Locus 6465

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 16,220,920 – 16,221,184
Length 264
Max. P 0.998550
window10554 window10555 window10556

overview

Window 4

Location 16,220,920 – 16,221,024
Length 104
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.66
Mean single sequence MFE -36.60
Consensus MFE -31.62
Energy contribution -31.27
Covariance contribution -0.36
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -3.10
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 1.74
SVM RNA-class probability 0.974831
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16220920 104 + 22224390
----------------AAGGCAGGACACAAGAUCGGCUGUGAUCAUGGACCCGGAAGCAUUUUUGGACGUGGCCAACCAGGUCAUCAAGCUGAAAAUGUUUCCGUUCUUCGACAUCGCUC
----------------..((((((((.((.(((((....))))).)).....(((((((((((..(..((((((.....))))))....)..))))))))))))))))..(....)))). ( -35.70)
>DroVir_CAF1 1 104 + 1
----------------AAGGCAGGAUACAAGAUCGGCUGUGAUCAUGGACCCGGAAGCGUUUUUGGAUGUGGCCAAUCAGGUCAUCAAGCUAAAAAUGUUUCCGUUCUUUGAUAUCGCGC
----------------..(((..(((.....))).)))(((((((.(((..(((((((((((((((..((((((.....))))))....))))))))))))))).))).)))..)))).. ( -37.90)
>DroGri_CAF1 1 104 + 1
----------------AAGGCAGGACACAAGAUCAGCUCUGAUCAUGGACCCGGAAGCAUUUUUGGAUGUGGCCAAUCAGGUCAUCAAGCUGAAAAUGUUUCCGUUCUUUGAUAUCGCGC
----------------...((.((...((.(((((....))))).))..))((((((((((((..(..((((((.....))))))....)..))))))))))))............)).. ( -36.70)
>DroWil_CAF1 8441 120 + 1
AGAUUAUCCAUCCGUGAAAACAGGAUAUAAGAACAGCUGUGAUCAUGGAUCCGGAAGCAUUUUUGGAUGUGGCCAAUCAGGUCAUUAAGCUAAAAAUGUUUCCGUUUUUCGAUAUCGCGC
.(((.(((.((((((((..((((.............))))..)))))))).(((((((((((((((..((((((.....))))))....)))))))))))))))......)))))).... ( -43.92)
>DroMoj_CAF1 1 104 + 1
----------------AAGACAGGAUACAAAAUCAGCUGUGAUCAUGGACCCGGAAGCGUUUUUGGAUGUGGCCAAUCAGGUCAUCAAGCUAAAAAUGUUUCCGUUCUUUGAUAUCGCGC
----------------.......(((.....))).((.(((((((.(((..(((((((((((((((..((((((.....))))))....))))))))))))))).))).)))..)))))) ( -34.80)
>DroAna_CAF1 1 104 + 1
----------------GAGGCGUAAUUAAAUAUCGGCUGCGAUCAUGGAUCCAGAGGCAUUUUUAGACGUGGCCAAUCAGGUCAUCAAACUGAAAAUGUUUCCGUUUUUUGACAUUGCUC
----------------..((((...(((((...((((((.((((...)))))))((((((((((((..((((((.....))))))....)))))))))))))))...)))))...)))). ( -30.60)
>consensus
________________AAGGCAGGAUACAAGAUCAGCUGUGAUCAUGGACCCGGAAGCAUUUUUGGAUGUGGCCAAUCAGGUCAUCAAGCUAAAAAUGUUUCCGUUCUUUGAUAUCGCGC
...................................((.(((.(((.(((..(((((((((((((((..((((((.....))))))....))))))))))))))).))).)))))).)).. (-31.62 = -31.27 +  -0.36)

alignment

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secondary structure

Postscript

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Window 5

Location 16,220,944 – 16,221,064
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 92.17
Mean single sequence MFE -45.58
Consensus MFE -41.67
Energy contribution -41.53
Covariance contribution -0.14
Combinations/Pair 1.20
Mean z-score -2.56
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 3.14
SVM RNA-class probability 0.998550
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16220944 120 + 22224390
GAUCAUGGACCCGGAAGCAUUUUUGGACGUGGCCAACCAGGUCAUCAAGCUGAAAAUGUUUCCGUUCUUCGACAUCGCUCACAGUCUACUUGCCGCGCUGGCCGUGCGUGAGGACUUGGG
(((..((((..((((((((((((..(..((((((.....))))))....)..))))))))))))...))))..))).((((.((((..((..(.((((.....)))))..)))))))))) ( -43.20)
>DroVir_CAF1 25 120 + 1
GAUCAUGGACCCGGAAGCGUUUUUGGAUGUGGCCAAUCAGGUCAUCAAGCUAAAAAUGUUUCCGUUCUUUGAUAUCGCGCACAGUUUACUUGCCGCGCUGGCCGUGCGCGAGGAUUUAGG
.((((.(((..(((((((((((((((..((((((.....))))))....))))))))))))))).))).)))).((((((((((....)).(((.....))).))))))))......... ( -49.30)
>DroGri_CAF1 25 120 + 1
GAUCAUGGACCCGGAAGCAUUUUUGGAUGUGGCCAAUCAGGUCAUCAAGCUGAAAAUGUUUCCGUUCUUUGAUAUCGCGCACAGUUUACUUGCCGCGCUGGCCGUGCGCGAGGAUUUGGG
.((((.(((..((((((((((((..(..((((((.....))))))....)..)))))))))))).))).)))).((((((((((....)).(((.....))).))))))))......... ( -49.20)
>DroWil_CAF1 8481 120 + 1
GAUCAUGGAUCCGGAAGCAUUUUUGGAUGUGGCCAAUCAGGUCAUUAAGCUAAAAAUGUUUCCGUUUUUCGAUAUCGCGCACAGUUUACUUGCAGCGCUGGCCGUACGCGAGGAUUUGGG
......((((((((((((((((((((..((((((.....))))))....))))))))))))))...........(((((.((.((......)).((....)).)).)))))))))))... ( -42.60)
>DroMoj_CAF1 25 120 + 1
GAUCAUGGACCCGGAAGCGUUUUUGGAUGUGGCCAAUCAGGUCAUCAAGCUAAAAAUGUUUCCGUUCUUUGAUAUCGCGCACAGUUUACUUGCCGCGCUGGCCGUGCGCGAGGAUUUGGG
.((((.(((..(((((((((((((((..((((((.....))))))....))))))))))))))).))).)))).((((((((((....)).(((.....))).))))))))......... ( -49.30)
>DroAna_CAF1 25 120 + 1
GAUCAUGGAUCCAGAGGCAUUUUUAGACGUGGCCAAUCAGGUCAUCAAACUGAAAAUGUUUCCGUUUUUUGACAUUGCUCACAGUCUCCUUGCCGCGCUGGCCGUGCGCGAGGACUUGGG
..(((.(((..(.(((((((((((((..((((((.....))))))....))))))))))))).)..)))))).....((((.((..(((((((.((((.....))))))))))))))))) ( -39.90)
>consensus
GAUCAUGGACCCGGAAGCAUUUUUGGAUGUGGCCAAUCAGGUCAUCAAGCUAAAAAUGUUUCCGUUCUUUGAUAUCGCGCACAGUUUACUUGCCGCGCUGGCCGUGCGCGAGGAUUUGGG
.((((.(((..(((((((((((((((..((((((.....))))))....))))))))))))))).))).)))).((((((((.(((..(.......)..))).))))))))......... (-41.67 = -41.53 +  -0.14)

