Locus 6617

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	16,495,628 – 16,495,748
Length	120
Max. P	0.872341

overview

Window 8

Location	16,495,628 – 16,495,748
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	76.83
Mean single sequence MFE	-48.98
Consensus MFE	-26.53
Energy contribution	-27.71
Covariance contribution	1.17
Combinations/Pair	1.35
Mean z-score	-2.03
Structure conservation index	0.54
SVM decision value	0.88
SVM RNA-class probability	0.872341
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16495628 120 + 22224390
CCUGCUGCGAGCAACCGAGGUGCUGAUAAAGGCGGCACAAUCUUUGCCCAUGCUCCAGAUAAAGCUGUGCAUGUCCACGGUUGCCAAACCGAAUGGCACGAGCCAACAUGGCCAGCGAAU
..(((((.(.(((((((..((((((.......))))))......((..(((((..(((......))).)))))..))))))))))...(((..((((....))))...))).)))))... ( -42.60)
>DroVir_CAF1 5329 120 + 1
CAUACUGGGAGCAGCCCAGCUGCUGGUAGAGCCGGCACAGGCGCUGCGCCUGCUCCAAAUAGAGCUGGGCGUGCUGUGCAUUGCGAAACUCCGUCGCCUUGGCCAGCAUGGCCAGCAUGU
.......((((((((.((((((((((.....)))))).....)))).).))))))).......(((((.(((((((.((...((((.......))))....))))))))).))))).... ( -59.50)
>DroPse_CAF1 5767 120 + 1
CAUUCUGGGAGCAUCCGAGCUUCUGAUACAGUCGGCACAGCCUCUGGGCCUGCUCCAAAAAGAGCUCCGCAUGCAUCCGAUUGCCAAACUGUGUGGCCUUGGCCAGCAUGGCCAGCAAAU
....(((((((((((.(((((..(.....(((.(((.(((...))).))).))).....)..))))).).)))).)))....((((...(((.((((....))))))))))))))..... ( -40.80)
>DroYak_CAF1 4549 120 + 1
CCUGCUGGGAGCAACCGAGGUGCUGAUAGAGGCGGCACAAUCUUUGGCCCUGCUCCAGAUAAAGCUGUGCAUGGGUACGGUUGCCAAAUCGGGUGGCACACGCCAACAUGGCCAGCGAAU
..(((((((.(((((((..((((((.......))))))........(((((((..(((......))).))).)))).))))))))...(((..((((....))))...)))))))))... ( -48.70)
>DroMoj_CAF1 5634 120 + 1
CGUAUUGGGAGCAGCCCAGCUGCUGGUAGAGCCGGCACAGGCGCUGCGCCUGCUCCAGGUAGAGCUGGGCAUGCUGUGCAUUCCGGAACUCCGUUGCCUUGGCCAGCAUGGCCAGCAUAU
..(((..((((((((.((((((((((.....)))))).....)))).).)))))))..)))..(((((.(((((((.((.(..(((....)))..).....))))))))).))))).... ( -59.00)
>DroPer_CAF1 3680 120 + 1
CAUUCUGGGAGCAUCCGAGCUUCUGGUACAGUCGGCACAGCCUCUGGGCCUGCUCCAAAAAGAGCUCCGCAUGCAGCCGAUUGCCAAACUGUGUUGCCUUGGCCAGCAUGGCCAGCAGAU
....(..(((((......)))))..)..((((((((...(((....)))..((((......))))..........))))))))..........((((..(((((.....))))))))).. ( -43.30)
>consensus
CAUACUGGGAGCAACCGAGCUGCUGAUAGAGCCGGCACAGCCUCUGCGCCUGCUCCAAAUAGAGCUGCGCAUGCAGACGAUUGCCAAACUGCGUGGCCUUGGCCAGCAUGGCCAGCAAAU
.......((((((((.((((((((((.....)))))...))))).))...)))))).......((((..(((((........((((.......))))........)))))..)))).... (-26.53 = -27.71 +   1.17)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	16,495,628 – 16,495,748
