Locus 6506

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	16,309,553 – 16,309,672
Length	119
Max. P	0.996905

overview

Window 7

Location	16,309,553 – 16,309,672
Length	119
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	97.99
Mean single sequence MFE	-24.41
Consensus MFE	-23.00
Energy contribution	-23.00
Covariance contribution	0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.90
Structure conservation index	0.94
SVM decision value	2.77
SVM RNA-class probability	0.996905
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16309553 119 + 22224390
UUGGC-ACGUACCUUAAAAUAUUUUCCAGCAAAAAGCUGUACACCCAUUAUGGCAAAAAUUAGCCAAAAUAUUAGACACACCAAUAGCACAUUGAAGAUGGACGGUAUAGCUUGUACCAG
.(((.-((((..................))...(((((((((..(((((.((((........))))...............((((.....))))..)))))...))))))))))).))). ( -24.87)
>DroVir_CAF1 13379 118 + 1
-UUGA-ACGUACCUUAAAAUAUUUUCCAGCAAAAAGCUGUACACCCAUUAUGGCAAAAAUUAGCCAAAAUAUUAGACACACCAAUAGCACAUUGAAGAUGGACGGUAUAGCUUGUACCAG
-....-..((((.........(((......)))(((((((((..(((((.((((........))))...............((((.....))))..)))))...)))))))))))))... ( -23.00)
>DroGri_CAF1 13750 118 + 1
-UUGA-ACGUACCUUAAAAUAUUUUCCAGCAAAAAGCUGUACACCCAUUAUGGCAAAAAUUAGCCAAAAUAUUAGACACACCAAUAGCACAUUGAAGAUGGACGGUAUAGCUUGUACCAG
-....-..((((.........(((......)))(((((((((..(((((.((((........))))...............((((.....))))..)))))...)))))))))))))... ( -23.00)
>DroWil_CAF1 14854 120 + 1
UUGGCAACGUACCUUAAAAUAUUUUCCAGCAAAAAGCUGUACACCCAUUAUGGCAAAAAUUAGCCAAAAUAUUAGACACACCAAUAGCACAUUGAAGAUGGACGGUAUAGCUUGUACCAG
..(....)((((.........(((......)))(((((((((..(((((.((((........))))...............((((.....))))..)))))...)))))))))))))... ( -24.00)
>DroMoj_CAF1 13523 118 + 1
-GGGA-ACGUACCUUAAAAUAUUUUCCAGCAAAAAGCUGUACACCCAUUAUGGCAAAAAUUAGCCAAAAUAUUAGACACACCAAUAGCACAUUGAAGAUGGACGGUAUAGCUUGUACCAG
-.(((-(.(((........))).))))......(((((((((..(((((.((((........))))...............((((.....))))..)))))...)))))))))....... ( -26.70)
>DroAna_CAF1 11596 119 + 1
UUGGC-ACGUACCUUAAAAUAUUUUCCAGCAAAAAGCUGUACACCCAUUAUGGCAAAAAUUAGCCAAAAUAUUAGACACACCAAUAGCACAUUGAAGAUGGACGGUAUAGCUUGUACCAG
.(((.-((((..................))...(((((((((..(((((.((((........))))...............((((.....))))..)))))...))))))))))).))). ( -24.87)
>consensus
_UGGA_ACGUACCUUAAAAUAUUUUCCAGCAAAAAGCUGUACACCCAUUAUGGCAAAAAUUAGCCAAAAUAUUAGACACACCAAUAGCACAUUGAAGAUGGACGGUAUAGCUUGUACCAG
........((((.........(((......)))(((((((((..(((((.((((........))))...............((((.....))))..)))))...)))))))))))))... (-23.00 = -23.00 +   0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	16,309,553 – 16,309,672
Length	119
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	97.99
Mean single sequence MFE	-27.68
Consensus MFE	-26.00
Energy contribution	-26.00
Covariance contribution	0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.03
Structure conservation index	0.94
SVM decision value	0.53
SVM RNA-class probability	0.770815
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16309553 119 - 22224390
CUGGUACAAGCUAUACCGUCCAUCUUCAAUGUGCUAUUGGUGUGUCUAAUAUUUUGGCUAAUUUUUGCCAUAAUGGGUGUACAGCUUUUUGCUGGAAAAUAUUUUAAGGUACGU-GCCAA
.((((((....((((((...(((..((((((...)))))).))).....((((.((((........)))).))))))))))((((.....))))..................))-)))). ( -30.40)
>DroVir_CAF1 13379 118 - 1
CUGGUACAAGCUAUACCGUCCAUCUUCAAUGUGCUAUUGGUGUGUCUAAUAUUUUGGCUAAUUUUUGCCAUAAUGGGUGUACAGCUUUUUGCUGGAAAAUAUUUUAAGGUACGU-UCAA-
...((((....((((((...(((..((((((...)))))).))).....((((.((((........)))).))))))))))((((.....))))..............))))..-....- ( -26.00)
>DroGri_CAF1 13750 118 - 1
CUGGUACAAGCUAUACCGUCCAUCUUCAAUGUGCUAUUGGUGUGUCUAAUAUUUUGGCUAAUUUUUGCCAUAAUGGGUGUACAGCUUUUUGCUGGAAAAUAUUUUAAGGUACGU-UCAA-
...((((....((((((...(((..((((((...)))))).))).....((((.((((........)))).))))))))))((((.....))))..............))))..-....- ( -26.00)
>DroWil_CAF1 14854 120 - 1
CUGGUACAAGCUAUACCGUCCAUCUUCAAUGUGCUAUUGGUGUGUCUAAUAUUUUGGCUAAUUUUUGCCAUAAUGGGUGUACAGCUUUUUGCUGGAAAAUAUUUUAAGGUACGUUGCCAA
..((((.......)))).........(((((((((....(((..((((.((...((((........)))))).))))..)))(((.....)))..............))))))))).... ( -27.30)
>DroMoj_CAF1 13523 118 - 1
CUGGUACAAGCUAUACCGUCCAUCUUCAAUGUGCUAUUGGUGUGUCUAAUAUUUUGGCUAAUUUUUGCCAUAAUGGGUGUACAGCUUUUUGCUGGAAAAUAUUUUAAGGUACGU-UCCC-
...((((....((((((...(((..((((((...)))))).))).....((((.((((........)))).))))))))))((((.....))))..............))))..-....- ( -26.00)
>DroAna_CAF1 11596 119 - 1
CUGGUACAAGCUAUACCGUCCAUCUUCAAUGUGCUAUUGGUGUGUCUAAUAUUUUGGCUAAUUUUUGCCAUAAUGGGUGUACAGCUUUUUGCUGGAAAAUAUUUUAAGGUACGU-GCCAA
.((((((....((((((...(((..((((((...)))))).))).....((((.((((........)))).))))))))))((((.....))))..................))-)))). ( -30.40)
>consensus
CUGGUACAAGCUAUACCGUCCAUCUUCAAUGUGCUAUUGGUGUGUCUAAUAUUUUGGCUAAUUUUUGCCAUAAUGGGUGUACAGCUUUUUGCUGGAAAAUAUUUUAAGGUACGU_GCCA_
...((((....((((((...(((..((((((...)))))).))).....((((.((((........)))).))))))))))((((.....))))..............))))........ (-26.00 = -26.00 +   0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

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