Locus 6193

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 15,782,846 – 15,782,966
Length 120
Max. P 0.719981
window10093

overview

Window 3

Location 15,782,846 – 15,782,966
Length 120
Sequences 3
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 100.00
Mean single sequence MFE -40.30
Consensus MFE -40.30
Energy contribution -40.30
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.58
Structure conservation index 1.00
SVM decision value 0.40
SVM RNA-class probability 0.719981
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15782846 120 - 22224390
GUGCCGUUGUUCCUGCUACGAUUAUUAUUUUCUAGUGAUGACUUUAUUCAAGCUCAACAACAGUUAGCCCGGUGGGCGAGUGAGGAUGUGGUAUCCGUCGUGGUAUUGGACCAGCCGCCA
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>DroSim_CAF1 14577 120 - 1
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>DroYak_CAF1 12123 120 - 1
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(.((.((((.(((((((((((((((((((....)))))))(((.(((((..(((((((....))).((((...))))))))..))))).)))....)))))))))..))).)))).))). ( -40.30)
>consensus
GUGCCGUUGUUCCUGCUACGAUUAUUAUUUUCUAGUGAUGACUUUAUUCAAGCUCAACAACAGUUAGCCCGGUGGGCGAGUGAGGAUGUGGUAUCCGUCGUGGUAUUGGACCAGCCGCCA
(.((.((((.(((((((((((((((((((....)))))))(((.(((((..(((((((....))).((((...))))))))..))))).)))....)))))))))..))).)))).))). (-40.30 = -40.30 +   0.00)

alignment

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secondary structure

Postscript

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Postscript

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