Locus 6609

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 16,476,021 – 16,476,163
Length 142
Max. P 0.981207
window10793 window10794 window10795

overview

Window 3

Location 16,476,021 – 16,476,126
Length 105
Sequences 6
Columns 118
Reading direction forward
Mean pairwise identity 75.24
Mean single sequence MFE -38.78
Consensus MFE -14.47
Energy contribution -16.34
Covariance contribution 1.87
Combinations/Pair 1.25
Mean z-score -2.19
Structure conservation index 0.37
SVM decision value 0.30
SVM RNA-class probability 0.677348
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16476021 105 + 22224390
CAGCUAUAACACGCAGCUCCAGAACUGC-------GAUCUGCAGCCCAACCAUCAGGCAGCCGUCGAUGGACUGCUGCGAUUG------UCGCCGCAGCUACCGGAGGGCAGCUAUCA
.((((.......((((.((((....)).-------)).)))).((((..(((((.(((....))))))))...((((((....------....)))))).......)))))))).... ( -40.80)
>DroVir_CAF1 24890 111 + 1
CAGCUACGACAGCGCCACCAAGGGCUGCACACUGCAAACGGCCGCCGAGCGU-------GCGGACAGCGGGCAACUGCAGCUGCAUCUGGCGCCACAGCUGCUGCCGGGCAGCUACCA
..((.....((((.((.....))))))......))....(((.(((.((.((-------((((...((((....))))..))))))))))))))..(((((((....))))))).... ( -47.10)
>DroSec_CAF1 14231 105 + 1
CAGCUAUAACACGCAGCUCCAGAACUGC-------GAUCUGCAGCCCAACCAUCAGGCAGCCGUCGAUGGACUGCUGCGUCUG------UCCCCACAGCUACCCGAGGGCAGCUACCA
.((((.......((((.((((....)).-------)).)))).((((.........(((((.(((....))).)))))(.(((------(....))))).......)))))))).... ( -36.20)
>DroSim_CAF1 11414 105 + 1
CAGCUAUAACACGCAGCUCCAGAACUGC-------GAUCUGCAGCCCAACCAUCAGGCAGCCGUCGAUGGACUGCUGCGACUG------UCGCCGCAGCUACCCGAGGGCAGCUAUCA
.((((.......((((.((((....)).-------)).)))).((((..(((((.(((....))))))))...((((((....------....)))))).......)))))))).... ( -40.80)
>DroEre_CAF1 5093 105 + 1
CAGCUACAACACGCAGCUCCAAAACUGC-------GAUUUGCAGCCUAACCAUCAGGCAGCCGUCGACGGACUGCUCCGACUC------GCGCCCCAGCUACCCGAGGGCAGCUAUCA
.((((......(((((........))))-------).......((((.......)))).(((.(((.((((....))))....------((......))....))).))))))).... ( -33.00)
>DroYak_CAF1 5950 105 + 1
CAGCUAUAACACUCAGAUCCAGAACUGC-------GAUCUGCAGUCCAAGCAUCAAACAGCCGUCGUUGAACAACUUCGACUC------GCGCCCCAGCUGCCCGAGGGCAGCUAUGA
..(((.....(((((((((((....)).-------)))))).)))...))).(((....((((..((((((....)))))).)------).))...(((((((....))))))).))) ( -34.80)
>consensus
CAGCUAUAACACGCAGCUCCAGAACUGC_______GAUCUGCAGCCCAACCAUCAGGCAGCCGUCGAUGGACUGCUGCGACUG______GCGCCACAGCUACCCGAGGGCAGCUAUCA
.((((.......((((.((................)).)))).((((........((((((((....))).)))))...............((....)).......)))))))).... (-14.47 = -16.34 +   1.87)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 4

Location 16,476,021 – 16,476,126
Length 105
Sequences 6
Columns 118
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 75.24
Mean single sequence MFE -48.18
Consensus MFE -29.64
Energy contribution -30.70
Covariance contribution 1.06
Combinations/Pair 1.35
Mean z-score -2.22
Structure conservation index 0.62
SVM decision value 1.88
SVM RNA-class probability 0.981207
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16476021 105 - 22224390
UGAUAGCUGCCCUCCGGUAGCUGCGGCGA------CAAUCGCAGCAGUCCAUCGACGGCUGCCUGAUGGUUGGGCUGCAGAUC-------GCAGUUCUGGAGCUGCGUGUUAUAGCUG
..((((((((.((((((.((((((((((.------....))).(((((((((((.(((....))).))).))))))))....)-------))))))))))))..))).)))))..... ( -47.70)
>DroVir_CAF1 24890 111 - 1
UGGUAGCUGCCCGGCAGCAGCUGUGGCGCCAGAUGCAGCUGCAGUUGCCCGCUGUCCGC-------ACGCUCGGCGGCCGUUUGCAGUGUGCAGCCCUUGGUGGCGCUGUCGUAGCUG
...(((((((..((((((.((....))(((...(((((((((((.((.((((((..(..-------..)..)))))).)).))))))).))))(((...))))))))))))))))))) ( -51.80)
>DroSec_CAF1 14231 105 - 1
UGGUAGCUGCCCUCGGGUAGCUGUGGGGA------CAGACGCAGCAGUCCAUCGACGGCUGCCUGAUGGUUGGGCUGCAGAUC-------GCAGUUCUGGAGCUGCGUGUUAUAGCUG
..(((((((((.((((((((((((.((..------..(((......)))..)).)))))))))))).)))..)))))).((((-------((((((....))))))).)))....... ( -48.50)
>DroSim_CAF1 11414 105 - 1
UGAUAGCUGCCCUCGGGUAGCUGCGGCGA------CAGUCGCAGCAGUCCAUCGACGGCUGCCUGAUGGUUGGGCUGCAGAUC-------GCAGUUCUGGAGCUGCGUGUUAUAGCUG
....(((((((....)))))))(((((..------..))))).(((((((((((.(((....))).))).)))))))).((((-------((((((....))))))).)))....... ( -46.70)
>DroEre_CAF1 5093 105 - 1
UGAUAGCUGCCCUCGGGUAGCUGGGGCGC------GAGUCGGAGCAGUCCGUCGACGGCUGCCUGAUGGUUAGGCUGCAAAUC-------GCAGUUUUGGAGCUGCGUGUUGUAGCUG
........(((.(((((((((((.(((..------..)))(((....))).....))))))))))).)))..((((((((..(-------((((((....)))))))..)))))))). ( -51.40)
>DroYak_CAF1 5950 105 - 1
UCAUAGCUGCCCUCGGGCAGCUGGGGCGC------GAGUCGAAGUUGUUCAACGACGGCUGUUUGAUGCUUGGACUGCAGAUC-------GCAGUUCUGGAUCUGAGUGUUAUAGCUG
((.((((((((....)))))))).(((..------..))))).((((.....))))((((((..((((((..((.(.((((..-------.....)))).)))..)))))))))))). ( -43.00)
>consensus
UGAUAGCUGCCCUCGGGUAGCUGCGGCGA______CAGUCGCAGCAGUCCAUCGACGGCUGCCUGAUGGUUGGGCUGCAGAUC_______GCAGUUCUGGAGCUGCGUGUUAUAGCUG
...((((((((....)))))))).(((................(((((((((((.(((....))).)))).)))))))............((((((....))))))........))). (-29.64 = -30.70 +   1.06)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 5

