Locus 6327

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 15,986,051 – 15,986,211
Length 160
Max. P 0.955138
window10312 window10313

overview

Window 2

Location 15,986,051 – 15,986,171
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 97.32
Mean single sequence MFE -36.68
Consensus MFE -35.18
Energy contribution -35.18
Covariance contribution -0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.50
Structure conservation index 0.96
SVM decision value 1.45
SVM RNA-class probability 0.955138
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15986051 120 + 22224390
CGGCCAAGCCUGUAGAAAUCAAUUAAGCCAAGUUCUCACGAUCCGCAAUGACUUAGUUGAGGCCCCAAGCCUGGGGUUUUAGCAGAUGUGCACAUCGGUGUGUUAAUGGAGAUUUCACAA
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>DroSec_CAF1 54033 119 + 1
CGGCCAAGCCUGUAGAAAUCAAUUAAGCCAAGUUCUCACGAUCCGCAAUGACUUAGUUGAGGCCCCAAGC-UGGGGUUUUAGCUGAUGUGCACAUCGGUGUGUUAAUGGAGAUUUCACAA
.(((...)))(((.((((((.......(((....(.((((((..(((.....((((((((((((((....-.))))))))))))))..)))..))).))).)....))).))))))))). ( -37.40)
>DroSim_CAF1 45105 119 + 1
CGGCCAAGCCUGUAGAAAUCAAUUAAGCCAAGUUCUCACGAUCCGCAAUGACUUAGUUGAGGCCCCAAGC-UGGGGUUUUAGCAGAUGUGCACAUCGGUGUGUUAAUGGAGAUUUCACAA
.(((...)))(((.((((((.(((((((((((((....((...))....))))).(((((((((((....-.))))))))))).((((....)))))))...)))))...))))))))). ( -35.20)
>DroEre_CAF1 52752 119 + 1
UGGCCAGGCCUGUAGAAAUCAAUUAAGCCAAGUUCUCACGAUCCGCAGUGACUUAGUUGAGGCCCCAAGC-UGGGGUUUUAGCAGAUGUGCACAUCGGUGUGUUAAUGGAGAUUUCACAA
.(((...)))(((.((((((.((((((((......((((........))))....(((((((((((....-.))))))))))).((((....)))))))...)))))...))))))))). ( -37.60)
>DroYak_CAF1 36679 119 + 1
UGGCCAAGCCUGUAGAAAUCAAUUAAGCCAAGUUCUCACGAUCCGCAGUGACUUAGUUGAGGCCCCAAGC-UGGGGUUUUAGCAGAUGUGCACAUCGUCGUGUUAAUGGAGAUUUCACAA
.(((...)))(((.((((((.......(((......((((((.............(((((((((((....-.))))))))))).((((....))))))))))....))).))))))))). ( -37.20)
>consensus
CGGCCAAGCCUGUAGAAAUCAAUUAAGCCAAGUUCUCACGAUCCGCAAUGACUUAGUUGAGGCCCCAAGC_UGGGGUUUUAGCAGAUGUGCACAUCGGUGUGUUAAUGGAGAUUUCACAA
.(((...)))(((.((((((...........((....))..((((...((((...((((((((((((....)))))))))))).((((....)))).....)))).))))))))))))). (-35.18 = -35.18 +  -0.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 15,986,091 – 15,986,211
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 91.75
Mean single sequence MFE -38.02
Consensus MFE -32.22
Energy contribution -31.98
Covariance contribution -0.24
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.75
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 1.34
SVM RNA-class probability 0.943504
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15986091 120 + 22224390
AUCCGCAAUGACUUAGUUGAGGCCCCAAGCCUGGGGUUUUAGCAGAUGUGCACAUCGGUGUGUUAAUGGAGAUUUCACAAGGUGACGGGAUGUGAGGUGGGAUGUGAUGCUUUCAAGGAU
((((...........((((((((((((....)))))))))))).((.(((((((((.((......))....((((((((.(....)....))))))))..)))))).)))..))..)))) ( -38.40)
>DroSec_CAF1 54073 107 + 1
AUCCGCAAUGACUUAGUUGAGGCCCCAAGC-UGGGGUUUUAGCUGAUGUGCACAUCGGUGUGUUAAUGGAGAUUUCACAAGGUGACGGGA------------UGUGAUGCUUUCAAGGAU
((((.((.((((((((((((((((((....-.))))))))))))))...((((....)))))))).))((((..(((((.(....)....------------)))))...))))..)))) ( -38.00)
>DroSim_CAF1 45145 119 + 1
AUCCGCAAUGACUUAGUUGAGGCCCCAAGC-UGGGGUUUUAGCAGAUGUGCACAUCGGUGUGUUAAUGGAGAUUUCACAAGGUGACGGGAUGUGAGGUGGGAUGUGAUGCUUUCAAGGAU
((((...........(((((((((((....-.))))))))))).((.(((((((((.((......))....((((((((.(....)....))))))))..)))))).)))..))..)))) ( -37.60)
>DroEre_CAF1 52792 117 + 1
AUCCGCAGUGACUUAGUUGAGGCCCCAAGC-UGGGGUUUUAGCAGAUGUGCACAUCGGUGUGUUAAUGGAGAUUUCACAAGGUGGCGGUG--UGAGGUGGGAUGUGGUGCUUUCAAGGAU
..(((((.(.((((.(((((((((((....-.))))))))))).......(((((((.((((..(((....))).))))......)))))--)))))).)..)))))............. ( -36.20)
>DroYak_CAF1 36719 117 + 1
AUCCGCAGUGACUUAGUUGAGGCCCCAAGC-UGGGGUUUUAGCAGAUGUGCACAUCGUCGUGUUAAUGGAGAUUUCACAAGGUGACGGGA--UGUGGUGGGCUGUGGUGCUUUCAAGGAU
..(((((((......(((((((((((....-.))))))))))).......(((..((((.(((((.(((......).))...))))).))--))..))).)))))))............. ( -39.90)
>consensus
AUCCGCAAUGACUUAGUUGAGGCCCCAAGC_UGGGGUUUUAGCAGAUGUGCACAUCGGUGUGUUAAUGGAGAUUUCACAAGGUGACGGGA__UGAGGUGGGAUGUGAUGCUUUCAAGGAU
((((.((.((((...((((((((((((....)))))))))))).((((....)))).....)))).))((((..(((((.......................)))))...))))..)))) (-32.22 = -31.98 +  -0.24)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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