Locus 6331

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 15,990,540 – 15,990,651
Length 111
Max. P 0.897898
window10325 window10326

overview

Window 5

Location 15,990,540 – 15,990,651
Length 111
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.29
Mean single sequence MFE -38.01
Consensus MFE -24.72
Energy contribution -25.44
Covariance contribution 0.72
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -2.37
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 0.97
SVM RNA-class probability 0.892186
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15990540 111 + 22224390
-------GAUGGCAGUGCAGCCGCGGGGAAUCGGGAUCGAAUGCUAUAGAUCACCGAUCUCCCACAAUAGGUGGCCCAUCUGCAGAUACACUGGGGAA-AAAUUCUCCAAGAGCCAUGC-
-------.(((((..((((((((((((..(((((((((..........)))).)))))..))).(....)))))).....)))).......((((((.-....))))))...)))))..- ( -43.30)
>DroSec_CAF1 58462 107 + 1
-------GAUGGCAGUGCAGCC--GGGGAAUCGGGAUCGAAUGCUAUAGAUCACCGAU--CCCACAAUAGGUGGCCCAUCUGCAGAUACACUGGAAAA-AAGUUCUUCAAGAGCCAUGC-
-------.(((((..(((((..--.(((.(((((((((..........)))).)))))--.((((.....)))))))..)))))((...(((......-.)))...))....)))))..- ( -35.80)
>DroSim_CAF1 49518 114 + 1
GAUUGGGGAUGGCAGUGCAGCC--GGGGAAUCGGGAUCGAAUGCUAUAGAUCACCGAU--CCCACAAUAGGUGGCCCAUCUGCAGAUACACUGUGAAA-AAUUUCUUCAAGAGUCAUGC-
..(((.((((((....((.(((--.((((.((((((((..........)))).)))))--)))......))).)))))))).)))....(((.((((.-......))))..))).....- ( -34.70)
>DroEre_CAF1 57367 109 + 1
-------GAUGGCAUUGCAACC--GGGGGAUCGGGAUCGAAUGCUAUAGAUCACCGAU--CCCACAAUAGGUGGCCCCUCUGCAGAUACACCGGGAAAAAAACUCUUCAAGUGUCGAUUU
-------..(((((((((.(((--.(((((((((((((..........)))).)))))--))).)....))).))(((..((......))..)))..............))))))).... ( -36.30)
>DroYak_CAF1 41487 107 + 1
-------GAUGGGAAUGGGAAU--G-GGGAUCGGGAUCGAAUGCUAUAGAUCACCGAU--CCCACAUAAGGUGGCCCAUCUGCAGAUGCACAGGGAAA-AAAUGCUGCAAGUGCCGUUUU
-------((((((.......((--(-((((((((((((..........)))).)))))--))).))).......)))))).(((..((((((......-...)).))))..)))...... ( -39.94)
>consensus
_______GAUGGCAGUGCAGCC__GGGGAAUCGGGAUCGAAUGCUAUAGAUCACCGAU__CCCACAAUAGGUGGCCCAUCUGCAGAUACACUGGGAAA_AAAUUCUUCAAGAGCCAUGC_
........(((((..(((((.....(((.(((((((((..........)))).)))))...((((.....)))))))..)))))..........(((........)))....)))))... (-24.72 = -25.44 +   0.72)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 15,990,540 – 15,990,651
Length 111
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.29
Mean single sequence MFE -38.01
Consensus MFE -21.14
Energy contribution -22.06
Covariance contribution 0.92
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -2.80
Structure conservation index 0.56
SVM decision value 1.00
SVM RNA-class probability 0.897898
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15990540 111 - 22224390
-GCAUGGCUCUUGGAGAAUUU-UUCCCCAGUGUAUCUGCAGAUGGGCCACCUAUUGUGGGAGAUCGGUGAUCUAUAGCAUUCGAUCCCGAUUCCCCGCGGCUGCACUGCCAUC-------
-..(((((....(((((...)-))))..((((((.((((.((((((...))))))..(((..(((((.((((..........)))))))))..))))))).))))))))))).------- ( -44.60)
>DroSec_CAF1 58462 107 - 1
-GCAUGGCUCUUGAAGAACUU-UUUUCCAGUGUAUCUGCAGAUGGGCCACCUAUUGUGGG--AUCGGUGAUCUAUAGCAUUCGAUCCCGAUUCCCC--GGCUGCACUGCCAUC-------
-..(((((....(((((....-))))).((((((.(((..((((((...))))))..(((--(((((.((((..........)))))))))))).)--)).))))))))))).------- ( -36.00)
>DroSim_CAF1 49518 114 - 1
-GCAUGACUCUUGAAGAAAUU-UUUCACAGUGUAUCUGCAGAUGGGCCACCUAUUGUGGG--AUCGGUGAUCUAUAGCAUUCGAUCCCGAUUCCCC--GGCUGCACUGCCAUCCCCAAUC
-(((..((.((((((((...)-))))).)).))...)))...((((.........(.(((--(((((.((((..........)))))))))))).)--(((......)))...))))... ( -34.90)
>DroEre_CAF1 57367 109 - 1
AAAUCGACACUUGAAGAGUUUUUUUCCCGGUGUAUCUGCAGAGGGGCCACCUAUUGUGGG--AUCGGUGAUCUAUAGCAUUCGAUCCCGAUCCCCC--GGUUGCAAUGCCAUC-------
......(((((.(((((....)))))..)))))...(((((.((((((((.....))))(--(((((.((((..........))))))))))))))--..)))))........------- ( -36.00)
>DroYak_CAF1 41487 107 - 1
AAAACGGCACUUGCAGCAUUU-UUUCCCUGUGCAUCUGCAGAUGGGCCACCUUAUGUGGG--AUCGGUGAUCUAUAGCAUUCGAUCCCGAUCCC-C--AUUCCCAUUCCCAUC-------
......(((..((((.((...-......))))))..))).((((((.......(((.(((--(((((.((((..........))))))))))))-)--)).......))))))------- ( -38.54)
>consensus
_GCAUGGCUCUUGAAGAAUUU_UUUCCCAGUGUAUCUGCAGAUGGGCCACCUAUUGUGGG__AUCGGUGAUCUAUAGCAUUCGAUCCCGAUUCCCC__GGCUGCACUGCCAUC_______
...........................(((((((...((....(((((((.....))))...(((((.((((..........))))))))).)))....)))))))))............ (-21.14 = -22.06 +   0.92)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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