Locus 6300

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 15,965,392 – 15,965,507
Length 115
Max. P 0.923908
window10268

overview

Window 8

Location 15,965,392 – 15,965,507
Length 115
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.68
Mean single sequence MFE -23.54
Consensus MFE -21.94
Energy contribution -22.14
Covariance contribution 0.20
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.40
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 1.16
SVM RNA-class probability 0.923908
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15965392 115 - 22224390
AUCGUUUUGUACGUCACUCAAAACGUUCGUGGGCUGUCAGGGAGACAGUUCAAAAAUGAAAUAUGUAUAUAUACUCGUACACAUUAUAACAAAUUCUAAAAGGAAAGACACAAGC-----
...((((((((((..........((((..(((((((((.....)))))))))..))))......(((....))).))))))............((((....))))))))......----- ( -23.70)
>DroSec_CAF1 33595 113 - 1
AUCGUUUUGUACGUCACUCAAAACGUUCGUGGGCUGUCAGGGAGACAGUUCAAAAAUGAAAUAUGUAU--AUACUCGUACACAUUAUAACAAAUUCUAAAAGGAAAGACAUAAGC-----
............(((........((((..(((((((((.....)))))))))..)))).(((.(((((--......))))).)))........((((....)))).)))......----- ( -22.60)
>DroSim_CAF1 24638 113 - 1
AUCGUUUUGUACGUCACUCAAAACGUUCGUGGGCUGUCAGGGAGACAGUUCAAAAAUGAAAUAUGUAU--AUACUCGUACACAUUAUAACAAAUUCUAAAAGGAAAGACACAAGC-----
.....(((((..(((........((((..(((((((((.....)))))))))..)))).(((.(((((--......))))).)))........((((....)))).)))))))).----- ( -23.30)
>DroEre_CAF1 32641 113 - 1
AUCGUUUUGUACGUCACUCAAAACGUUCGUGGGCUGUCAGGGAGACAGUUCAAAAAUGAAAUAUGUAU--AUACUCGUACACAUUAUAACAAAUUCUAAAACGAAAGACACAAGC-----
.((((((((..............((((..(((((((((.....)))))))))..)))).(((.(((((--......))))).)))...........))))))))...........----- ( -25.10)
>DroYak_CAF1 15710 118 - 1
AUCGUUUUGUACGUCACUCAAAACGUUCGUGGGCUGUCAGGGAGACAGUUCAGAAAUGAAAUAUGUAU--AUACUCGAACACAUUAUAACAAAUUCUAAAACGAAAGACACAGGCACAAG
.(((...(((((((...(((.....(((.(((((((((.....)))))))))))).)))...))))))--)....))).......................(....)............. ( -23.00)
>consensus
AUCGUUUUGUACGUCACUCAAAACGUUCGUGGGCUGUCAGGGAGACAGUUCAAAAAUGAAAUAUGUAU__AUACUCGUACACAUUAUAACAAAUUCUAAAAGGAAAGACACAAGC_____
...((((((((((..........((((..(((((((((.....)))))))))..))))......(((....))).))))))............(((......)))))))........... (-21.94 = -22.14 +   0.20)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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