Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 15,717,383 – 15,717,657 |
Length | 274 |
Max. P | 0.987427 |
Location | 15,717,383 – 15,717,503 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 93.63 |
Mean single sequence MFE | -38.38 |
Consensus MFE | -32.70 |
Energy contribution | -32.18 |
Covariance contribution | -0.52 |
Combinations/Pair | 1.11 |
Mean z-score | -1.37 |
Structure conservation index | 0.85 |
SVM decision value | 0.38 |
SVM RNA-class probability | 0.714248 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 15717383 120 + 22224390 CUGAUUGCGAGCCCAGUUUGCAGACACCCAGGUGAUUACUGUUUGCGUUUGCAUUUGCGGCGGCAUUAAGAUCACUUGAUAUUAGAUUAUUGAGCUGGUGCGUGGGCAGCGGUUUUGUUA ..((((((..(((((...(((((((.(.(((.......)))...).)))))))...(((.((((.((((((((...........)))).)))))))).))).))))).))))))...... ( -37.60) >DroSec_CAF1 866 120 + 1 CUGAUUGCGAGCCCAGUUUGCAGACACCCAGGUGAUUACUGUUUGCGUUUGCAUUCGCGGCGGCAUUAAGAUCACUUGAUAUUAGAUUAUUGAGCUGGUGCGUGGGCAGCGGCUUUGUUA ....((((..((((((..(((((((.(.(((.......)))...).)))))))..)(((.((((.((((((((...........)))).)))))))).))).))))).))))........ ( -37.30) >DroSim_CAF1 214 120 + 1 CUGAUUGCGAGCCCAGUUUGCAGACACCCAGGUGAUUACUGUUUGCGUUUGCAUUCGCGGCGGCAUUAAGAUCACUUGAUAUUAGAUUAUUGAGCUGGUGCGUGGGCAGCGGUUUUGUUA ..((((((..((((((..(((((((.(.(((.......)))...).)))))))..)(((.((((.((((((((...........)))).)))))))).))).))))).))))))...... ( -39.50) >DroEre_CAF1 890 114 + 1 CUGAUUGCGAGGCCAAUUUGCAGACACCCAGGUGAUUGCUGUUUGCGUUUGCA------GCGGCAUUAAGAUCACUUGAUAUUAGAUUAUUGAGCUGGUGCGAGGGCAGCGGUUUUGUCA ......((((((((.....((((.(((....))).)))).(((.((.((((((------.((((.((((((((...........)))).)))))))).)))))).))))))))))))).. ( -39.30) >DroYak_CAF1 246 114 + 1 CUGAUUGCGAACCCAGUUUGCAGACGCCCAGGUGAUUGCUGUUUGCGUUUGCA------GCGGCAUUAAGAUCACUUGAUAUUAGAUUAUUGAGCUGGUGCGAGGGCAGCGGUUUUGUCA .....(((((((...)))))))(((...(((((((((((((((.((....)))------)))))).....)))))))).............((((((.(((....))).)))))).))). ( -38.20) >consensus CUGAUUGCGAGCCCAGUUUGCAGACACCCAGGUGAUUACUGUUUGCGUUUGCAUU_GCGGCGGCAUUAAGAUCACUUGAUAUUAGAUUAUUGAGCUGGUGCGUGGGCAGCGGUUUUGUUA .....(((((((...)))))))((((..(((((((((......(((...(((.......))))))....))))))))).............((((((.(((....))).)))))))))). (-32.70 = -32.18 + -0.52)
Location | 15,717,463 – 15,717,577 |
---|---|
Length | 114 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 93.21 |
Mean single sequence MFE | -35.06 |
Consensus MFE | -30.28 |
Energy contribution | -30.44 |
Covariance contribution | 0.16 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -1.44 |
Structure conservation index | 0.86 |
SVM decision value | 0.71 |
SVM RNA-class probability | 0.829576 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 15717463 114 + 22224390 AUUAGAUUAUUGAGCUGGUGCGUGGGCAGCGGUUUUGUUACGUGCAAUUGGUCAAUAGUGU---UACUCGUGGCGGGGGAAUUGUGAGAUUUUUUGGUGUCGCUGC---UGCUGCCAGUA .....((((((((.(..(..(((((.(((.....))))))))..)....).))))))))..---......((((((.((....((((.(((....))).))))..)---).))))))... ( -35.70) >DroSec_CAF1 946 120 + 1 AUUAGAUUAUUGAGCUGGUGCGUGGGCAGCGGCUUUGUUACGUGCAAUUGGUCAAUAGUGUUAUUACUCGUGGCGGGGGAAUUGUGAGAUUUUUUGGUGUCGCUGCUGCUGCUGCCAGUA .....((((((((((((.(((....))).)))).((((.....))))....)))))))).....((((.(..((((.((....((((.(((....))).))))..)).))))