Locus 6545

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	16,387,024 – 16,387,120
Length	96
Max. P	0.965130

overview

Window 3

Location	16,387,024 – 16,387,120
Length	96
Sequences	6
Columns	103
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.51
Mean single sequence MFE	-34.15
Consensus MFE	-15.41
Energy contribution	-17.15
Covariance contribution	1.74
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-2.25
Structure conservation index	0.45
SVM decision value	0.25
SVM RNA-class probability	0.652480
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16387024 96 + 22224390
----CGCGUAAUUGC--AACUGCUGCAACUGCUUGACUAACCGCGACGUCAACGCCCGCUGGCC-AGCAAGCAGUGAAAUAAGCAGCAGCAGCAGAAGCGCUG
----.((((..((((--..(((((((.((((((((.((..(((((.((....))..))).))..-)))))))))).......)))))))..))))..)))).. ( -41.70)
>DroSec_CAF1 8022 93 + 1
----CGCGUAAUUGC--AACUGCUGCAACUGCUUCACUAACCGCGACGUCAACGCCCGCUUGCC-GGCAAGCAGUGGACUUAGCA---GCAGCAGAAGCGCUG
----.((((..((((--...((((((....(.((((((....(((.......)))..(((((..-..))))))))))))...)))---)))))))..)))).. ( -33.40)
>DroSim_CAF1 7056 93 + 1
----CGCGUAAUUGC--AACUGCUGCAACUGCUUGACUGACCGCGACGUCAACGCCCGCUUGCC-GGCAAGCAGUGGAUUUAGCA---GCAGCAGAAGCGCUG
----.((((..((((--..((((((..((((((((.(((.(.(((.((....))..)))..).)-)))))))))).....)))))---)..))))..)))).. ( -36.90)
>DroEre_CAF1 3759 96 + 1
----UGCUUCAAUGC--AACUGCUGCAACUGCUUGACUAACCGCAACGUCAACGCCCGCUAGCC-GGCAAGCAGUGGAUUUAGCAGCAGCAGCAGAAGCGCUG
----.(((((..(((--..(((((((....(((((((..........))))).))(((((.((.-.....))))))).....)))))))..)))))))).... ( -37.10)
>DroYak_CAF1 3678 96 + 1
----CGCUUAAUUGC--AACUGCUGCAACUGCUUGGCUAGCCGCAACGUCAACGCCCGCUAGCC-GGCAAGCAGUGGAUUUAGCAGCAGCACCAGAAGCGCUG
----(((((...(((--..((((((..((((((((((((((.((.........))..)))))))-...))))))).....))))))..)))....)))))... ( -38.00)
>DroPer_CAF1 4061 87 + 1
UCACUGCAUCAAUACUGCACUCCCGCAGCGUC-GCGCCGACCCCAACGUCAACGCCCG--AGCCAGUCAAGCAGUU-------------CCAUAGAAGCACUG
..(((((.......((((......))))((..-(((..(((......)))..))).))--..........))))).-------------.............. ( -17.80)
>consensus
____CGCGUAAUUGC__AACUGCUGCAACUGCUUGACUAACCGCAACGUCAACGCCCGCUAGCC_GGCAAGCAGUGGAUUUAGCA___GCAGCAGAAGCGCUG
...................(((((((...((((......((.((...(((...((......))..)))..)).))......))))...)))))))........ (-15.41 = -17.15 +   1.74)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	16,387,024 – 16,387,120
Length	96
Sequences	6
Columns	103
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	78.51
Mean single sequence MFE	-40.30
Consensus MFE	-23.12
Energy contribution	-24.24
Covariance contribution	1.12
Combinations/Pair	1.29
Mean z-score	-2.62
Structure conservation index	0.57
SVM decision value	1.58
SVM RNA-class probability	0.965130
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16387024 96 - 22224390
CAGCGCUUCUGCUGCUGCUGCUUAUUUCACUGCUUGCU-GGCCAGCGGGCGUUGACGUCGCGGUUAGUCAAGCAGUUGCAGCAGUU--GCAAUUACGCG----
..(((....(((.((((((((.......((((((((((-((((.((((.((....)))))))))))).)))))))).)))))))).--)))....))).---- ( -48.70)
>DroSec_CAF1 8022 93 - 1
CAGCGCUUCUGCUGC---UGCUAAGUCCACUGCUUGCC-GGCAAGCGGGCGUUGACGUCGCGGUUAGUGAAGCAGUUGCAGCAGUU--GCAAUUACGCG----
..(((((((.(((((---(((...(((..(((((((..-..))))))).....)))...)))).)))))))))((((((((...))--))))))..)).---- ( -37.60)
>DroSim_CAF1 7056 93 - 1
CAGCGCUUCUGCUGC---UGCUAAAUCCACUGCUUGCC-GGCAAGCGGGCGUUGACGUCGCGGUCAGUCAAGCAGUUGCAGCAGUU--GCAAUUACGCG----
..(((....(((.((---((((....(.(((((((((.-(((..((((.((....)))))).))).).)))))))).).)))))).--)))....))).---- ( -37.30)
>DroEre_CAF1 3759 96 - 1
CAGCGCUUCUGCUGCUGCUGCUAAAUCCACUGCUUGCC-GGCUAGCGGGCGUUGACGUUGCGGUUAGUCAAGCAGUUGCAGCAGUU--GCAUUGAAGCA----
....((((((((.((((((((.......(((((((((.-.(((.((((.((....)))))))))..).)))))))).)))))))).--)))..))))).---- ( -44.60)
>DroYak_CAF1 3678 96 - 1
CAGCGCUUCUGGUGCUGCUGCUAAAUCCACUGCUUGCC-GGCUAGCGGGCGUUGACGUUGCGGCUAGCCAAGCAGUUGCAGCAGUU--GCAAUUAAGCG----
...(((((.((..((((((((.......(((((((...-(((((((.((((....)))..).)))))))))))))).)))))))).--.))...)))))---- ( -41.50)
>DroPer_CAF1 4061 87 - 1
CAGUGCUUCUAUGG-------------AACUGCUUGACUGGCU--CGGGCGUUGACGUUGGGGUCGGCGC-GACGCUGCGGGAGUGCAGUAUUGAUGCAGUGA
((.(((.((.....-------------.(((((...(((..((--(((((((((.(((((....))))))-)))))).))))))))))))...)).))).)). ( -32.10)
>consensus
CAGCGCUUCUGCUGC___UGCUAAAUCCACUGCUUGCC_GGCUAGCGGGCGUUGACGUCGCGGUUAGUCAAGCAGUUGCAGCAGUU__GCAAUUACGCG____
..((....(((((((.............((((((((.(.((((.((((.((....)))))))))).).)))))))).)))))))....))............. (-23.12 = -24.24 +   1.12)

alignment

secondary structure

dotplot

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