Locus 6499

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	16,302,140 – 16,302,279
Length	139
Max. P	0.700293

overview

Window 4

Location	16,302,140 – 16,302,240
Length	100
Sequences	6
Columns	106
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	83.13
Mean single sequence MFE	-22.08
Consensus MFE	-14.01
Energy contribution	-15.98
Covariance contribution	1.98
Combinations/Pair	1.13
Mean z-score	-2.60
Structure conservation index	0.63
SVM decision value	0.35
SVM RNA-class probability	0.700293
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16302140 100 - 22224390
ACGAUGGAGAUUAUGUACUUUACUAUGAACGUAGUAAAAAGCAUAUAACUUUAUAUAAUCUAUAGA------UGAGUACCCAUCCAAAUGGUUCCCAAGCCAUUUC
..(((((....(((((..((((((((....))))))))..)))))..((((..((((...))))..------.))))..))))).(((((((......))))))). ( -24.80)
>DroSec_CAF1 3928 99 - 1
ACGAUGGAGAUUAUGUACUUUACUAUGAACGUAGUAAAAAGCAUAUAACUUUAUAUAAUCUAUAGA------UGAGUACCCCUCCAAAUGGU-CCCAAGCCAUUCC
....(((((..(((((..((((((((....))))))))..)))))..((((..((((...))))..------.))))....)))))((((((-.....)))))).. ( -23.80)
>DroEre_CAF1 4391 100 - 1
ACGAUGGAGAUUAUGUACUUUACUAUGAACGUAGUAAAAAGCAUAUAACUUUGUAUAAUCUAUAGA------UGAGUACCCCUCCACAUGGUUCCCAAGCCAUUCC
..(.(((((..(((((..((((((((....))))))))..))))).......((((.(((....))------)..))))..))))))(((((......)))))... ( -24.40)
>DroYak_CAF1 3643 100 - 1
ACGAUGGAGAUUAUGUACUUUACUAUGAACGUAGUAAAAAGCAUAUAACUUUGUAUAUUCUAUAGA------UGAGUACCCCUCCAAAUGGUUCCCAAGCCAUUCC
....(((((..(((((..((((((((....))))))))..)))))..........(((((......------.)))))...)))))((((((......)))))).. ( -24.80)
>DroAna_CAF1 4378 92 - 1
ACGAUGGAGAUUAUGUACUUUACUAUGAACGUAGUAAAAAGCAUAUAAACGUGUAUAAUCUAUAGA--------------CCCCCCAAUGGUUCCCAGACCAUUUC
..((((((((((((((((((((((((....))))))))..(........))))))))))))...((--------------((.......))))......))))).. ( -19.10)
>DroPer_CAF1 2347 94 - 1
ACGAUGGAGAUUAUGUACUUUACUAUGAACGUAGUAAAAAGCAUAUAAAUGUGUAUAAUAUGUAUAACCAAAUAACUAUCCCCA------------CAGCUGAUCC
..(((((....(((((..((((((((....))))))))..)))))......(((((.....))))).........)))))....------------.......... ( -15.60)
>consensus
ACGAUGGAGAUUAUGUACUUUACUAUGAACGUAGUAAAAAGCAUAUAACUUUGUAUAAUCUAUAGA______UGAGUACCCCUCCAAAUGGUUCCCAAGCCAUUCC
....(((((..(((((..((((((((....))))))))..)))))....((((((.....))))))...............)))))((((((......)))))).. (-14.01 = -15.98 +   1.98)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	16,302,174 – 16,302,279
Length	105
Sequences	6
Columns	119
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.57
Mean single sequence MFE	-21.47
Consensus MFE	-17.12
Energy contribution	-17.15
Covariance contribution	0.03
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-1.06
Structure conservation index	0.80
SVM decision value	0.13
SVM RNA-class probability	0.596633
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16302174 105 - 22224390
GCAAUAGCCUGAAUCUUCUUAAUGGUUUUGGUCCAAUCUACGAUGGAGAUUAUGUACUUUACUAUGAACGUAGUAAAAAGCAUAUAACUUUAUAUAA-----UCUAUA--GA-------
......(((.(((((........))))).)))..........((((((..(((((..((((((((....))))))))..)))))...))))))....-----......--..------- ( -20.50)
>DroVir_CAF1 5340 109 - 1
GCACUAGCCUGAAUCUUCUUAAUGGUUUUGGUCCAAUCUGUAAUGGAGAUUAUGUACUUUACUAUGAACGUAGUAAAACGCAUAUUAAUAGGUUUAGAUA----------UGCCUCCAA
......(((.(((((........))))).)))...........(((((.........((((((((....))))))))..(((((((..........))))----------)))))))). ( -24.90)
>DroGri_CAF1 5850 99 - 1
GCACUAGCCUGAAUCUUCUUAAUGGUUUUGGUCCAAUCUGCAAUGGAGAUUAUGUACUUUACUAUGAACGUAGUAAAACGCAUAU--------AUAGAUA----------UACC--CAA
(((...(((.(((((........))))).)))......)))..(((..(((((((..((((((((....))))))))..))))).--------......)----------)..)--)). ( -18.91)
>DroWil_CAF1 6099 102 - 1
UCAGUAGUAUGAAUCUACUUAAUGGUUUUGGUCCAAUCUACAAUGGAGAUUAUGUACUUUACUAUGAACGUAGUAAAACGCAUAUAUAUAUAUGUAU------GUAU----A-------
...((((..((.(((.(((....)))...))).))..)))).........(((((..((((((((....))))))))..)))))(((((((....))------))))----)------- ( -19.10)
>DroMoj_CAF1 5607 118 - 1
GCACUAGCCUGAAUCUUCUUAAUGGUUUUGGUCCAAUCUGCAAUGGAGAUUAUGUACUUUACUAUGAACGUAGUAAAACGCAUACUA-UAUAUUUAGAUAGAUCUACCUAUACCUGGUA
..(((((((.(((((........))))).)).............(((((((((((..((((((((....))))))))..)))).(((-......)))...))))).)).....))))). ( -24.30)
>DroPer_CAF1 2370 110 - 1
GCACUAGCCUGAAUCUUCUUAAUGGUUUUGGUCCAAUCUACGAUGGAGAUUAUGUACUUUACUAUGAACGUAGUAAAAAGCAUAUAAAUGUGUAUAA-----UAUGUA--UAAC--CAA
((((...((.(((((........))))).))((((........))))...(((((..((((((((....))))))))..))))).....))))....-----......--....--... ( -21.10)
>consensus
GCACUAGCCUGAAUCUUCUUAAUGGUUUUGGUCCAAUCUACAAUGGAGAUUAUGUACUUUACUAUGAACGUAGUAAAACGCAUAUAAAUAUAUAUAG_______UAU___UACC__CAA
.......((.(((((........))))).))((((........))))...(((((..((((((((....))))))))..)))))................................... (-17.12 = -17.15 +   0.03)

alignment

secondary structure

dotplot

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