Locus 6186

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	15,775,570 – 15,775,806
Length	236
Max. P	0.999341

overview

Window 2

Location	15,775,570 – 15,775,673
Length	103
Sequences	5
Columns	103
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	95.05
Mean single sequence MFE	-24.64
Consensus MFE	-22.36
Energy contribution	-22.76
Covariance contribution	0.40
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-2.33
Structure conservation index	0.91
SVM decision value	3.52
SVM RNA-class probability	0.999341
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15775570 103 - 22224390
GAUUUGCACAAUUGGAAUUACUUCUAUAUUUAGUAAUAAGGAUGUAAACAGUUGAAUGUACGCGUUAUAUACAUGUACGCAUCCCUGCGAAUCUGAAUACAUA
((((((((((((((...((((.(((.((((....)))).))).)))).))))))...(((((.((.....)).))))).......)))))))).......... ( -25.40)
>DroSec_CAF1 6129 103 - 1
GAUUUGCACAAUUGGAAUUACUUCUAUAUUUAGUAAUAAGGAUGUAAACAGUUGGAUGUACGCGUUGUAUACAUGUACACAUCCCUGCGAAUCUGAAUACAUA
((((((((((((((...((((.(((.((((....)))).))).)))).))))))..((((((.((.....)).))))))......)))))))).......... ( -26.30)
>DroSim_CAF1 4563 103 - 1
GAUUUGCACAAUUGGAAUUACUUCUAUAUUUAGUAAUAAGGAUGUAAACAGUUGGAUGUACGCGUUAUAUACAUGUACACAUCCCUGCGAAUCUGAAUACAUA
((((((((((((((...((((.(((.((((....)))).))).)))).))))))..((((((.((.....)).))))))......)))))))).......... ( -26.30)
>DroEre_CAF1 6219 103 - 1
AAUUUGCACAAUUGGAAUUACUUCUAUAUUUAGUAAUAAGGAUGUAAACAGUUGGAUGUACGCGUUAUGUACAUGUAUAUAUCCCUGCGAAUCCGAAUACAUA
.(((((((((((((...((((.(((.((((....)))).))).)))).))))))((((((..(((.......)))..))))))..)))))))........... ( -23.10)
>DroYak_CAF1 5828 103 - 1
CAUUUGCACAAUUGGAAUUACUUCUAUAUUUAGUAAUAAGGAUGUAAACAGUCGGAUGUACGCGUUAUGUACAUGUAUAUAUCCCUGCGAUUCCGAAUACAUA
...........((((((((((.(((.((((....)))).))).))...(((..(((((((..(((.......)))..)))))))))).))))))))....... ( -22.10)
>consensus
GAUUUGCACAAUUGGAAUUACUUCUAUAUUUAGUAAUAAGGAUGUAAACAGUUGGAUGUACGCGUUAUAUACAUGUACACAUCCCUGCGAAUCUGAAUACAUA
((((((((((((((...((((.(((.((((....)))).))).)))).))))))..((((((.((.....)).))))))......)))))))).......... (-22.36 = -22.76 +   0.40)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	15,775,673 – 15,775,766
Length	93
Sequences	5
Columns	94
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	95.09
Mean single sequence MFE	-26.94
Consensus MFE	-24.22
Energy contribution	-24.86
Covariance contribution	0.64
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.91
Structure conservation index	0.90
SVM decision value	2.42
SVM RNA-class probability	0.993663
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15775673 93 + 22224390
GCUAGUGGAGGUGUACAUAUGUAUUUAUGCAAGCGUGCGUAUGUAUGUGGGUACAUAA-AACAUGGCAAGUGAAAAUUCGCAUGGUCUUCUCCU
......((((((((((.(((((((.((((((....)))))).))))))).))))))..-.....(((..((((....))))...)))..)))). ( -28.30)
>DroSec_CAF1 6232 93 + 1
UACAGUGGAGGUGUACAUAUGUAUUUAUGCAAGCGUGCGUAUGUAUGUGGGUACAUAA-AACAUGGCAAGUGAAAAUUCGCAUGGUCUCCCCCU
......((((((((((.(((((((.((((((....)))))).))))))).))))))..-..((((.(.(((....))).)))))..)))).... ( -27.80)
>DroSim_CAF1 4666 93 + 1
GCCAGUGGAGGUGUACAUAUGUAUUUAUGCAAGCGUGCGUAUGUAUGUGGGUACAUAA-AACAUGGCAAGUGAAAAUUCGCAUGGUCUCCCCCU
