Locus 6451

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	16,167,631 – 16,167,750
Length	119
Max. P	0.983272

overview

Window 7

Location	16,167,631 – 16,167,750
Length	119
Sequences	5
Columns	119
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	96.81
Mean single sequence MFE	-24.49
Consensus MFE	-22.07
Energy contribution	-23.07
Covariance contribution	1.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.83
Structure conservation index	0.90
SVM decision value	1.94
SVM RNA-class probability	0.983272
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16167631 119 + 22224390
GCGCGCGAACCAACCUCAUAUAUUGUAUUUUCCGCAUUCGCAUUGAUACGAUACCAUACUGUGUGCUGUGUACUGUGUACUGUAUAGCAUAUAUACCAUACCACACCAACAAAACACAA
((((((((.......))...(((((((((....((....))...))))))))).......))))))(((((..((((((..(((((.....)))))..))).......)))..))))). ( -25.11)
>DroSec_CAF1 7641 119 + 1
GCGCGCGAACCAACCUCAUAUAUUGUAUUUUCCGCAUUCGCAUUGAUACGAUACCAUACUGUGUGCUGUGUACUGUGUACUGUAUAGCAUAUAUACCAUACCACACCAACAAAACACAA
((((((((.......))...(((((((((....((....))...))))))))).......))))))(((((..((((((..(((((.....)))))..))).......)))..))))). ( -25.11)
>DroSim_CAF1 7995 119 + 1
GCGCGCGAACCAACCUCAUAUAUUGUAUUUUCCGCAUUCGCAUUGAUACGAUACCAUACUGUGUGCUGUGUACUGUGUACUGUAUAGCAUAUAUACCAUACCACACCAACAAAACACAA
((((((((.......))...(((((((((....((....))...))))))))).......))))))(((((..((((((..(((((.....)))))..))).......)))..))))). ( -25.11)
>DroEre_CAF1 8048 112 + 1
GCGCGCGAACGAACCUCAUAUAUUGUAUUUUCCGCAUUCGCAUUGAUACGAUACCAUACUGUGUGCUGUG-------UACUGUAUAGCAUAUAUACCAUACCACACCAACAAAACACAA
((((((((.......))...(((((((((....((....))...))))))))).......))))))((((-------((..(((((.....)))))..)).)))).............. ( -22.20)
>DroYak_CAF1 8636 119 + 1
GCGCGCGAACGAACAUCAUAUAUUGUAUUUUCCGCAUUCGCAUUGAUACGAUACCAUACUGUGUGCUGUGUACUGUGUACUGUAUAGCAUAUAUACCAUACCACACCAACAAAACACAA
((((((((.......))...(((((((((....((....))...))))))))).......))))))(((((..((((((..(((((.....)))))..))).......)))..))))). ( -24.91)
>consensus
GCGCGCGAACCAACCUCAUAUAUUGUAUUUUCCGCAUUCGCAUUGAUACGAUACCAUACUGUGUGCUGUGUACUGUGUACUGUAUAGCAUAUAUACCAUACCACACCAACAAAACACAA
((((((((.......))...(((((((((....((....))...))))))))).......))))))(((((..((((((..(((((.....)))))..))).......)))..))))). (-22.07 = -23.07 +   1.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	16,167,631 – 16,167,750
Length	119
Sequences	5
Columns	119
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	96.81
Mean single sequence MFE	-31.88
Consensus MFE	-28.09
Energy contribution	-28.94
Covariance contribution	0.85
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.33
Structure conservation index	0.88
SVM decision value	0.21
SVM RNA-class probability	0.636505
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 16167631 119 - 22224390
UUGUGUUUUGUUGGUGUGGUAUGGUAUAUAUGCUAUACAGUACACAGUACACAGCACACAGUAUGGUAUCGUAUCAAUGCGAAUGCGGAAAAUACAAUAUAUGAGGUUGGUUCGCGCGC
.((((((.(((..(((((((((((((....))))))))..)))))...))).))))))..........(((((....)))))..((((((....((((.......)))).))).))).. ( -32.40)
>DroSec_CAF1 7641 119 - 1
UUGUGUUUUGUUGGUGUGGUAUGGUAUAUAUGCUAUACAGUACACAGUACACAGCACACAGUAUGGUAUCGUAUCAAUGCGAAUGCGGAAAAUACAAUAUAUGAGGUUGGUUCGCGCGC
.((((((.(((..(((((((((((((....))))))))..)))))...))).))))))..........(((((....)))))..((((((....((((.......)))).))).))).. ( -32.40)
>DroSim_CAF1 7995 119 - 1
UUGUGUUUUGUUGGUGUGGUAUGGUAUAUAUGCUAUACAGUACACAGUACACAGCACACAGUAUGGUAUCGUAUCAAUGCGAAUGCGGAAAAUACAAUAUAUGAGGUUGGUUCGCGCGC
.((((((.(((..(((((((((((((....))))))))..)))))...))).))))))..........(((((....)))))..((((((....((((.......)))).))).))).. ( -32.40)
>DroEre_CAF1 8048 112 - 1
UUGUGUUUUGUUGGUGUGGUAUGGUAUAUAUGCUAUACAGUA-------CACAGCACACAGUAUGGUAUCGUAUCAAUGCGAAUGCGGAAAAUACAAUAUAUGAGGUUCGUUCGCGCGC
.((((((.(((..((((((((((.....))))))))))...)-------)).))))))..(((((....)))))....(((...(((((..(((.....)))....)))))...))).. ( -29.70)
>DroYak_CAF1 8636 119 - 1
UUGUGUUUUGUUGGUGUGGUAUGGUAUAUAUGCUAUACAGUACACAGUACACAGCACACAGUAUGGUAUCGUAUCAAUGCGAAUGCGGAAAAUACAAUAUAUGAUGUUCGUUCGCGCGC
.((((((.(((..(((((((((((((....))))))))..)))))...))).))))))..........(((((....)))))..((((((...(((........)))...))).))).. ( -32.50)
>consensus
UUGUGUUUUGUUGGUGUGGUAUGGUAUAUAUGCUAUACAGUACACAGUACACAGCACACAGUAUGGUAUCGUAUCAAUGCGAAUGCGGAAAAUACAAUAUAUGAGGUUGGUUCGCGCGC
((((((...((((((((((((((.....)))))))))).((((...)))).)))))))))).......(((((....)))))..((((((....((((.......)))).))).))).. (-28.09 = -28.94 +   0.85)

alignment

secondary structure

dotplot

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