Locus 6547

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	16,392,594 – 16,392,754
Length	160
Max. P	0.966939

overview

Window 8

Location	16,392,594 – 16,392,714
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	94.94
Mean single sequence MFE	-46.88
Consensus MFE	-43.35
Energy contribution	-43.63
Covariance contribution	0.28
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.54
Structure conservation index	0.92
SVM decision value	1.60
SVM RNA-class probability	0.966939
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16392594 120 + 22224390
GCAGUCGAAUGCGUCCAUGCAGGCGUCGUACACGCGCUCCGAGUACUUGAUCUUGCACUCCUGCUUGAAGGUGAAGUACUCGGUUAAGUGCCGGCACUCGUGGUUGCCGCGCAGCAGGAA
(((......))).(((.(((.((((.((....))))))((((((((((.((((((((....)))...))))).)))))))))).....((((((((........))))).))))))))). ( -49.50)
>DroVir_CAF1 19257 120 + 1
GCAGUCGAACGCAUCCAUGCACGCGUCGUACACCCGCUCCGAGUAUUUGAUCUUGCACUCCUGCUUGAAGGUGAAGUACUCGGUCAGAUGCCGACACUCGUGAUUGCCGCGCAGCAGGAA
((.((((...(((....)))..(((((((......)).((((((((((.((((((((....)))...))))).))))))))))...)))))))))...((((.....))))..))..... ( -38.90)
>DroGri_CAF1 11095 120 + 1
GCAAUCGAACGCAUCCAUGCACGCGUCGUACACGCGCUCCGAGUACUUGAUCUUGCACUCCUGCUUGAAGGUGAAGUACUCGGUCAGAUGCCGGCACUCGUGGUUGCCGCGCAGCAGGAA
((........)).(((.(((.(((((.....)))))..((((((((((.((((((((....)))...))))).)))))))))).....((((((((........))))).))))))))). ( -47.50)
>DroYak_CAF1 10001 120 + 1
GCAGUCGAAUGCGUCCAUGCAGGCGUCGUACACGCGCUCCGAGUACUUGAUCUUGCACUCCUGCUUGAAGGUGAAGUACUCGGUUAAGUGCCGGCACUCGUGGUUGCCGCGCAGCAGGAA
(((......))).(((.(((.((((.((....))))))((((((((((.((((((((....)))...))))).)))))))))).....((((((((........))))).))))))))). ( -49.50)
>DroMoj_CAF1 11565 120 + 1
GCAGUCGAACGCAUCCAUGCACGCGUCGUACACGCGCUCCGAGUAUUUGAUCUUGCACUCCUGCUUGAAGGUGAAGUACUCGGUCAGAUGCCGGCACUCGUGAUUGCCGCGCAGCAGGAA
((........)).(((.(((.(((((.....)))))..((((((((((.((((((((....)))...))))).)))))))))).....((((((((........))))).))))))))). ( -45.20)
>DroAna_CAF1 9003 120 + 1
GCAGUCGAACGCGUCCAUGCACGCGUCAUAGACGCGCUCCGAGUACUUGAUCUUGCACUCCUGCUUGAAGGUGAAGUACUCGGUCAGGUGCCGGCACUCGUGGUUGCCGCGCAGCAGGAA
((.(((..((((((......))))))....)))((((.((((((((((.((((((((....)))...))))).))))))))))...(((..(.((....)).)..))))))).))..... ( -50.70)
>consensus
GCAGUCGAACGCAUCCAUGCACGCGUCGUACACGCGCUCCGAGUACUUGAUCUUGCACUCCUGCUUGAAGGUGAAGUACUCGGUCAGAUGCCGGCACUCGUGGUUGCCGCGCAGCAGGAA
((........)).(((.(((..(((.((....))))).((((((((((.((((((((....)))...))))).)))))))))).....((((((((........))))).))))))))). (-43.35 = -43.63 +   0.28)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	16,392,634 – 16,392,754
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	95.44
Mean single sequence MFE	-41.60
Consensus MFE	-39.28
Energy contribution	-39.00
Covariance contribution	-0.28
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-0.99
Structure conservation index	0.94
SVM decision value	0.49
SVM RNA-class probability	0.758401
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16392634 120 + 22224390
GAGUACUUGAUCUUGCACUCCUGCUUGAAGGUGAAGUACUCGGUUAAGUGCCGGCACUCGUGGUUGCCGCGCAGCAGGAACAGCGUCUGCGGAUAGGUGAUCUUUAGCGACCACAAAUAC
((((((((.((((((((....)))...))))).)))))))).....((((....)))).((((((((..(((((.(.(.....).))))))(((.....)))....))))))))...... ( -41.50)
>DroVir_CAF1 19297 120 + 1
GAGUAUUUGAUCUUGCACUCCUGCUUGAAGGUGAAGUACUCGGUCAGAUGCCGACACUCGUGAUUGCCGCGCAGCAGGAACAGCGUCUGCGGAUACGUGAUCUUCAGCGACCACAAAUAG
((((((((.((((((((....)))...))))).))))))))((((....((.(((.((.((..((((......))))..)))).))).))((((.....)))).....))))........ ( -36.60)
>DroGri_CAF1 11135 120 + 1
GAGUACUUGAUCUUGCACUCCUGCUUGAAGGUGAAGUACUCGGUCAGAUGCCGGCACUCGUGGUUGCCGCGCAGCAGGAACAGCGUCUGCGGAUACGUGAUCUUCAGCGACCACAAAUAG
((((((((.((((((((....)))...))))).))))))))((((...((((((((........))))).)))((((((...((((........))))..))))..))))))........ ( -42.30)
>DroSec_CAF1 13720 120 + 1
GAGUACUUGAUCUUGCACUCCUGCUUGAAGGUGAAGUACUCGGUUAAGUGCCGGCACUCGUGGUUGCCGCGCAGCAGGAACAGCGUCUGCGGAUAGGUGAUCUUUAGCGACCACAAAUAC
((((((((.((((((((....)))...))))).)))))))).....((((....)))).((((((((..(((((.(.(.....).))))))(((.....)))....))))))))...... ( -41.50)
>DroMoj_CAF1 11605 120 + 1
GAGUAUUUGAUCUUGCACUCCUGCUUGAAGGUGAAGUACUCGGUCAGAUGCCGGCACUCGUGAUUGCCGCGCAGCAGGAACAGCGUCUGCGGAUACGUGAUCUUCAGCGACCACAAAUAG
((((((((.((((((((....)))...))))).))))))))((((...((((((((........))))).)))((((((...((((........))))..))))..))))))........ ( -40.00)
>DroAna_CAF1 9043 120 + 1
GAGUACUUGAUCUUGCACUCCUGCUUGAAGGUGAAGUACUCGGUCAGGUGCCGGCACUCGUGGUUGCCGCGCAGCAGGAACAGCGUCUGCGGAUAGCUGAUCUUCAGCGACCACAGAUAC
((((((((.((((((((....)))...))))).))))))))((((.(.((((((((........))))).))).)((((.(((((((....))).)))).))))....))))........ ( -47.70)
>consensus
GAGUACUUGAUCUUGCACUCCUGCUUGAAGGUGAAGUACUCGGUCAGAUGCCGGCACUCGUGGUUGCCGCGCAGCAGGAACAGCGUCUGCGGAUACGUGAUCUUCAGCGACCACAAAUAC
((((((((.((((((((....)))...))))).))))))))((((...((((((((........))))).)))(((((.......)))))((((.....)))).....))))........ (-39.28 = -39.00 +  -0.28)

alignment

secondary structure

dotplot

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