| Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 16,332,355 – 16,332,452 |
| Length | 97 |
| Max. P | 0.690800 |
| Location | 16,332,355 – 16,332,452 |
|---|---|
| Length | 97 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 109 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 75.41 |
| Mean single sequence MFE | -33.23 |
| Consensus MFE | -21.49 |
| Energy contribution | -21.97 |
| Covariance contribution | 0.47 |
| Combinations/Pair | 1.09 |
| Mean z-score | -1.28 |
| Structure conservation index | 0.65 |
| SVM decision value | 0.33 |
| SVM RNA-class probability | 0.690800 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 16332355 97 + 22224390 --CUGUACG----CA---GGAGUAAAGA---UGCUUACGUAGUCGCGAUGAUCGAGCUUGUGAUUGGUGUCCAGACAGGUGGUGCCGCCAUUGGUGGCGCCCACUGAUU --(((.(((----(.---.(((((....---)))))...(((((((((.(......)))))))))))))).))).(((..(((((((((...)))))))))..)))... ( -37.10) >DroVir_CAF1 4594 93 + 1 ----CAUUAA--------AG-AGAG-UA--UGACUUACGUAGUCCCGAUGCUCGACCUUAUGAUUGGUGUCCAGGCAGGUGGUGCCGCCAUUUGUGGCGCCCACUGAUU ----......--------..-.(((-((--(((((.....))))...)))))).(((........))).......(((..((((((((.....))))))))..)))... ( -29.80) >DroPse_CAF1 3906 102 + 1 AACUAUAAA----CA---GGGACAGGGACAGGUCUUACGAAGUCGCGAUGCUCGACCUUGUGAUUGGGGUCCAGACAGGUGGUGGCGCCAUUGGUGGCGCCCACUGAUU .........----..---.......((((.....((((((.((((.......)))).)))))).....))))...(((...(.(((((((....)))))))).)))... ( -32.90) >DroGri_CAF1 3831 85 + 1 ----AUAUA-----------------UA--UGA-UUACGUAGUCCCGAUGCUCAACCUUAUGAUUGGUGUCCAGGCAGGUGGUGCCGCCAUUAGUGGCUCCCACUGAUU ----.....-----------------((--((.-...))))(((..(((((.(((.(....).))))))))..))).(((((.(((((.....)))))..))))).... ( -23.00) >DroMoj_CAF1 4412 102 + 1 ----AUUUCAGUUACUGGACAGUAG-UA--GGGCUUACGUAGUCGCGAUGCUCGACCUUAUGAUUGGUGUCCAGGCAGGUGGUGCCGCCAUUGGAGGCGCCCACUGAUU ----...(((((..(((((((.(((-(.--((((...(((....)))..)))).........)))).)))))))....(.((((((.((...)).)))))))))))).. ( -37.60) >DroAna_CAF1 3978 98 + 1 --G--AGAG----UAUGGAGGCUAUUAA---UACUUACGUAGUCGCGAUGCUCGACCUUGUGAUUGGUGUCCAGGCAGGUGGUGCCGCCGUUGGUGGCGCCCACUGAUU --.--.(((----(((.(.((((((...---.......)))))).).))))))...((((.(((....)))))))(((..(((((((((...)))))))))..)))... ( -39.00) >consensus ____AUAUA_____A___AG_AUAG_UA___GACUUACGUAGUCGCGAUGCUCGACCUUAUGAUUGGUGUCCAGGCAGGUGGUGCCGCCAUUGGUGGCGCCCACUGAUU .........................................(((..(((((.(((.(....).))))))))..))).(((((((((((.....)))))).))))).... (-21.49 = -21.97 + 0.47)
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