Locus 6554

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	16,401,164 – 16,401,324
Length	160
Max. P	0.982081

overview

Window 3

Location	16,401,164 – 16,401,284
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	95.00
Mean single sequence MFE	-47.32
Consensus MFE	-40.90
Energy contribution	-40.93
Covariance contribution	0.03
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.52
Structure conservation index	0.86
SVM decision value	0.29
SVM RNA-class probability	0.670333
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16401164 120 + 22224390
UGCUGGUUCAUGAGCGCCGCCAGCGGCAGGCAGUCGAAUGCGUCCAUGCAGGCGUCGUACACGCGCUCCGAGUACUUGAUCUUGCACUCCUGCUUGAAGGUGAAGUACUCGGUUAAGUGC
.(((....((((..(((((....))))..(((......))))..))))..))).........(((((((((((((((.((((((((....)))...))))).))))))))))...))))) ( -47.70)
>DroGri_CAF1 20760 120 + 1
UGCUGGUUCAUGAGCGCCGCCAGCGGCAGGCAAUCGAACGCAUCCAUGCACGCGUCGUACACGCGCUCCGAGUACUUGAUCUUGCACUCCUGCUUGAAGGUGAAGUACUCGGUCAGAUGC
((((.(((....)))((((....)))).)))).......(((((......(((((.....)))))..((((((((((.((((((((....)))...))))).))))))))))...))))) ( -45.90)
>DroSec_CAF1 22077 120 + 1
UGCUGGUUCAUGAGCGCCGCCAGCGGCAGGCAGUCGAAUGCGUCCAUGCAGGCGUCGUACACGCGCUCCGAGUACUUGAUCUUGCACUCCUGCUUGAAGGUGAAGUACUCGGUUAAGUGC
.(((....((((..(((((....))))..(((......))))..))))..))).........(((((((((((((((.((((((((....)))...))))).))))))))))...))))) ( -47.70)
>DroYak_CAF1 18703 120 + 1
UGCUGGUUCAUGAGCGCCGCCAGCGGCAGGCAGUCGAAUGCGUCCAUGCAGGCGUCGUACACGCGCUCCGAGUACUUGAUCUUGCACUCCUGCUUGAAGGUGAAGUACUCGGUUAAGUGC
.(((....((((..(((((....))))..(((......))))..))))..))).........(((((((((((((((.((((((((....)))...))))).))))))))))...))))) ( -47.70)
>DroMoj_CAF1 20438 120 + 1
UGCUGGUUCAUCAACGCCGCCAACGGCAGGCAGUCGAACGCAUCCAUGCACGCGUCGUACACGCGCUCCGAGUAUUUGAUCUUGCACUCCUGCUUGAAGGUGAAGUACUCGGUCAGAUGC
.....((((..(...((((((...))).))).)..))))(((((......(((((.....)))))..((((((((((.((((((((....)))...))))).))))))))))...))))) ( -42.30)
>DroAna_CAF1 19530 120 + 1
UGCUGGUUCAUCAGCGCCGCCAGCGGCAGGCAGUCGAACGCGUCCAUGCACGCGUCAUAGACGCGCUCCGAGUACUUGAUCUUGCACUCCUGCUUGAAGGUGAAGUACUCGGUCAGGUGC
.(((((....)))))((((((...))).))).(((..((((((......))))))....)))(((((((((((((((.((((((((....)))...))))).))))))))))...))))) ( -52.60)
>consensus
UGCUGGUUCAUGAGCGCCGCCAGCGGCAGGCAGUCGAACGCGUCCAUGCACGCGUCGUACACGCGCUCCGAGUACUUGAUCUUGCACUCCUGCUUGAAGGUGAAGUACUCGGUCAAGUGC
((((((.........((((....))))..((........))..))).))).(((.((....))))).((((((((((.((((((((....)))...))))).))))))))))........ (-40.90 = -40.93 +   0.03)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	16,401,204 – 16,401,324
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	96.50
Mean single sequence MFE	-49.58
Consensus MFE	-45.69
Energy contribution	-45.72
Covariance contribution	0.03
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.69
Structure conservation index	0.92
SVM decision value	1.90
SVM RNA-class probability	0.982081
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16401204 120 + 22224390
CGUCCAUGCAGGCGUCGUACACGCGCUCCGAGUACUUGAUCUUGCACUCCUGCUUGAAGGUGAAGUACUCGGUUAAGUGCCGGCACUCGUGGUUGCCGCGCAGCAGGAACAGCGUCUGCG
.......((((((((.((.(..((...((((((((((.((((((((....)))...))))).)))))))))).....((((((((........))))).)))))..).)).)))))))). ( -51.90)
>DroGri_CAF1 20800 120 + 1
CAUCCAUGCACGCGUCGUACACGCGCUCCGAGUACUUGAUCUUGCACUCCUGCUUGAAGGUGAAGUACUCGGUCAGAUGCCGGCACUCGUGGUUGCCGCGCAGCAGGAACAGCGUCUGCG
..(((.(((.(((((.....)))))..((((((((((.((((((((....)))...))))).)))))))))).....((((((((........))))).)))))))))...((....)). ( -47.30)
>DroSec_CAF1 22117 120 + 1
CGUCCAUGCAGGCGUCGUACACGCGCUCCGAGUACUUGAUCUUGCACUCCUGCUUGAAGGUGAAGUACUCGGUUAAGUGCCGGCACUCGUGGUUGCCGCGCAGCAGGAACAGCGUCUGCG
.......((((((((.((.(..((...((((((((((.((((((((....)))...))))).)))))))))).....((((((((........))))).)))))..).)).)))))))). ( -51.90)
>DroYak_CAF1 18743 120 + 1
CGUCCAUGCAGGCGUCGUACACGCGCUCCGAGUACUUGAUCUUGCACUCCUGCUUGAAGGUGAAGUACUCGGUUAAGUGCCGGCACUCGUGGUUGCCGCGCAGCAGGAACAGCGUCUGCG
.......((((((((.((.(..((...((((((((((.((((((((....)))...))))).)))))))))).....((((((((........))))).)))))..).)).)))))))). ( -51.90)
>DroMoj_CAF1 20478 120 + 1
CAUCCAUGCACGCGUCGUACACGCGCUCCGAGUAUUUGAUCUUGCACUCCUGCUUGAAGGUGAAGUACUCGGUCAGAUGCCGGCACUCGUGAUUGCCGCGCAGCAGGAACAGCGUCUGCG
..(((.(((.(((((.....)))))..((((((((((.((((((((....)))...))))).)))))))))).....((((((((........))))).)))))))))...((....)). ( -45.00)
>DroAna_CAF1 19570 120 + 1
CGUCCAUGCACGCGUCAUAGACGCGCUCCGAGUACUUGAUCUUGCACUCCUGCUUGAAGGUGAAGUACUCGGUCAGGUGCCGGCACUCGUGGUUGCCGCGCAGCAGGAACAGCGUCUGCG
(((..((((.((((((...))))))..((((((((((.((((((((....)))...))))).))))))))))...(.((((((((........))))).))).).......))))..))) ( -49.50)
>consensus
CGUCCAUGCACGCGUCGUACACGCGCUCCGAGUACUUGAUCUUGCACUCCUGCUUGAAGGUGAAGUACUCGGUCAAGUGCCGGCACUCGUGGUUGCCGCGCAGCAGGAACAGCGUCUGCG
..(((.(((..(((.((....))))).((((((((((.((((((((....)))...))))).)))))))))).....((((((((........))))).)))))))))...((....)). (-45.69 = -45.72 +   0.03)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:16:45 2006