Locus 6610

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 16,486,214 – 16,486,414
Length 200
Max. P 0.939684
window10796 window10797 window10798

overview

Window 6

Location 16,486,214 – 16,486,334
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.67
Mean single sequence MFE -51.96
Consensus MFE -44.42
Energy contribution -45.26
Covariance contribution 0.84
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.55
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 0.73
SVM RNA-class probability 0.833903
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16486214 120 - 22224390
CCCUGACCAGGGCGGGCUCCACACUGGCCGCUAUGUACAUACCGUAUGUCUGAAUGCUCUCCUCGGCGUUCAACAGAUUGGCCAGCCGCUGGGCCAUGAGGGUCCGCAGGUGGCGUCGCA
((((....))))..(((.((((.(((((((...((((((((...))))).((((((((......)))))))))))...)))))))..((.(((((.....)))))))..)))).)))... ( -49.00)
>DroSec_CAF1 24353 120 - 1
CCCUGACCAGGGCGGGCUCCACACUGGCCGCUAUGUACAUGCCGUACGUCUGAAUGCUCUCCUCGGCGUUCAGCAGAUUGGCCAGUCGCUGGGCCAUCAGGGUCCGCAGGUGGCGUCGCA
((((....))))..(((.(((((((((((.....((((.....))))(.(((((((((......)))))))))).....))))))).((.(((((.....)))))))..)))).)))... ( -54.30)
>DroSim_CAF1 21462 120 - 1
CCCUGACCAGGGCGGGCUCCACACUGGCCGCUAUGUACAUGCCGUACGUCUGAAUGCUCUCCUCGGCGUUCAGCAGAUUGGCCAGUCGCUGGGCCAUGAGGGUCCGCAGGUGGCGUCGCA
((((....))))..(((.(((((((((((.....((((.....))))(.(((((((((......)))))))))).....))))))).((.(((((.....)))))))..)))).)))... ( -54.30)
>DroEre_CAF1 15204 120 - 1
CCCUGACCAGGGCGGGCUCCACACUGGACGCUAUGUACAUGCCGUACGUCUGAAUGCUCUCCUCGGCGUUCAGCAGAUUGGCCAGCCGCUGGGCCAUGAGGCUCCUCAGGUGGCGUCUCA
......(((((((.((((.....(((......((((((.....))))))(((((((((......))))))))))))...)))).))).))))((((((((....))))..))))...... ( -46.80)
>DroYak_CAF1 16370 120 - 1
CCCUGACCAGGGCGGGCUCCACACUGGCCGCUAUGUACAUGCCGUACGUCUGAAUGCUCUCCUCGGCGUUCAGCAUAUUGGCCAGUCGCUGGGCCAUGAGACUCCUCAGGUGGCGUCUCA
((((....))))..(((.((((((((((((.(((((((.....))))(.(((((((((......))))))))))))).)))))))).).)))))).((((((.((......)).)))))) ( -55.40)
>consensus
CCCUGACCAGGGCGGGCUCCACACUGGCCGCUAUGUACAUGCCGUACGUCUGAAUGCUCUCCUCGGCGUUCAGCAGAUUGGCCAGUCGCUGGGCCAUGAGGGUCCGCAGGUGGCGUCGCA
((((....))))..(((.((((.((((((...((((((.....))))))(((((((((......)))))))))......)))))).....(((((.....)))))....)))).)))... (-44.42 = -45.26 +   0.84)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 7

