Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 16,260,790 – 16,260,896 |
Length | 106 |
Max. P | 0.966644 |
Location | 16,260,790 – 16,260,896 |
---|---|
Length | 106 |
Sequences | 4 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 91.50 |
Mean single sequence MFE | -30.55 |
Consensus MFE | -27.42 |
Energy contribution | -27.68 |
Covariance contribution | 0.25 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -2.16 |
Structure conservation index | 0.90 |
SVM decision value | 1.60 |
SVM RNA-class probability | 0.966644 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 16260790 106 + 22224390 UUUUGGUUAUUUCUACGUCUUGUUGUGCGUGGAACGGACAGGACAGGAUGCUCUCUUUCUCUUGCCCACAGGCACAAAUACA--------U--AC----AUAUAUAGAGAUAUCCAUAUA ...(((.(((((((((((((((((((.((.....)).)))..))))))))............((((....))))........--------.--..----.....)))))))).))).... ( -28.20) >DroSec_CAF1 9054 114 + 1 UUUUGGUUAUUUCUACGUCUUGUUGUGCGUGGAACGGACAGGACAGGAUGCUCUCUUUCUCUUGCCCACAGGCACACAUACACACGAAUAU--AC----AUAUAUAGAGAUAUCCAUAUA ...(((.(((((((((((..((((((((.((....((.(((((.((((.....))))..)))))))..)).)))))...))).)))..(((--..----..))))))))))).))).... ( -28.30) >DroEre_CAF1 9158 120 + 1 UUUUGGUUAUUUCUACGUCUUGUUGUGCGUGGAACGGACAGGACAGGAUGCUCUCUUUCUCUUGCCCACAGGCACACAUACACACGAAUAUAUAUUUAUAUAUAAAGAGAUAUCCAUAUA ...(((.(((((((.(((..((((((((.((....((.(((((.((((.....))))..)))))))..)).)))))...))).)))..((((((....)))))).))))))).))).... ( -30.90) >DroYak_CAF1 9055 116 + 1 UUUUGGUUAUUUCUACGUCUUGUUGUGCGUGGAACGGACAGGACAGGAUGCUCUCUUUCUCUUGCCCACAGGCACACAUACACACCAGUGUAGAC----AUAUAUAGAGAUAUCCAUAUA ...(((.((((((((..(..((((((((.((....((.(((((.((((.....))))..)))))))..)).))))...(((((....))))))))----).)..)))))))).))).... ( -34.80) >consensus UUUUGGUUAUUUCUACGUCUUGUUGUGCGUGGAACGGACAGGACAGGAUGCUCUCUUUCUCUUGCCCACAGGCACACAUACACACGAAUAU__AC____AUAUAUAGAGAUAUCCAUAUA ...(((.(((((((((((((((((((.((.....)).)))..))))))))............((((....))))..............................)))))))).))).... (-27.42 = -27.68 + 0.25)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:14:54 2006