Locus 6615

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 16,491,986 – 16,492,146
Length 160
Max. P 0.572951
window10805 window10806

overview

Window 5

Location 16,491,986 – 16,492,106
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.94
Mean single sequence MFE -53.63
Consensus MFE -35.06
Energy contribution -37.15
Covariance contribution 2.09
Combinations/Pair 1.27
Mean z-score -1.37
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 0.08
SVM RNA-class probability 0.572951
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16491986 120 + 22224390
AGCGGGUCAACGAGAUUGGCGAGCAGGUGGCGCCAUCUGAGGCUGUGUACUCCGUUGCCCAGGCACUGGAUGCGGCCAGUCGCUUGGGUUAUCCGGUGAUGGCCCGUGCUGCCUUCUCCC
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>DroVir_CAF1 1562 120 + 1
AGCGUGUCAAUGAGAUUGGCGAACGUGUGGCGCCAUCCGAGGCGGUGUAUACCGUGGCCGAGGCCCUGGAUGCAGCCGGCCGCUUAGGUUAUCCGGUGAUGGCACGUGCCGCCUUCUCGU
.........((((((..((((.((((((.(((((......((((((((((.(((.(((....))).)))))))).)).))).....((....)))))).).))))))..)))).)))))) ( -53.20)
>DroPse_CAF1 1581 120 + 1
AGCGCGUCAACGAUAUUGGGGAGCAGGUGGCGCCAUCGGAGGCCGUCUAUUCGGUGGCCGAGGCUCUGGAGGCGGCCGGCCGUCUCGGCUAUCCGGUGAUGGCCAGGGCCGCCUUCUCGC
.((.(.((((.....)))).).))....((.(((.((((..((((......))))..))))))).))(((((((((((((((((((((....)))).)))))))..)))))))))).... ( -63.20)
>DroGri_CAF1 1581 120 + 1
AGCGUGUCAAUGAGAUUGGCGAACAGGUGGCACCAUCGGAGGCCGUCUAUACGGUUGCCGAGGCAAUCGAGGCAGCCAAUCGUAUCGGUUAUCCGGUAAUGGCACGCGCCGCCUUCUCGC
.((((((((....(((((((...(((..(((..(....)..)))..))...(((((((....))))))).)...))))))).((((((....)))))).))))))))............. ( -52.10)
>DroWil_CAF1 4515 120 + 1
AGCGAGUGAAUGAGAUUGGUGAGCAGGUCGCACCAUCGGAAGCGGUUAACACAGUGGCCGAGGCAUUGGCUGCAGCCAAUCGUCUUGGUUAUCCCGUAAUGGCGCGUGCCGCCUUCUCUC
...........((((..((((.(((.(.(((.....(((..(.(.....).).(((((((((((((((((....)))))).))))))))))).))).....)))).))))))).)))).. ( -48.20)
>DroAna_CAF1 831 120 + 1
AUCGCGUCAACGAGAUUGGCGAGCAAGUGGCGCCCUCGGAAGCGGUCUACUCCGUGGCGGAGGCCCUGGAGGCGGCCAGUCGUCUGGGCUAUCCUGUGAUGGCCAGAGCUGCCUUCUCUC
...........((((..(((.(((...(((((((..(((..((((......))))(((....))))))..))).))))....(((((.(((((....)))))))))))))))).)))).. ( -50.70)
>consensus
AGCGCGUCAACGAGAUUGGCGAGCAGGUGGCGCCAUCGGAGGCGGUCUACACCGUGGCCGAGGCACUGGAGGCAGCCAGUCGUCUCGGUUAUCCGGUGAUGGCCCGUGCCGCCUUCUCGC
.....(((((.....)))))(((.((((((((((((((((.((((......))))(((((((((.((((......))))..))))))))).)))...))))))....))))))).))).. (-35.06 = -37.15 +   2.09)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 16,492,026 – 16,492,146
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.00
Mean single sequence MFE -57.48
Consensus MFE -37.53
Energy contribution -36.07
Covariance contribution -1.47
Combinations/Pair 1.36
Mean z-score -1.57
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 0.00
SVM RNA-class probability 0.534286
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16492026 120 + 22224390
GGCUGUGUACUCCGUUGCCCAGGCACUGGAUGCGGCCAGUCGCUUGGGUUAUCCGGUGAUGGCCCGUGCUGCCUUCUCCCUGGGCGGACUGGGUUCCGGGUUCGCCAACAACGAGGAGGA
(((((((...((((.(((....))).)))))))))))....((.(((((((((....))))))))).))..(((((((....((((((((.(....).))))))))......))))))). ( -58.70)
>DroVir_CAF1 1602 120 + 1
GGCGGUGUAUACCGUGGCCGAGGCCCUGGAUGCAGCCGGCCGCUUAGGUUAUCCGGUGAUGGCACGUGCCGCCUUCUCGUUGGGCGGCCUGGGCUCCGGGUUUGCCAACAACGAGCAGGA
((((((((.(((((((((((..((.......))...)))))))...((....))))))...)))).)))).(((.(((((((((((((((((...))))).)))))..))))))).))). ( -58.40)
>DroPse_CAF1 1621 120 + 1
GGCCGUCUAUUCGGUGGCCGAGGCUCUGGAGGCGGCCGGCCGUCUCGGCUAUCCGGUGAUGGCCAGGGCCGCCUUCUCGCUGGGCGGCCUGGGCUCUGGCUUUGCCAACAACGAACAGGA
(((((((...((((((((((((((.((((......))))..)))))))))).)))).))))))).(((((((((.......))))))))).(((.........))).............. ( -64.40)
>DroGri_CAF1 1621 120 + 1
GGCCGUCUAUACGGUUGCCGAGGCAAUCGAGGCAGCCAAUCGUAUCGGUUAUCCGGUAAUGGCACGCGCCGCCUUCUCGCUGGGUGGCCUGGGCUCCGGGUUCGCCAACAAUGAGCAGGA
((((((((...(((((((....))))))))))).((((....((((((....)))))).))))..).))).(((.((((.((((((((((((...))))).)))))..)).)))).))). ( -52.50)
>DroMoj_CAF1 1603 120 + 1
GGCGGUCUAUACCGUGGCCGAGGCCCUUGAGGCAGCCGGCCGCUUGGGCUAUCCGGUGAUGGCACGCGCUGCCUUCUCAUUGGGCGGCCUGGGCUCCGGCUUCGCCAACAACGAAAACGA
((((((((.....(.(((....))))...))))((((((..(((..((((..(((((((.((((.....))))...)))))))..))))..))).)))))).)))).............. ( -58.40)
>DroAna_CAF1 871 120 + 1
AGCGGUCUACUCCGUGGCGGAGGCCCUGGAGGCGGCCAGUCGUCUGGGCUAUCCUGUGAUGGCCAGAGCUGCCUUCUCUCUCGGCGGAUUGGGUUCCGGCUUCGCCAACAAUGAGCAGGA
.((((......)).(((((((((((..((((((((((((....)))(((((((....)))))))...)))))))))......)))(((......)))..)))))))).......)).... ( -52.50)
>consensus
GGCGGUCUAUACCGUGGCCGAGGCCCUGGAGGCAGCCAGCCGCUUGGGCUAUCCGGUGAUGGCACGCGCCGCCUUCUCGCUGGGCGGCCUGGGCUCCGGCUUCGCCAACAACGAGCAGGA
(((.((((...(((.(((....))).))))))).)))((((.....))))...((.((.((((....(((((((.......)))))))((((...))))....)))).)).))....... (-37.53 = -36.07 +  -1.47)

alignment

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secondary structure

Postscript

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