Location 16,476,054 – 16,476,163
Length 109
Sequences 6
Columns 118
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.21
Mean single sequence MFE -54.72
Consensus MFE -33.73
Energy contribution -36.97
Covariance contribution 3.23
Combinations/Pair 1.36
Mean z-score -1.97
Structure conservation index 0.62
SVM decision value 0.99
SVM RNA-class probability 0.895645
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16476054 109 - 22224390
ACCGGGUUGGCC---ACAGUCGGGCAGGCCGUAGCUAGUCUGAUAGCUGCCCUCCGGUAGCUGCGGCGA------CAAUCGCAGCAGUCCAUCGACGGCUGCCUGAUGGUUGGGCUGC
..(((.(..(((---(...((((((((.(((((((((......)))))))....((((.(((((.(((.------....))).)))))..))))..))))))))))))))..).))). ( -53.60)
>DroVir_CAF1 24930 111 - 1
GCUGCCAUUGCCCAGGCACUCGGGCAGGCCGUAGCUGGUCUGGUAGCUGCCCGGCAGCAGCUGUGGCGCCAGAUGCAGCUGCAGUUGCCCGCUGUCCGC-------ACGCUCGGCGGC
((((((...((...((.((.(((((((.(.((((((((((((((....(((((((....)))).)))))))))).))))))).))))))))..))))..-------..))..)))))) ( -59.40)
>DroSec_CAF1 14264 109 - 1
ACCGGGUUGGGC---ACAGUCGGGCAGGCCAUAGCUGGUCUGGUAGCUGCCCUCGGGUAGCUGUGGGGA------CAGACGCAGCAGUCCAUCGACGGCUGCCUGAUGGUUGGGCUGC
....((((.(((---...(((((((((.((...(((((((((.((((((((....))))))))......------))))).)))).(((....)))))))))))))).))).)))).. ( -54.40)
>DroSim_CAF1 11447 109 - 1
ACCGGGUUGGCC---ACAGUCGGGCAGGCCGUAGCUGGUCUGAUAGCUGCCCUCGGGUAGCUGCGGCGA------CAGUCGCAGCAGUCCAUCGACGGCUGCCUGAUGGUUGGGCUGC
..(((.(..(((---(...((((((((.((((.(.(((.(((..(((((((....)))))))(((((..------..)))))..))).))).).))))))))))))))))..).))). ( -61.10)
>DroEre_CAF1 5126 109 - 1
ACCGGGUUGUGC---ACAUUCGGGCAGGCCGUAGCUGGUCUGAUAGCUGCCCUCGGGUAGCUGGGGCGC------GAGUCGGAGCAGUCCGUCGACGGCUGCCUGAUGGUUAGGCUGC
..(((.(((.((---.(((.(((((((.((((.(.(((.(((.((((((((....)))))))).(((..------..)))....))).))).).))))))))))))))))))).))). ( -51.40)
>DroYak_CAF1 5983 109 - 1
ACCGGGCUGGGC---GCAGUCGGGCAGGCCGUAGCUGGUCUCAUAGCUGCCCUCGGGCAGCUGGGGCGC------GAGUCGAAGUUGUUCAACGACGGCUGUUUGAUGCUUGGACUGC
..(((.(..(((---...(((((((((.((((.(((.(((((.((((((((....))))))))))).))------.)))....(((....))).))))))))))))))))..).))). ( -48.40)
>consensus
ACCGGGUUGGCC___ACAGUCGGGCAGGCCGUAGCUGGUCUGAUAGCUGCCCUCGGGUAGCUGCGGCGA______CAGUCGCAGCAGUCCAUCGACGGCUGCCUGAUGGUUGGGCUGC
..(((.(..(((......(((((((((.((((.(.(((.(((..(((((((....)))))))(((((..........)))))..))).))).).))))))))))))))))..).))). (-33.73 = -36.97 +   3.23)

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