Locus 6487

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	16,264,337 – 16,264,451
Length	114
Max. P	0.951320

overview

Window 6

Location	16,264,337 – 16,264,451
Length	114
Sequences	5
Columns	117
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	94.09
Mean single sequence MFE	-27.36
Consensus MFE	-24.78
Energy contribution	-24.98
Covariance contribution	0.20
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.52
Structure conservation index	0.91
SVM decision value	1.41
SVM RNA-class probability	0.951320
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16264337 114 + 22224390
UU---UUGGAAUGCAACAAUUUAUAAUACCAACACGGCCAUAGAUCUCUGGCUAACGGGUAUCAAAUGGACGUACUGCAGCGUCCAUGAUCGAUUUAAUUGAUUUAUCUUACUAUGC
..---.......(((..........(((((.....(((((........)))))....)))))...((((((((......))))))))(((((((...)))))))..........))) ( -25.80)
>DroSec_CAF1 1326 114 + 1
UU---UUGGAAUGCAUCAAUUUAUAAUACCAACACGGCCAUAGAUCUCUGGCUAACGGGUAUCAAAUGGACGUACUGCAGCGUCCAUGAUCGAUGUUAUUGAUUUAUCUUACUAUGC
..---(..(...(((((........(((((.....(((((........)))))....)))))...((((((((......))))))))....)))))..)..)............... ( -28.20)
>DroSim_CAF1 493 114 + 1
UU---UUGGAAUGCAUCAAUUUAUAAUACCAACACGGCCAUAGAUCUCUGGCUAACGGGUAUCAAAUGGACGUACUGCAGCGUCCAUGAUCGAUGUUAUUGAUUUAUCUUACUAUGC
..---(..(...(((((........(((((.....(((((........)))))....)))))...((((((((......))))))))....)))))..)..)............... ( -28.20)
>DroEre_CAF1 1525 113 + 1
UU---UUGCAAUGCACCAGUUUAUAAUACCAACUCGGCCAUAGCUCUCUGGCUAACGGGUAUA-AAUGGACGUACUGCAGCGUCCAUGAUCGAUAUUAUUGAUUUAUCUUACUAUGC
..---.......(((..(((..((((((((.....(((((........)))))....))))).-.((((((((......))))))))(((((((...))))))))))...))).))) ( -26.80)
>DroYak_CAF1 1324 116 + 1
UUUCUUUGGAAUGCAUCAAUUUAUAAUACCAACUCGGCCAUAGCUCUCUGGCUAACGGGUAUC-AAUGGACGUACUGCAGCGUCCAUGAUCGAUGUUAUUAAUUUAUCUCACUAUGC
............(((((.........((((.....(((((........)))))....))))((-(.(((((((......))))))))))..)))))..................... ( -27.80)
>consensus
UU___UUGGAAUGCAUCAAUUUAUAAUACCAACACGGCCAUAGAUCUCUGGCUAACGGGUAUCAAAUGGACGUACUGCAGCGUCCAUGAUCGAUGUUAUUGAUUUAUCUUACUAUGC
............(((..........(((((.....(((((........)))))....)))))...((((((((......))))))))(((((((...)))))))..........))) (-24.78 = -24.98 +   0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	16,264,337 – 16,264,451
Length	114
Sequences	5
Columns	117
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	94.09
Mean single sequence MFE	-27.42
Consensus MFE	-24.22
Energy contribution	-24.50
Covariance contribution	0.28
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-1.26
Structure conservation index	0.88
SVM decision value	0.33
SVM RNA-class probability	0.691952
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16264337 114 - 22224390
GCAUAGUAAGAUAAAUCAAUUAAAUCGAUCAUGGACGCUGCAGUACGUCCAUUUGAUACCCGUUAGCCAGAGAUCUAUGGCCGUGUUGGUAUUAUAAAUUGUUGCAUUCCAA---AA
(((((((...((((((((((...(((((..(((((((........))))))))))))........((((........))))...)))))).))))..)))).))).......---.. ( -25.30)
>DroSec_CAF1 1326 114 - 1
GCAUAGUAAGAUAAAUCAAUAACAUCGAUCAUGGACGCUGCAGUACGUCCAUUUGAUACCCGUUAGCCAGAGAUCUAUGGCCGUGUUGGUAUUAUAAAUUGAUGCAUUCCAA---AA
((((......(((((((((((..(((((..(((((((........))))))))))))........((((........))))..))))))).))))......)))).......---.. ( -28.20)
>DroSim_CAF1 493 114 - 1
GCAUAGUAAGAUAAAUCAAUAACAUCGAUCAUGGACGCUGCAGUACGUCCAUUUGAUACCCGUUAGCCAGAGAUCUAUGGCCGUGUUGGUAUUAUAAAUUGAUGCAUUCCAA---AA
((((......(((((((((((..(((((..(((((((........))))))))))))........((((........))))..))))))).))))......)))).......---.. ( -28.20)
>DroEre_CAF1 1525 113 - 1
GCAUAGUAAGAUAAAUCAAUAAUAUCGAUCAUGGACGCUGCAGUACGUCCAUU-UAUACCCGUUAGCCAGAGAGCUAUGGCCGAGUUGGUAUUAUAAACUGGUGCAUUGCAA---AA
(((((((..((....)).(((((((((((((((((((........))))))).-.....((((.(((......)))))))..)).))))))))))..))).)))).......---.. ( -28.20)
>DroYak_CAF1 1324 116 - 1
GCAUAGUGAGAUAAAUUAAUAACAUCGAUCAUGGACGCUGCAGUACGUCCAUU-GAUACCCGUUAGCCAGAGAGCUAUGGCCGAGUUGGUAUUAUAAAUUGAUGCAUUCCAAAGAAA
......................(((((((.(((((((........)))))))(-((((((..(..((((........))))..)...)))))))...)))))))............. ( -27.20)
>consensus
GCAUAGUAAGAUAAAUCAAUAACAUCGAUCAUGGACGCUGCAGUACGUCCAUUUGAUACCCGUUAGCCAGAGAUCUAUGGCCGUGUUGGUAUUAUAAAUUGAUGCAUUCCAA___AA
(((((((...((((((((((...(((((..(((((((........))))))))))))........((((........))))...)))))).))))..)))).)))............ (-24.22 = -24.50 +   0.28)

alignment

secondary structure

dotplot

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