Locus 6282

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	15,950,820 – 15,950,968
Length	148
Max. P	0.998055

overview

Window 4

Location	15,950,820 – 15,950,928
Length	108
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	86.09
Mean single sequence MFE	-44.04
Consensus MFE	-34.22
Energy contribution	-35.66
Covariance contribution	1.44
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-5.48
Structure conservation index	0.78
SVM decision value	2.99
SVM RNA-class probability	0.998055
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15950820 108 + 22224390
AUUUUCUAGACACAA-AACCUCUCCUUUACUGUCCUCGAA-AAGGGGGAGGUCAUUGAAAUGUGGCUAUAUGGCUGUAUGGCU----AGCUG------UAUAUGGCUAUAUGGCUAUAUG
............(((-.(((((((((((..((....))..-)))))))))))..)))..(((((((((((((((((((((.(.----....)------))))))))))))))))))))). ( -41.50)
>DroSec_CAF1 19206 106 + 1
AUUUUCUAGACACAA-AACCUCUCCUUUGCUGUCCUCGAA-AAGGGGGAGGUCAUUGAAAUGUGACUAUAUGGCUGUAUAGCU----AGCU--------AUAUGGCUGUAUGGCUAUAUG
..........((((.-.(((((((((((..((....))..-)))))))))))........))))..(((((((((((((((((----(...--------...)))))))))))))))))) ( -39.10)
>DroSim_CAF1 13697 106 + 1
AUUUUCUAGACACAA-AACCUCUCCUUUGCUGUCCUCGAA-AAGGGGGAGGUCAUUGAAAUGUGGCUAUAUGGCUGUAUAGCU----AGCU--------AUAUGGCUGUAUGGCUAUAUG
............(((-.(((((((((((..((....))..-)))))))))))..)))..((((((((((((((((((((((..----..))--------)))))))))))))))))))). ( -45.60)
>DroEre_CAF1 17934 99 + 1
AUUUUCUAGACACAA-AACCUCUCCUUUGCUGUCCCCGCC--AGGGGGAGGUCAUUGAAAUGUGGCUAUAUGGCUG------------------UGGCUAUAUGGCUAUAUGGCGAUAUG
...............-.((((((((((.((.......)).--)))))))))).((((..(((((((((((((((..------------------..)))))))))))))))..))))... ( -41.20)
>DroYak_CAF1 1282 120 + 1
AUUUUCUAGACACAAAAACCUCUCCUUUACUGUCCUCGAAAAAGGGGGAGGUCAUUGAAAUGUGGCUAUAUGGCUGUAUAGCUGUAUAGCUAUAUGGCUAUAUGGCUACAUGGCGAUAUG
.................(((((((((((.............))))))))))).((((..((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))))))))..))))... ( -52.82)
>consensus
AUUUUCUAGACACAA_AACCUCUCCUUUGCUGUCCUCGAA_AAGGGGGAGGUCAUUGAAAUGUGGCUAUAUGGCUGUAUAGCU____AGCU_______UAUAUGGCUAUAUGGCUAUAUG
............(((..(((((((((((..((....))...)))))))))))..)))..((((((((((((((((((((((((....))))........)))))))))))))))))))). (-34.22 = -35.66 +   1.44)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	15,950,859 – 15,950,968
Length	109
Sequences	4
Columns	113
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	85.80
Mean single sequence MFE	-46.67
Consensus MFE	-36.14
Energy contribution	-39.07
Covariance contribution	2.94
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-6.57
Structure conservation index	0.77
SVM decision value	1.12
SVM RNA-class probability	0.917846
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15950859 109 + 22224390
AAGGGGGAGGUCAUUGAAAUGUGGCUAUAUGGCUGUAUGGCUAGCUG----UAUAUGGCUAUAUGGCUAUAUGGCUAUAUGGCCAUGCCGAUGGCAAUGGCGAUGGGUAUGGG
..................(((((((((((((((((((((((((....----....)))))))))))))))))))))))))..(((((((.((.((....)).)).))))))). ( -51.40)