..).)))) ( -39.30) >DroSim_CAF1 294 120 + 1 AUUAGAUUAUUGAGCUGGUGCGUGGGCAGCGGUUUUGUUACGUGCAAUUGGUCAAUAGUGUUAUUACUCGUGGCGGGGGAAUUGUGAGAUUUUUUGGUGUCGCUGCUGCUGCUGCCAGUA .....((((((((.(..(..(((((.(((.....))))))))..)....).)))))))).....((((.(..((((.((....((((.(((....))).))))..)).))))..).)))) ( -38.40) >DroEre_CAF1 964 111 + 1 AUUAGAUUAUUGAGCUGGUGCGAGGGCAGCGGUUUUGUCACAUGCAAUUGGUCAAUAGUGU---UACUUGUGGCGGGGGAAUUGUGAGAUUUUUUGGUGUCGCUG------CUGCCAGUA .............((((((((.((((((.(((...(.(((((.....((.((((..((...---..))..)))).)).....))))).)....))).)))).)))------).)))))). ( -30.80) >DroYak_CAF1 320 111 + 1 AUUAGAUUAUUGAGCUGGUGCGAGGGCAGCGGUUUUGUCACAUGCAAUUGGUCAAUAGUGU---UACUCGUGGCGGGGGAAUUGUGAGAUUUUUUGGUGUCGCUG------CUGCCAGUA .............((((((((.((((((.(((...(.(((((.....((.((((..((...---..))..)))).)).....))))).)....))).)))).)))------).)))))). ( -31.10) >consensus AUUAGAUUAUUGAGCUGGUGCGUGGGCAGCGGUUUUGUUACGUGCAAUUGGUCAAUAGUGU___UACUCGUGGCGGGGGAAUUGUGAGAUUUUUUGGUGUCGCUGC___UGCUGCCAGUA .....((((((((.(...(((((((((((.....))))).))))))...).))))))))...........((((((.......((((.(((....))).))))........))))))... (-30.28 = -30.44 + 0.16)
Location | 15,717,540 – 15,717,657 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 95.29 |
Mean single sequence MFE | -40.40 |
Consensus MFE | -39.54 |
Energy contribution | -39.74 |
Covariance contribution | 0.20 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -1.53 |
Structure conservation index | 0.98 |
SVM decision value | 2.08 |
SVM RNA-class probability | 0.987427 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 15717540 117 - 22224390 AGCCUGCCAUCGCUGGGCGUUGGUGGCGCCGUAUCGCAUAGUCAUGACCACAUUGACGUUGGUGUGAUUCACGCCAGUUGUACUGGCAGCA---GCAGCGACACCAAAAAAUCUCACAAU .((((((....)).)))).((((((.(((.(((((((((.((((((....)).))))....)))))))....(((((.....)))))....---)).))).))))))............. ( -41.20) >DroSec_CAF1 1026 120 - 1 AGCCUGCCAUCGCUGGGCGUUGGUGGCGCCGUAUCGCAUAGUCAUGACCACAUUGACGUUGGUGUGAUCCACGCCAGUUGUACUGGCAGCAGCAGCAGCGACACCAAAAAAUCUCACAAU .((((((....)).)))).((((((.(((.(.(((((((.((((((....)).))))....))))))).)..(((((.....))))).((....)).))).))))))............. ( -41.50) >DroSim_CAF1 374 120 - 1 AGCCUGCCAUCGCUGGGCGUUGGUGGCGCCGUAUCGCAUAGUCAUGACCACAUUGACGUUGGUGUGAUCCACGCCAGUUGUACUGGCAGCAGCAGCAGCGACACCAAAAAAUCUCACAAU .((((((....)).)))).((((((.(((.(.(((((((.((((((....)).))))....))))))).)..(((((.....))))).((....)).))).))))))............. ( -41.50) >DroEre_CAF1 1041 114 - 1 AGCCUGCCACCGCUGGGCGUUGGUGGCGCCGUAUCGCAUAGUCAUGACCAUAUUGACGUUGGUGUGAUCCACGCCAGUUGUACUGGCAG------CAGCGACACCAAAAAAUCUCACAAU .((((((....)).)))).((((((.(((.(((((((((.((((.........))))....)))))))....(((((.....))))).)------).))).))))))............. ( -41.00) >DroYak_CAF1 397 114 - 1 AGCCUGCCAUCGCUGGGCGUUGGUGGCGCCGUAUCGCAUAGUCAUGACCAUAUUGACGUUGGUGUAAUUCACGCCAGUUGUACUGGCAG------CAGCGACACCAAAAAAUCUCACAAU .((((((....)).)))).((((((.(((.((...((((.((((.........))))....)))).......(((((.....))))).)------).))).))))))............. ( -36.80) >consensus AGCCUGCCAUCGCUGGGCGUUGGUGGCGCCGUAUCGCAUAGUCAUGACCACAUUGACGUUGGUGUGAUCCACGCCAGUUGUACUGGCAGCA___GCAGCGACACCAAAAAAUCUCACAAU .((((((....)).)))).((((((.(((.(.(((((((.((((.........))))....))))))).)..(((((.....)))))..........))).))))))............. (-39.54 = -39.74 + 0.20)
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