Locus 6169

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 15,741,258 – 15,741,394
Length 136
Max. P 0.999301
window10047 window10048

overview

Window 7

Location 15,741,258 – 15,741,378
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.17
Mean single sequence MFE -45.17
Consensus MFE -29.93
Energy contribution -31.55
Covariance contribution 1.62
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -1.31
Structure conservation index 0.66
SVM decision value 0.13
SVM RNA-class probability 0.597999
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15741258 120 + 22224390
CAUCUUGCACGUGUGCGUCCGAUGUGGCGCUGCGGACCCAAAGUUGUGCUGCUGCUGGUGUUGCUCCACGCACUCGGCAGGAGCUUUCGGUAGCGGCAAGGGUCUAAUUGAGAUUUGCGA
....(((((((((.(((((......)))))))))(((((.......((((((((((((....(((((..((.....)).)))))..)))))))))))).)))))...........))))) ( -49.70)
>DroSec_CAF1 53 120 + 1
CAUCUUGCACGUGUGCGUUCGAUGUGGCGCUGCGGACCCAAAGUUGUGCUGCUGCUGGUGCUGCUCCACGCACUCGGCUGGAGCUUUCGGCAGCGGCAAGGGUCUUAUUGAGAUUUGCGA
....(((((((((.(((((......)))))))))(((((.......((((((((((((....((((((.((.....))))))))..)))))))))))).)))))...........))))) ( -52.50)
>DroSim_CAF1 50 120 + 1
CAUCUUGCACGUGUGCGUUCGAUGUGGCGCUGCGGACCCAAAGUUGUGCUGCUGCUGGUGCUGCUCCACGCACUCGGCUGGAGCUUUCGGCAGCGGCAAGGGUCUUAUUGAGAUUUGCGA
....(((((((((.(((((......)))))))))(((((.......((((((((((((....((((((.((.....))))))))..)))))))))))).)))))...........))))) ( -52.50)
>DroEre_CAF1 49 120 + 1
CAUCUUGCACGUAUGCGUUCGAUGUGGCGCUGCCGACCCAAAGUUGUGCUGCUGCUGAUGCUGCUCCGCGCAGUCGGCUGGAGCCUUCGGCAGCGGCAUGGAUCUUAUUGAGAUUUGCGA
.........((((....(((((((((((...))))........(..((((((((((((....((((((.((.....))))))))..))))))))))))..)....)))))))...)))). ( -47.60)
>DroYak_CAF1 44 120 + 1
CAUCUUGCACGUAUGCGUUCGAUGUGGUGCUGCGGACCCAAAGUUGUGCUGCUGCUGGUGCUGCUCCGCACAGUCGGCUGGAGCUUUCGGCAGUGGCAAGGAUCUUAUUGAGAUUUGCGA
.........((((....(((((((.(((.((...(((.....))).(((..(((((((....(((((((.......)).)))))..)))))))..))))).))).)))))))...)))). ( -42.70)
>DroPer_CAF1 5511 105 + 1
AAUCUUAAAUGUUUGCGUCCGAUAGGGUAGGGUAGCCUUAAAGCAAUUUUGA------------UCAGC---GUUGGCGUCAGCAGUAGUAAAUGUUAAGGAGGGUAUUGGCAUUUGCCU
.........((((.(((.((((((((((......)))))...((........------------...))---)))))))).))))...(((((((((((........))))))))))).. ( -26.00)
>consensus
CAUCUUGCACGUGUGCGUUCGAUGUGGCGCUGCGGACCCAAAGUUGUGCUGCUGCUGGUGCUGCUCCACGCACUCGGCUGGAGCUUUCGGCAGCGGCAAGGAUCUUAUUGAGAUUUGCGA
(((.(((.(((....))).))).)))....(((.............((((((((((((....((((((.((.....))))))))..)))))))))))).((((((.....))))))))). (-29.93 = -31.55 +   1.62)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 15,741,298 – 15,741,394
Length 96
Sequences 5
Columns 96
Reading direction forward
Mean pairwise identity 93.33
Mean single sequence MFE -38.30
Consensus MFE -36.68
Energy contribution -36.20
Covariance contribution -0.48
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -2.00
Structure conservation index 0.96
SVM decision value 3.50
SVM RNA-class probability 0.999301
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15741298 96 + 22224390
AAGUUGUGCUGCUGCUGGUGUUGCUCCACGCACUCGGCAGGAGCUUUCGGUAGCGGCAAGGGUCUAAUUGAGAUUUGCGAGAGAUGCUGCGAUUGA
.(((((((((((((((((....(((((..((.....)).)))))..))))))))))).((.((((..(((.......))).)))).)))))))).. ( -36.40)
>DroSec_CAF1 93 96 + 1
AAGUUGUGCUGCUGCUGGUGCUGCUCCACGCACUCGGCUGGAGCUUUCGGCAGCGGCAAGGGUCUUAUUGAGAUUUGCGAGAGGUGCUGCGAUUGA
.(((((((((((((((((....((((((.((.....))))))))..)))))))))))..(((((((...)))))))(((.....))).)))))).. ( -39.40)
>DroSim_CAF1 90 96 + 1
AAGUUGUGCUGCUGCUGGUGCUGCUCCACGCACUCGGCUGGAGCUUUCGGCAGCGGCAAGGGUCUUAUUGAGAUUUGCGAGAGGUGCUGCGAUUGA
.(((((((((((((((((....((((((.((.....))))))))..)))))))))))..(((((((...)))))))(((.....))).)))))).. ( -39.40)
>DroEre_CAF1 89 96 + 1
AAGUUGUGCUGCUGCUGAUGCUGCUCCGCGCAGUCGGCUGGAGCCUUCGGCAGCGGCAUGGAUCUUAUUGAGAUUUGCGAGAGGUGCUGCGAUUGG
.(((((((((((((((((....((((((.((.....))))))))..)))))))))))..(.(((((.(((.......)))))))).).)))))).. ( -39.50)
>DroYak_CAF1 84 96 + 1
AAGUUGUGCUGCUGCUGGUGCUGCUCCGCACAGUCGGCUGGAGCUUUCGGCAGUGGCAAGGAUCUUAUUGAGAUUUGCGAGAGGUGCUGCGAUUGG
.((((((((..(((((((....(((((((.......)).)))))..)))))))..)).((.(((((.(((.......)))))))).)))))))).. ( -36.80)
>consensus
AAGUUGUGCUGCUGCUGGUGCUGCUCCACGCACUCGGCUGGAGCUUUCGGCAGCGGCAAGGGUCUUAUUGAGAUUUGCGAGAGGUGCUGCGAUUGA
.(((((((((((((((((....((((((.((.....))))))))..)))))))))))..((((((.....))))))(((.....))).)))))).. (-36.68 = -36.20 +  -0.48)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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