>DroSec_CAF1 19245 107 + 1
AAGGGGGAGGUCAUUGAAAUGUGACUAUAUGGCUGUAUAGCUAGCU------AUAUGGCUGUAUGGCUAUAUGGCUAUAUGGCCGUGCCGAUGGCAAUGGCGAUGGGUAUGGG
........((((((......))))))((((((((((((((((((((------....))))....))))))))))))))))..(((((((.((.((....)).)).))))))). ( -45.60)
>DroSim_CAF1 13736 107 + 1
AAGGGGGAGGUCAUUGAAAUGUGGCUAUAUGGCUGUAUAGCUAGCU------AUAUGGCUGUAUGGCUAUAUGGCUAUAUGGCCGUGUCGAUGGCAAUGGCGAUGGGUAUGGG
..................(((((((((((((((((((((((((...------...)))))))))))))))))))))))))..((((..(.((.((....)).)).)..)))). ( -46.90)
>DroEre_CAF1 17973 99 + 1
-AGGGGGAGGUCAUUGAAAUGUGGCUAUAUGGCUG------------UGGCUAUAUGGCUAUAUGGCGAUAUGGCUAUAUGGCCGUGCCGAUGCCGAUGCCAAUGGCGAUGG-
-........(((((((..((.((((....((((..------------.((((((((((((((((....))))))))))))))))..))))..))))))..))))))).....- ( -42.80)
>consensus
AAGGGGGAGGUCAUUGAAAUGUGGCUAUAUGGCUGUAUAGCUAGCU______AUAUGGCUAUAUGGCUAUAUGGCUAUAUGGCCGUGCCGAUGGCAAUGGCGAUGGGUAUGGG
..................(((((((((((((((((((((((((............)))))))))))))))))))))))))..(((((((.((.((....)).)).))))))). (-36.14 = -39.07 +   2.94)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	15,950,859 – 15,950,968
Length	109
Sequences	4
Columns	113
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	85.80
Mean single sequence MFE	-20.37
Consensus MFE	-11.48
Energy contribution	-13.10
Covariance contribution	1.62
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-2.85
Structure conservation index	0.56
SVM decision value	0.20
SVM RNA-class probability	0.630059
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15950859 109 - 22224390
CCCAUACCCAUCGCCAUUGCCAUCGGCAUGGCCAUAUAGCCAUAUAGCCAUAUAGCCAUAUA----CAGCUAGCCAUACAGCCAUAUAGCCACAUUUCAAUGACCUCCCCCUU
..............(((((.....(((.((((.((((.((......)).)))).))))((((----..(((........)))..)))))))......)))))........... ( -20.80)
>DroSec_CAF1 19245 107 - 1
CCCAUACCCAUCGCCAUUGCCAUCGGCACGGCCAUAUAGCCAUAUAGCCAUACAGCCAUAU------AGCUAGCUAUACAGCCAUAUAGUCACAUUUCAAUGACCUCCCCCUU
............(((.........)))..(((..((((((....((((.(((......)))------.))))))))))..))).....((((........))))......... ( -20.90)
>DroSim_CAF1 13736 107 - 1
CCCAUACCCAUCGCCAUUGCCAUCGACACGGCCAUAUAGCCAUAUAGCCAUACAGCCAUAU------AGCUAGCUAUACAGCCAUAUAGCCACAUUUCAAUGACCUCCCCCUU
..............(((((..........(((.((((.((..((((((.....(((.....------.))).))))))..)).)))).)))......)))))........... ( -17.89)
>DroEre_CAF1 17973 99 - 1
-CCAUCGCCAUUGGCAUCGGCAUCGGCACGGCCAUAUAGCCAUAUCGCCAUAUAGCCAUAUAGCCA------------CAGCCAUAUAGCCACAUUUCAAUGACCUCCCCCU-
-.......(((((((....))...(((..(((.((((.((......)).)))).)))((((.((..------------..)).)))).)))......)))))..........- ( -21.90)
>consensus
CCCAUACCCAUCGCCAUUGCCAUCGGCACGGCCAUAUAGCCAUAUAGCCAUACAGCCAUAU______AGCUAGCUAUACAGCCAUAUAGCCACAUUUCAAUGACCUCCCCCUU
..............(((((.....(((..(((.((((.((......)).)))).)))...........(((........)))......)))......)))))........... (-11.48 = -13.10 +   1.62)

alignment

secondary structure

dotplot

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