Locus 6469

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 16,226,729 – 16,226,849
Length 120
Max. P 0.682486
window10561

overview

Window 1

Location 16,226,729 – 16,226,849
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 70.38
Mean single sequence MFE -41.18
Consensus MFE -18.94
Energy contribution -19.06
Covariance contribution 0.12
Combinations/Pair 1.48
Mean z-score -1.69
Structure conservation index 0.46
SVM decision value 0.31
SVM RNA-class probability 0.682486
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16226729 120 + 22224390
UUGUACCAUUGGAGCAACUGGUGCACUUGCAGCAGCUUAUGUUAAGCCAUUGGCACUGCCACCCCACACAUUUGGUGCCCAUAUUGGCGCUAAUGGGCUUGAAACAGACUGAGAUGCGCU
.((((((((((...))).)))))))...(((.(((((....(((((((..((((...)))).......((((.((((((......)))))))))))))))))...)).)))...)))... ( -40.50)
>DroVir_CAF1 1402 113 + 1
UUUAG-UAUUACCCCAAA----ACACGGU--GCAGCUUGUGUUGCGUCAGUGGCGCGGUCAGCCCAUGGUACUGCUGUCUCUGCUGGCUGCGGUUGCUGCUAAGCAGCCUGCAAUGCGUG
....(-((((........----.((((..--(((((....)))))..).)))(((((((((((..((((.....))))....)))))))))(((((((....))))))).)))))))... ( -45.50)
>DroGri_CAF1 1696 113 + 1
UUGUG-AGUUGCAGCCAC----ACACAGU--GCAACUCUUGCAGCGUCAGUGGCGUGGACAACCCAAUCAGCUGUUGCCACUGCUGACCGUCGUUGCUGUCAAACAGCCGGCAUUGCGUG
....(-(((((((.(...----.....))--)))))))..((((.((((((...((((.((((..........)))))))).)))))).((((..((((.....)))))))).))))... ( -38.90)
>DroSim_CAF1 1173 120 + 1
UUGUACCAUUGGAGCAACUGGUGCACUUUCAGCAGCUAUUGCUAAGCCAUUGGCACUGCCACCCCACACAUUUGGUGCCCAUAUUGGCGCUAAUGGGCUUGAAACAGGAUGAGAUGCGCU
((((.((...)).))))..((((((.(((((.((((....)))(((((..((((...)))).......((((.((((((......))))))))))))))).......).))))))))))) ( -37.00)
>DroEre_CAF1 1438 120 + 1
UUGUGCCGUUGGAGCAACUUGUGCACUUGCAGCAGCUUUUGUUAAGCCAUUGGCACUGCCACCCCAAACAUUUAGUGCCCAUAUUGGCGCUAAUGGGCCUGAAACAGGCUGAGAUGCGUU
..((((((.(((.((((.((((((....))).)))...))))....))).)))))).((.........((((.((((((......))))))))))((((((...)))))).....))... ( -39.30)
>DroYak_CAF1 1167 120 + 1
UUGUACCAUUGGAGCAACUGGUGCACUUGCAGCAGCUUUUGUUAAGCCAUUGGCACUGCCACCCCACACAUUUAGUGCCCUUAUUGGCGCUAAUGGGCUUGAAACAGGCUGAGAUGCGCU
.((((((((((...))).)))))))...(((.((((((...(((((((..((((...)))).......((((.((((((......)))))))))))))))))...))))))...)))... ( -45.90)
>consensus
UUGUACCAUUGGAGCAACUGGUGCACUUGCAGCAGCUUUUGUUAAGCCAUUGGCACUGCCACCCCACACAUUUGGUGCCCAUAUUGGCGCUAAUGGGCUUGAAACAGGCUGAGAUGCGCU
.(((((..............)))))......(((.(..((((((((((..((((...))))..........((((((((......))))))))..)))))..)))))...)...)))... (-18.94 = -19.06 +   0.12)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:14:32 2006