Locus 6309

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 15,972,831 – 15,972,991
Length 160
Max. P 0.999490
window10285 window10286

overview

Window 5

Location 15,972,831 – 15,972,951
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 100.00
Mean single sequence MFE -48.40
Consensus MFE -48.40
Energy contribution -48.40
Covariance contribution -0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -2.90
Structure conservation index 1.00
SVM decision value 3.65
SVM RNA-class probability 0.999490
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15972831 120 + 22224390
GGAUCACGGGCCAAAGUUGGGAUCAGCUAAUACGCUUUGCUUGGACUCGGCUUGUCAUUAGCUCACAGCUGCCAGCGUGAGUUCAAUUACAGGCUGGGUCCAGACCUCGAAAGCCGAGAC
.((((.(.(((....))).)))))(((......)))....(((((((((((((((.((((((((((.((.....))))))))).))).)))))))))))))))..((((.....)))).. ( -48.40)
>DroSec_CAF1 40656 120 + 1
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.((((.(.(((....))).)))))(((......)))....(((((((((((((((.((((((((((.((.....))))))))).))).)))))))))))))))..((((.....)))).. ( -48.40)
>DroSim_CAF1 31889 120 + 1
GGAUCACGGGCCAAAGUUGGGAUCAGCUAAUACGCUUUGCUUGGACUCGGCUUGUCAUUAGCUCACAGCUGCCAGCGUGAGUUCAAUUACAGGCUGGGUCCAGACCUCGAAAGCCGAGAC
.((((.(.(((....))).)))))(((......)))....(((((((((((((((.((((((((((.((.....))))))))).))).)))))))))))))))..((((.....)))).. ( -48.40)
>DroEre_CAF1 39629 120 + 1
GGAUCACGGGCCAAAGUUGGGAUCAGCUAAUACGCUUUGCUUGGACUCGGCUUGUCAUUAGCUCACAGCUGCCAGCGUGAGUUCAAUUACAGGCUGGGUCCAGACCUCGAAAGCCGAGAC
.((((.(.(((....))).)))))(((......)))....(((((((((((((((.((((((((((.((.....))))))))).))).)))))))))))))))..((((.....)))).. ( -48.40)
>DroYak_CAF1 23480 120 + 1
GGAUCACGGGCCAAAGUUGGGAUCAGCUAAUACGCUUUGCUUGGACUCGGCUUGUCAUUAGCUCACAGCUGCCAGCGUGAGUUCAAUUACAGGCUGGGUCCAGACCUCGAAAGCCGAGAC
.((((.(.(((....))).)))))(((......)))....(((((((((((((((.((((((((((.((.....))))))))).))).)))))))))))))))..((((.....)))).. ( -48.40)
>consensus
GGAUCACGGGCCAAAGUUGGGAUCAGCUAAUACGCUUUGCUUGGACUCGGCUUGUCAUUAGCUCACAGCUGCCAGCGUGAGUUCAAUUACAGGCUGGGUCCAGACCUCGAAAGCCGAGAC
.((((.(.(((....))).)))))(((......)))....(((((((((((((((.((((((((((.((.....))))))))).))).)))))))))))))))..((((.....)))).. (-48.40 = -48.40 +  -0.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 15,972,871 – 15,972,991
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 100.00
Mean single sequence MFE -50.90
Consensus MFE -50.90
Energy contribution -50.90
Covariance contribution -0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -2.67
Structure conservation index 1.00
SVM decision value 3.43
SVM RNA-class probability 0.999201
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15972871 120 + 22224390
UUGGACUCGGCUUGUCAUUAGCUCACAGCUGCCAGCGUGAGUUCAAUUACAGGCUGGGUCCAGACCUCGAAAGCCGAGACGGACUGGACUGGUUGUGCAGGUCGGCAGGAAAUCGCAUGC
(((((((((((((((.((((((((((.((.....))))))))).))).)))))))))))))))..((((.....)))).((..(((.((.....)).)))..))((........)).... ( -50.90)
>DroSec_CAF1 40696 120 + 1
UUGGACUCGGCUUGUCAUUAGCUCACAGCUGCCAGCGUGAGUUCAAUUACAGGCUGGGUCCAGACCUCGAAAGCCGAGACGGACUGGACUGGUUGUGCAGGUCGGCAGGAAAUCGCAUGC
(((((((((((((((.((((((((((.((.....))))))))).))).)))))))))))))))..((((.....)))).((..(((.((.....)).)))..))((........)).... ( -50.90)
>DroSim_CAF1 31929 120 + 1
UUGGACUCGGCUUGUCAUUAGCUCACAGCUGCCAGCGUGAGUUCAAUUACAGGCUGGGUCCAGACCUCGAAAGCCGAGACGGACUGGACUGGUUGUGCAGGUCGGCAGGAAAUCGCAUGC
(((((((((((((((.((((((((((.((.....))))))))).))).)))))))))))))))..((((.....)))).((..(((.((.....)).)))..))((........)).... ( -50.90)
>DroEre_CAF1 39669 120 + 1
UUGGACUCGGCUUGUCAUUAGCUCACAGCUGCCAGCGUGAGUUCAAUUACAGGCUGGGUCCAGACCUCGAAAGCCGAGACGGACUGGACUGGUUGUGCAGGUCGGCAGGAAAUCGCAUGC
(((((((((((((((.((((((((((.((.....))))))))).))).)))))))))))))))..((((.....)))).((..(((.((.....)).)))..))((........)).... ( -50.90)
>DroYak_CAF1 23520 120 + 1
UUGGACUCGGCUUGUCAUUAGCUCACAGCUGCCAGCGUGAGUUCAAUUACAGGCUGGGUCCAGACCUCGAAAGCCGAGACGGACUGGACUGGUUGUGCAGGUCGGCAGGAAAUCGCAUGC
(((((((((((((((.((((((((((.((.....))))))))).))).)))))))))))))))..((((.....)))).((..(((.((.....)).)))..))((........)).... ( -50.90)
>consensus
UUGGACUCGGCUUGUCAUUAGCUCACAGCUGCCAGCGUGAGUUCAAUUACAGGCUGGGUCCAGACCUCGAAAGCCGAGACGGACUGGACUGGUUGUGCAGGUCGGCAGGAAAUCGCAUGC
(((((((((((((((.((((((((((.((.....))))))))).))).)))))))))))))))..((((.....)))).((..(((.((.....)).)))..))((........)).... (-50.90 = -50.90 +  -0.00)

alignment

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secondary structure

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