alignment

Postscript

secondary structure

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Window 6

Location 16,221,064 – 16,221,184
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.67
Mean single sequence MFE -47.92
Consensus MFE -33.61
Energy contribution -34.72
Covariance contribution 1.11
Combinations/Pair 1.28
Mean z-score -1.86
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 0.04
SVM RNA-class probability 0.554617
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16221064 120 + 22224390
CGCCAAUGCCCAGGCGUUUUCGCGGAAGCAUCCGCUCGCCUGCUGGCUCUCCACCAUGCUGGUGAUCUUCGCCGGCGGUAUGGUGGCCAAUGGACUGCUGGGCGAACCGAUACUGGCUCC
.((((.((((((((((.....(((((....))))).)))((..(((((..(((...((((((((.....))))))))...))).)))))..))....))))))).........))))... ( -51.70)
>DroVir_CAF1 145 120 + 1
CGCCAACGCUCAGGCCUUCUCGAGGAAGCAUCCACUGGCCUGUUGGCUAUCCACAAUGCUGGUGAUAUUUGCGGGCGGCAUGGUGGCUAAUGGAUUACUGGGGGAGCCCAUAUUGGCUCC
.(((........)))((((.....))))..((((.((..((((((((((.(((...((((.(..(...)..).))))...)))))))))))))..)).))))((((((......)))))) ( -43.10)
>DroGri_CAF1 145 120 + 1
CGCCAACGCACAGGCCUUCUCCAGGAAACAUCCACUUGCCUGCUGGCUAUCCACAAUGCUGGUGAUAUUCGCUGGUGGCAUGGUUGCCAAUGGAUUACUCGGAGAGCCGAUAUUGGCCCC
.(((((......(((..(((((.(((....)))....(((....))).(((((....((..(((.....)))..))((((....))))..))))).....))))))))....)))))... ( -42.80)
>DroWil_CAF1 8601 120 + 1
CGCCAAUGCACAGGCAUUCUCCAGGAAACAUCCGCUUGCCUGUUGGCUAUCAACUAUGCUGGUAAUAUUUGCUGGCGGCAUGGUGGCCAAUGGAUUGCUUGGUGAACCAAUUUUGGCACC
.(((((.(((((((((.......(((....)))...))))))((((((((((....(((..(((.....)))..)))...)))))))))).....)))((((....))))..)))))... ( -47.40)
>DroMoj_CAF1 145 120 + 1
CGCCAAUGCUCAGGCCUUCUCGCGGAAACAUCCGCUGGCAUGUUGGCUAUCCACAAUGCUGGUAAUAUUUGCGGGCGGCAUGGUGGCCAACGGGUUGCUCGGGGAACCCAUCUUAGCACC
......((((.(((((.....(((((....))))).)))..((((((((.(((...((((.(((.....))).))))...)))))))))))(((((.(....).)))))..)).)))).. ( -49.20)
>DroAna_CAF1 145 120 + 1
CGCGAACGCACAGGCAUUCUCACGGAAGCACCCGCUGGCCUGCUGGCUAUCAACAAUGCUGGUGAUCUUCGCCGGCGGCAUGGUGGCCAACGGUUUGCUGGGAGAGCCAAUUUUGGCUCC
.((((((...(((((.......(((......)))...))))).(((((((((....((((((((.....))))))))...)))))))))...)))))).....((((((....)))))). ( -53.30)
>consensus
CGCCAACGCACAGGCCUUCUCGAGGAAACAUCCGCUGGCCUGCUGGCUAUCCACAAUGCUGGUGAUAUUCGCCGGCGGCAUGGUGGCCAAUGGAUUGCUGGGAGAACCAAUAUUGGCUCC
.(((((....((((((.......(....).......)))))).((((((((.....((((((((.....))))))))....)))))))).........((((....))))..)))))... (-33.61 = -34.72 +   1.11)

alignment

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