Locus 6285

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 15,952,986 – 15,953,106
Length 120
Max. P 0.824488
window10240 window10241

overview

Window 0

Location 15,952,986 – 15,953,106
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 93.33
Mean single sequence MFE -49.84
Consensus MFE -43.04
Energy contribution -42.96
Covariance contribution -0.08
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -1.43
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 0.69
SVM RNA-class probability 0.824488
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15952986 120 + 22224390
GUCAUGAUAUGCGAUCGGGACUUUGCCGCUGGCCCGAAUCUUCGGUAAUGCCCGUGGUAUCACCGGCAUGCGCCGGAUGUACACAAUGAUCCGGUGAUCUGGACUGCGAUCGGGAUCUCU
(((.((((.((((.((.(((...((((((.(((((((....))))....))).))))))((((((((....)))((((..........)))))))))))).)).)))))))).))).... ( -44.70)
>DroSec_CAF1 21354 120 + 1
GUCAUGAUAUGCGAUCGGGACUUUGCCGCUGGCCCGGAUCUUCGGUGAUGUCCGUGGUGUCACCGGCAUGCGCCGGAUGUACACAAUGAUCCGGUGAUCUGGACUGCGAUCGCGAUCUCU
.....(((.(((((((.((......))((.((.(((((((.(((((((..(.....)..))))))).....(((((((..........)))))))))))))).))))))))))))))... ( -49.60)
>DroSim_CAF1 15875 120 + 1
GUCAUGAUAUGCGAUCGGGACUUUGCCGCUGGCCCGGAUCUUCGGUGAUGCCCGUGGUGUCACCGGCAUGCGCCGGAUGUACACAAUGAUCCGGUGAUCUGGACUGCGAUCGCGAUCUCU
.....(((.(((((((.((......))((.((.(((((((.(((((((((((...))))))))))).....(((((((..........)))))))))))))).))))))))))))))... ( -52.60)
>DroEre_CAF1 19953 120 + 1
GUCAUGAUAUGCGAUCGGGACUCUGCCGCUGGCCCGAAUCCUCGGUGAUGCCCGUGGUAUCGCCGGCAUGCGCCGGAUGGGCACAGUGAUCCGGUGACCUGGACUGCGAUCGGGAUCUCU
.....(((.(.((((((.........(((((((((..((((..(((((((((...)))))))))(((....))))))))))).))))).(((((....)))))...)))))).))))... ( -53.50)
>DroYak_CAF1 3414 120 + 1
GUCAUGAUAUGCGAUCGGGACUUUGCCGCUGGCCCGAAUCCUCGGUGAUGCCGGUGGCAUCGACGGCAUGCGCCGGAUGUGCACAGUGAUCCGGUGAUCUGGACUGCGAACGUGAUCUCU
((((((...(((((((....(..((((((((((((((....))))....))))))))))..).((((....))))))).))))..((..(((((....)))))..))...)))))).... ( -48.80)
>consensus
GUCAUGAUAUGCGAUCGGGACUUUGCCGCUGGCCCGAAUCUUCGGUGAUGCCCGUGGUAUCACCGGCAUGCGCCGGAUGUACACAAUGAUCCGGUGAUCUGGACUGCGAUCGCGAUCUCU
.....(((.((((((((......((((((.(((((((....))))....))).))))))...((((....((((((((..........))))))))..))))....)))))))))))... (-43.04 = -42.96 +  -0.08)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 15,952,986 – 15,953,106
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 93.33
Mean single sequence MFE -44.38
Consensus MFE -36.18
Energy contribution -36.54
Covariance contribution 0.36
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -1.60
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 0.59
SVM RNA-class probability 0.790516
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15952986 120 - 22224390
AGAGAUCCCGAUCGCAGUCCAGAUCACCGGAUCAUUGUGUACAUCCGGCGCAUGCCGGUGAUACCACGGGCAUUACCGAAGAUUCGGGCCAGCGGCAAAGUCCCGAUCGCAUAUCAUGAC
...(((..((((((..((....((((((((.....(((((.......)))))..))))))))...))((((....((((....))))(((...)))...))))))))))...)))..... ( -40.70)
>DroSec_CAF1 21354 120 - 1
AGAGAUCGCGAUCGCAGUCCAGAUCACCGGAUCAUUGUGUACAUCCGGCGCAUGCCGGUGACACCACGGACAUCACCGAAGAUCCGGGCCAGCGGCAAAGUCCCGAUCGCAUAUCAUGAC
...(((.(((((((............(((((((...((((.((.(((((....)))))))))))..(((......)))..)))))))(((...))).......)))))))..)))..... ( -46.60)
>DroSim_CAF1 15875 120 - 1
AGAGAUCGCGAUCGCAGUCCAGAUCACCGGAUCAUUGUGUACAUCCGGCGCAUGCCGGUGACACCACGGGCAUCACCGAAGAUCCGGGCCAGCGGCAAAGUCCCGAUCGCAUAUCAUGAC
...(((.(((((((............(((((((...((((.((.(((((....)))))))))))..(((......)))..)))))))(((...))).......)))))))..)))..... ( -47.90)
>DroEre_CAF1 19953 120 - 1
AGAGAUCCCGAUCGCAGUCCAGGUCACCGGAUCACUGUGCCCAUCCGGCGCAUGCCGGCGAUACCACGGGCAUCACCGAGGAUUCGGGCCAGCGGCAGAGUCCCGAUCGCAUAUCAUGAC
...(((..((((((..((((..(((.((((.....((((((.....))))))..)))).))).....))))........((((((..(((...))).))))))))))))...)))..... ( -44.70)
>DroYak_CAF1 3414 120 - 1
AGAGAUCACGUUCGCAGUCCAGAUCACCGGAUCACUGUGCACAUCCGGCGCAUGCCGUCGAUGCCACCGGCAUCACCGAGGAUUCGGGCCAGCGGCAAAGUCCCGAUCGCAUAUCAUGAC
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>consensus
AGAGAUCCCGAUCGCAGUCCAGAUCACCGGAUCAUUGUGUACAUCCGGCGCAUGCCGGUGAUACCACGGGCAUCACCGAAGAUUCGGGCCAGCGGCAAAGUCCCGAUCGCAUAUCAUGAC
...(((..(((((((.((((.((((..(((.....(((((.......)))))((((.(((....))).))))...)))..)))).))))..))((.......)))))))...)))..... (-36.18 = -36.54 +   0.36)

alignment

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