Locus 6319

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 15,978,929 – 15,979,048
Length 119
Max. P 0.994100
window10303

overview

Window 3

Location 15,978,929 – 15,979,048
Length 119
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 98.66
Mean single sequence MFE -30.02
Consensus MFE -29.54
Energy contribution -29.54
Covariance contribution -0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.89
Structure conservation index 0.98
SVM decision value 2.45
SVM RNA-class probability 0.994100
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15978929 119 + 22224390
UUGUGGCUGGAGAAGUCAACUGCCGUUCUAUUGCUAAUUAUAAGCAUGGUGUAAAUUUACAAUGCUUGUGU-UUACAGCUCACGAACAAACGAUUAUAUGACUAUAUAGUUAUGGCCUCC
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>DroSec_CAF1 46687 119 + 1
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>DroSim_CAF1 37617 120 + 1
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>DroEre_CAF1 45459 119 + 1
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>DroYak_CAF1 29438 119 + 1
UUGUGGCUGGAAAAGUCAACUGCCGUUCUAUUGCUAAUUAUAAGCAUGGUGUAAAUUUACAAUGCUUGUGU-UUACAGCUCACGAACAAACGAUUAUAUGACUAUAUAGUUAUGGCCUCC
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>consensus
UUGUGGCUGGAGAAGUCAACUGCCGUUCUAUUGCUAAUUAUAAGCAUGGUGUAAAUUUACAAUGCUUGUGU_UUACAGCUCACGAACAAACGAUUAUAUGACUAUAUAGUUAUGGCCUCC
...(((((.....)))))...(((((((....(((...(((((((((.(((......))).)))))))))......)))....))))....((((((((....))))))))..))).... (-29.54 = -29.54 +  -0.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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