Location 16,486,294 – 16,486,414
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 97.00
Mean single sequence MFE -50.39
Consensus MFE -44.08
Energy contribution -44.32
Covariance contribution 0.24
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.64
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 1.01
SVM RNA-class probability 0.899360
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16486294 120 + 22224390
AUGUACAUAGCGGCCAGUGUGGAGCCCGCCCUGGUCAGGGACAUUCUGGUGCACGCCAUCGAGGACGUGUACUUCCAUCGACCGCUGGAGAAGCUGGUGCAGCAGCUGGAGCAACUGUAC
..(((((((((((((((.((((...)))).)))))).((........((((((((((.....)).))))))))........))))))....(((((......)))))........))))) ( -45.19)
>DroSec_CAF1 24433 120 + 1
AUGUACAUAGCGGCCAGUGUGGAGCCCGCCCUGGUCAGGGACAUUCUGGUGCACGCCAUCGAGGACGUGUACUUCCAUCGCCCGCAGGAGAAGCUGGUCCAGCAGCUGGAGCAACUGUAC
..((((...((((((((.((((...)))).)))))).(((.......((((((((((.....)).)))))))).......)))))......((.((.(((((...))))).)).)))))) ( -48.84)
>DroSim_CAF1 21542 120 + 1
AUGUACAUAGCGGCCAGUGUGGAGCCCGCCCUGGUCAGGGACAUUCUGGUGCACGCCAUCGAGGACGUGUACUUCCAUCGCCCGCUGGAGAAGCUGGUCCAGCAGCUGGAGCAACUGUAC
..((((.((((((((((.((((...)))).)))))).(((.......((((((((((.....)).)))))))).......)))))))....((.((.(((((...))))).)).)))))) ( -50.64)
>DroEre_CAF1 15284 120 + 1
AUGUACAUAGCGUCCAGUGUGGAGCCCGCCCUGGUCAGGGACAUUCUGGUGCACGCCAUUGAGGACGUGUAUUUCCAUCGGCCGCUGGAGAAGCUGGUCCAGCAGCUGGAGCAGCUGUAC
..((((.(((((.((...((((((...(((((....)))).)......(((((((((.....)).))))))))))))).)).)))))....(((((.(((((...))))).))))))))) ( -48.90)
>DroYak_CAF1 16450 120 + 1
AUGUACAUAGCGGCCAGUGUGGAGCCCGCCCUGGUCAGGGACAUUCUGGUGCACGCCAUUGAGGACGUGUACUUCCAUCGGCCGCUGGAGAAGCUGGUCCAGCAGCUGGAGCAGCUGUAC
..((((.((((((((...(((((....(((((....)))).).....((((((((((.....)).))))))))))))).))))))))....(((((.(((((...))))).))))))))) ( -58.40)
>consensus
AUGUACAUAGCGGCCAGUGUGGAGCCCGCCCUGGUCAGGGACAUUCUGGUGCACGCCAUCGAGGACGUGUACUUCCAUCGCCCGCUGGAGAAGCUGGUCCAGCAGCUGGAGCAACUGUAC
..(((((..((..((((((((((....(((((....)))).).....((((((((((.....)).))))))))))))).....((((((........)))))).))))).))...))))) (-44.08 = -44.32 +   0.24)

alignment

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secondary structure

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Window 8

Location 16,486,294 – 16,486,414
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 97.00
Mean single sequence MFE -46.60
Consensus MFE -42.92
Energy contribution -43.80
Covariance contribution 0.88
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -1.54
Structure conservation index 0.92
SVM decision value 1.28
SVM RNA-class probability 0.939684
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16486294 120 - 22224390
GUACAGUUGCUCCAGCUGCUGCACCAGCUUCUCCAGCGGUCGAUGGAAGUACACGUCCUCGAUGGCGUGCACCAGAAUGUCCCUGACCAGGGCGGGCUCCACACUGGCCGCUAUGUACAU
(((((........(((((......))))).....((((((((.((((.((.((((((......)))))).))..(..((.((((....))))))..)))))...)))))))).))))).. ( -42.40)
>DroSec_CAF1 24433 120 - 1
GUACAGUUGCUCCAGCUGCUGGACCAGCUUCUCCUGCGGGCGAUGGAAGUACACGUCCUCGAUGGCGUGCACCAGAAUGUCCCUGACCAGGGCGGGCUCCACACUGGCCGCUAUGUACAU
(((((...((.((((.((.((((...(((..(((((((((.((((...((.((((((......)))))).)).....))))))))..)))))..)))))))))))))..))..))))).. ( -45.10)
>DroSim_CAF1 21542 120 - 1
GUACAGUUGCUCCAGCUGCUGGACCAGCUUCUCCAGCGGGCGAUGGAAGUACACGUCCUCGAUGGCGUGCACCAGAAUGUCCCUGACCAGGGCGGGCUCCACACUGGCCGCUAUGUACAU
(((((...((.((((((((((((........))))))))..(.((((.((.((((((......)))))).))..(..((.((((....))))))..)))))).))))..))..))))).. ( -45.60)
>DroEre_CAF1 15284 120 - 1
GUACAGCUGCUCCAGCUGCUGGACCAGCUUCUCCAGCGGCCGAUGGAAAUACACGUCCUCAAUGGCGUGCACCAGAAUGUCCCUGACCAGGGCGGGCUCCACACUGGACGCUAUGUACAU
(((((...(((((((((((((((........))))))))).(.((((....((((((......)))))).....(..((.((((....))))))..))))))..)))).))..))))).. ( -47.60)
>DroYak_CAF1 16450 120 - 1
GUACAGCUGCUCCAGCUGCUGGACCAGCUUCUCCAGCGGCCGAUGGAAGUACACGUCCUCAAUGGCGUGCACCAGAAUGUCCCUGACCAGGGCGGGCUCCACACUGGCCGCUAUGUACAU
(((((((((.(((((...))))).))))......((((((((.((((.((.((((((......)))))).))..(..((.((((....))))))..)))))...)))))))).))))).. ( -52.30)
>consensus
GUACAGUUGCUCCAGCUGCUGGACCAGCUUCUCCAGCGGCCGAUGGAAGUACACGUCCUCGAUGGCGUGCACCAGAAUGUCCCUGACCAGGGCGGGCUCCACACUGGCCGCUAUGUACAU
(((((((((.(((((...))))).))))......((((((((.((((.((.((((((......)))))).))..(..((.((((....))))))..)))))...)))))))).))))).. (-42.92 = -43.80 +   0.88)

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