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	76.83
Mean single sequence MFE	-49.47
Consensus MFE	-22.97
Energy contribution	-23.89
Covariance contribution	0.92
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-1.98
Structure conservation index	0.46
SVM decision value	0.16
SVM RNA-class probability	0.611604
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16495628 120 - 22224390
AUUCGCUGGCCAUGUUGGCUCGUGCCAUUCGGUUUGGCAACCGUGGACAUGCACAGCUUUAUCUGGAGCAUGGGCAAAGAUUGUGCCGCCUUUAUCAGCACCUCGGUUGCUCGCAGCAGG
....(((((((....((((....))))...)))..((((((((.((.(((((.(((......)))..)))))((((.......))))((........)).)).))))))))..))))... ( -45.90)
>DroVir_CAF1 5329 120 - 1
ACAUGCUGGCCAUGCUGGCCAAGGCGACGGAGUUUCGCAAUGCACAGCACGCCCAGCUCUAUUUGGAGCAGGCGCAGCGCCUGUGCCGGCUCUACCAGCAGCUGGGCUGCUCCCAGUAUG
.((((((((...(((((((....((((.......))))...)).))))).((((((((((...((((((.(((((((...))))))).))))))..)).)))))))).....)))))))) ( -62.50)
>DroPse_CAF1 5767 120 - 1
AUUUGCUGGCCAUGCUGGCCAAGGCCACACAGUUUGGCAAUCGGAUGCAUGCGGAGCUCUUUUUGGAGCAGGCCCAGAGGCUGUGCCGACUGUAUCAGAAGCUCGGAUGCUCCCAGAAUG
.....(((((((.((((((....)))....))).))))....(((.((((.(.(((((((...((.((..(((.(((...))).)))..)).))..)).))))).))))))))))).... ( -43.80)
>DroYak_CAF1 4549 120 - 1
AUUCGCUGGCCAUGUUGGCGUGUGCCACCCGAUUUGGCAACCGUACCCAUGCACAGCUUUAUCUGGAGCAGGGCCAAAGAUUGUGCCGCCUCUAUCAGCACCUCGGUUGCUCCCAGCAGG
....(((((.((.(((((.(((...)))))))).))(((((((..(((.(((.(((......)))..)))))).........((((...........))))..)))))))..)))))... ( -40.80)
>DroMoj_CAF1 5634 120 - 1
AUAUGCUGGCCAUGCUGGCCAAGGCAACGGAGUUCCGGAAUGCACAGCAUGCCCAGCUCUACCUGGAGCAGGCGCAGCGCCUGUGCCGGCUCUACCAGCAGCUGGGCUGCUCCCAAUACG
......(((((.....)))))..(((.(((....)))...)))..((((.((((((((((...((((((.(((((((...))))))).))))))..)).))))))))))))......... ( -58.00)
>DroPer_CAF1 3680 120 - 1
AUCUGCUGGCCAUGCUGGCCAAGGCAACACAGUUUGGCAAUCGGCUGCAUGCGGAGCUCUUUUUGGAGCAGGCCCAGAGGCUGUGCCGACUGUACCAGAAGCUCGGAUGCUCCCAGAAUG
.((((.(((((.....))))).((((..((((((.((((..(((((...((.((.(((((....)))))...))))..))))))))))))))).((........)).))))..))))... ( -45.80)
>consensus
AUUUGCUGGCCAUGCUGGCCAAGGCCACACAGUUUGGCAAUCGACAGCAUGCACAGCUCUAUCUGGAGCAGGCCCAGAGACUGUGCCGACUCUACCAGCAGCUCGGAUGCUCCCAGAAUG
....((((..(((((........((((.......))))........)))))..)))).......(((((((((.(((...))).))).......((........)).))))))....... (-22.97 = -23.89 +   0.92)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:18:24 2006