((((....)))).)))))((((.(((((...((((....))))......))))).))))...))))).-- ( -39.40) >DroPse_CAF1 96 98 + 1 AGGGUGCUCUCGGCGAAGGCUGCAUUGAGAUUGCCCGCCAGCUGCGGCUGCUCUUCCUCGACAAUGGUCAUGGCCA---AGUUCAUCGAUUUCUUGCUCAG-- .((((.(((.((((....))))....)))...))))(((......))).((......((((...((((....))))---......))))......))....-- ( -28.10) >DroSec_CAF1 74 101 + 1 AGAGUGCUCUCAGCGAACGCUGCGUUCAAGUUACCGGCCAACUGGGGCUGAUCCUGCGCCACACUGGUCAUGGUCACCACAUUGGCGGAGGAAUUGCUCUU-- (((((....((((((((((...)))))......((((....)))).)))))((((.(((((...((((.......))))...))))).))))...))))).-- ( -39.10) >DroEre_CAF1 74 101 + 1 AGAGUGCUCUCUGCGAACGCUGCGUUCAAAUUGCCGGCCAACUGUGGCUGAUCCUGCGCCACACUGGUCAUGGCCACCACGUUGGCGGAGGAAUUGCUCUU-- (((((((.....))(((((...))))).......((((((....)))))).((((.(((((.((((((.......)))).))))))).))))...))))).-- ( -37.80) >DroYak_CAF1 74 101 + 1 AGAGUGCUCUCAGCGAACGCUGCGUUCAAGUUCCCAGCCAACUGGGGCUGAUCCUGCGCCACACUGGUCAUGGCCACCACAUUGGCGGAGGAAUUACUCUU-- ((((((...((((((((((...))))).....(((((....))))))))))((((.(((((...((((....))))......))))).))))..)))))).-- ( -43.50) >DroMoj_CAF1 89 97 + 1 AGUGUGCUCUCCGCAAAGGCGGCAUUCAGAUUGCCGGCCAACUGUGGCUGCGACCGCUCCACGCUGGUCAUGGCCACGGC------CAAUGAUUUGCUCGGAU .........(((((((((((((((.......)))).)))..((((((((..((((((.....)).))))..)))))))).------......)))))..))). ( -40.00) >consensus AGAGUGCUCUCAGCGAACGCUGCGUUCAAAUUGCCGGCCAACUGGGGCUGAUCCUGCGCCACACUGGUCAUGGCCACCACAUUGGCGGAGGAAUUGCUCUU__ .((((.....((((....))))............(((((......))))).((((.(((((...((((....))))......))))).))))...)))).... (-23.52 = -25.50 + 1.98)
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