Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,838,961 – 1,839,054 |
Length | 93 |
Max. P | 0.641700 |
Location | 1,838,961 – 1,839,054 |
---|---|
Length | 93 |
Sequences | 5 |
Columns | 109 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 72.47 |
Mean single sequence MFE | -29.26 |
Consensus MFE | -10.45 |
Energy contribution | -14.70 |
Covariance contribution | 4.25 |
Combinations/Pair | 1.08 |
Mean z-score | -1.76 |
Structure conservation index | 0.36 |
SVM decision value | 0.22 |
SVM RNA-class probability | 0.641700 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 1838961 93 - 22224390 UCGCAGUGUACCGAUCGUGGCUGCAAUUAUGGCUCUUUGGGCUUGGUUGUACG--CUUGCAACUA-----UGCAAC--------UAUGGCCUAGACCUAGCCAACUGC- ..(((((((((((....))).))).....(((((.((((((((((((((((..--..........-----))))))--------)).))))))))...))))))))))- ( -32.20) >DroSec_CAF1 39871 100 - 1 UCCCGGUGUAC-GAUCGUGGCUGCAAUUAUGGCUCUUUGGGCUUGGUUGUACG--CUUGCAACUA-----AGCAACUAUUUCACUAUGGCCUAGACCUAGCCAACUGC- .((((((....-.)))).))..(((....(((((.((((((((((((((((..--..))))))))-----)))..((((......)))).)))))...)))))..)))- ( -28.60) >DroSim_CAF1 38915 92 - 1 UCCCGGUGUAC-GAUCGUGGCUGCAAUUAUGGCUCUUUGGGCUUGGUUGUACG--CUUGCAACUA-----UGCAAC--------UGUGGCCUAGACCUAGCCAACUGC- .((((((....-.)))).))..(((....(((((.((((((((((((((((..--..))))))))-----.((...--------.))))))))))...)))))..)))- ( -26.40) >DroEre_CAF1 42644 84 - 1 UUGCGGUGUAC-GAUCGCGGCCGCAAUUAUGGCUCUUUGGGCUUGGUU----------GCAACUA-----UGCAAC--------UAUGGCCUAGACCUAGCCAACUGC- (((((((((..-....)).)))))))...(((((.(((((((((((((----------(((....-----))))))--------)).))))))))...))))).....- ( -36.20) >DroAna_CAF1 49144 85 - 1 UUGAAG--------UCUGGGGUGCAAUUAUGGG--------CAUUGCAUUACUAUCUCGUAUCUCGUAGUAGUAAC--------UAUAACCUAGACCUAGCCAAACGCC .....(--------(((((((((((((......--------.)))))))((((((..((.....))..))))))..--------.....)))))))............. ( -22.90) >consensus UCGCGGUGUAC_GAUCGUGGCUGCAAUUAUGGCUCUUUGGGCUUGGUUGUACG__CUUGCAACUA_____UGCAAC________UAUGGCCUAGACCUAGCCAACUGC_ ..(((((............))))).....(((((.((((((((((((((((......))))))))......................))))))))...)))))...... (-10.45 = -14.70 + 4.25)
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