((((((....((((((.(((((((.((((((....)))))).))))))).))))))..-.)).))))..((((....))))..((......)). ( -29.00)
>DroEre_CAF1 6322 94 + 1
GCCAGUGGAGGUGUACAUAUGUAUUUAUGCAAGCGUUCGUAUGUAUGUGGGUACAUAAAAACAUGGCAAGUGAAAAUUCGCAUGGUUUUCCCUU
((((((....((((((.(((((((.((((........)))).))))))).))))))....)).))))(((.(((((((.....))))))).))) ( -24.80)
>DroYak_CAF1 5931 94 + 1
GCCAGUGGAGGUGUACAUAUGUAUUUAUGCAAGCGUUCGUAUGUAUGUGGGUACAUAAAAACAUGGCAAGUGAAAAUUCGCAUGGUUUUCCCUU
((((((....((((((.(((((((.((((........)))).))))))).))))))....)).))))(((.(((((((.....))))))).))) ( -24.80)
>consensus
GCCAGUGGAGGUGUACAUAUGUAUUUAUGCAAGCGUGCGUAUGUAUGUGGGUACAUAA_AACAUGGCAAGUGAAAAUUCGCAUGGUCUUCCCCU
((((((....((((((.(((((((.((((((....)))))).))))))).))))))....)).))))..((((....))))............. (-24.22 = -24.86 +   0.64)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	15,775,687 – 15,775,806
Length	119
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.82
Mean single sequence MFE	-29.93
Consensus MFE	-27.80
Energy contribution	-27.52
Covariance contribution	-0.28
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-1.59
Structure conservation index	0.93
SVM decision value	1.88
SVM RNA-class probability	0.981066
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15775687 119 + 22224390
ACAUAUGUAUUUAUGCAAGCGUGCGUAUGUAUGUGGGUACAUAA-AACAUGGCAAGUGAAAAUUCGCAUGGUCUUCUCCUCAGUUUCACACUGAGGACAUUAUUUAUUUGGACGAUUAUC
...((((((((((((((.((....)).))))))..)))))))).-..((((.(.(((....))).)))))((((..((((((((.....))))))))............))))....... ( -29.44)
>DroSec_CAF1 6246 119 + 1
ACAUAUGUAUUUAUGCAAGCGUGCGUAUGUAUGUGGGUACAUAA-AACAUGGCAAGUGAAAAUUCGCAUGGUCUCCCCCUUAGUUUCAUACUGAGGACAUUAUUUAUUUGCACGAUUAUC
...(((((.(((((((..((((((....))))))..)..)))))-))))))(((((((((.........((....))(((((((.....)))))))......)))))))))......... ( -29.30)
>DroSim_CAF1 4680 119 + 1
ACAUAUGUAUUUAUGCAAGCGUGCGUAUGUAUGUGGGUACAUAA-AACAUGGCAAGUGAAAAUUCGCAUGGUCUCCCCCUUAGUUUCGUACUGAGGACAUUAUUUAUUUGCACGAUUAUC
...(((((.(((((((..((((((....))))))..)..)))))-))))))(((((((((.........((....))(((((((.....)))))))......)))))))))......... ( -29.30)
>DroEre_CAF1 6336 120 + 1
ACAUAUGUAUUUAUGCAAGCGUUCGUAUGUAUGUGGGUACAUAAAAACAUGGCAAGUGAAAAUUCGCAUGGUUUUCCCUUCAGUUUCGUACUGAGGACAUUAUUUACUCGCACGAUUCUC
(((((((.....(((....))).))))))).((((((((.((((((((...((.(((....))).))...))))...(((((((.....)))))))...)))).))))))))........ ( -30.80)
>DroYak_CAF1 5945 120 + 1
ACAUAUGUAUUUAUGCAAGCGUUCGUAUGUAUGUGGGUACAUAAAAACAUGGCAAGUGAAAAUUCGCAUGGUUUUCCCUUCAGUUUCGUACUGAGGACAUUAUUUACUCGCACAAUUAUC
(((((((.....(((....))).))))))).((((((((.((((((((...((.(((....))).))...))))...(((((((.....)))))))...)))).))))))))........ ( -30.80)
>consensus
ACAUAUGUAUUUAUGCAAGCGUGCGUAUGUAUGUGGGUACAUAA_AACAUGGCAAGUGAAAAUUCGCAUGGUCUUCCCCUCAGUUUCGUACUGAGGACAUUAUUUAUUUGCACGAUUAUC
...((((((((((((((.((....)).))))))..))))))))........(((((((((.........((....))(((((((.....)))))))......)))))))))......... (-27.80 = -27.52 +  -0.28)

alignment

secondary structure

dotplot

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