Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 15,678,817 – 15,679,014 |
Length | 197 |
Max. P | 0.677274 |
Location | 15,678,817 – 15,678,934 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 94.73 |
Mean single sequence MFE | -27.03 |
Consensus MFE | -21.10 |
Energy contribution | -20.94 |
Covariance contribution | -0.16 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -1.80 |
Structure conservation index | 0.78 |
SVM decision value | 0.30 |
SVM RNA-class probability | 0.677274 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 15678817 117 - 22224390 AAACCGGUGAAUA--UAUAGUCCCAUUGUCACCAAGCAAGCGAACAUGCAGAUAAAAUGCGUAUCAGAUGAUGAAAAUAAAGUAAAC-UUUUUUUUUGCAUUGCGCUGCAUAAUGGUUUU ((((((((((...--.((......))..)))))..(((.(((...(((((.......)))))....((((.((((((.((((....)-))).)))))))))).)))))).....))))). ( -27.70) >DroSec_CAF1 6413 116 - 1 AAACCGGUGUAUA--UAUAGUCCCAUUGUCACCAAGCAAGCGAACAUGCAGACAAAAUGCGUAUCAGAUGAUGAAAAUAAAGUAAAC-UUU-UUUUUGCAUUGCGCUGCAUAAUGGUUUU (((((((((.(((--...........)))))))............((((((....(((((.((((....))))((((.((((....)-)))-.)))))))))...))))))...))))). ( -27.00) >DroSim_CAF1 3159 116 - 1 AAACCGGUGUAUA--UAUAGUACCAUUGUCACCAAGCAAGCGAACAUGCAGACAAAAUGCGUAUCAGAUGAUGAAAAUAAAGUAAAU-UUU-UUUUUGCAUUGCGCUGCAUAAUGGUUUU (((((((((.(((--...........)))))))..(((.(((...(((((((.(((((((.((((....))))........)))...-)))-).)))))))..)))))).....))))). ( -26.40) >DroEre_CAF1 5418 118 - 1 AGACCGGUGUAUAUAUAUAGUACCAUUGUCACCAAGCACACGAACAUGCAGACAAAAUGCGUAUCAGAGGAUGAAAAUAAAGUAAAC-UUU-UUUUUGCAUUGCUCUGCAUAAUGGUUUU (((((((((.(((.............)))))))............(((((((...(((((.((((....))))((((.((((....)-)))-.)))))))))..)))))))...))))). ( -27.52) >DroYak_CAF1 3177 117 - 1 AAACCGGUGUAUA--UAUAGUCCCAUUGUCACCAAGCACACGAACAUGCAGACAAAAUGCGUAUCAGAGGAUGAAAAUAAAGUAAACGUUU-UUUUUGCAUUGCUCUGCAUAAUGGUUUU (((((((((.(((--...........)))))))............(((((((...((((((....((((((((.............)))))-))).))))))..)))))))...))))). ( -26.52) >consensus AAACCGGUGUAUA__UAUAGUCCCAUUGUCACCAAGCAAGCGAACAUGCAGACAAAAUGCGUAUCAGAUGAUGAAAAUAAAGUAAAC_UUU_UUUUUGCAUUGCGCUGCAUAAUGGUUUU (((((((((.(((.............)))))))............((((((....(((((..(((....)))(((((.(((.......))).))))))))))...))))))...))))). (-21.10 = -20.94 + -0.16)
Location | 15,678,896 – 15,679,014 |
---|---|
Length | 118 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 92.75 |
Mean single sequence MFE | -28.32 |
Consensus MFE | -23.44 |
Energy contribution | -24.24 |
Covariance contribution | 0.80 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -1.29 |
Structure conservation index | 0.83 |
SVM decision value | -0.01 |
SVM RNA-class probability | 0.527267 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 15678896 118 - 22224390 UGAUCGUGUGUGGUAUGAUAAUGGAUACCUUAUCAUCGGAACGCACUUUGUUAUCUAGCAGAGCUGACUCACUUAUAUAAAAACCGGUGAAUA--UAUAGUCCCAUUGUCACCAAGCAAG ......(((.((((..((((((((((....(((((((((.........((((....))))(((....))).............)))))).)))--....)).)))))))))))).))).. ( -28.10) >DroSec_CAF1 6491 118 - 1 UGAUCGUGUGUGGUAUGAUAAUGGAUACCUUAUCAUCGGAACGCACUUUGUUAUCUAGCAGAGCCGACUCACUUAUAUAAAAACCGGUGUAUA--UAUAGUCCCAUUGUCACCAAGCAAG ......(((.((((..((((((((((....(((((((((.........((((....))))(((....))).............)))))).)))--....)).)))))))))))).))).. ( -28.10) >DroSim_CAF1 3237 118 - 1 UGAUCGUGUGUGGUAUGAUAAUGGAUACCUUAUCAUCGGAACGCACUUUGUUAUCUAGCAGUGCCGACUCACUUAUUUAAAAACCGGUGUAUA--UAUAGUACCAUUGUCACCAAGCAAG ......(((.((((..((((((((.(((..(((((((((...(((((..(((....)))))))).(.....)...........)))))).)))--....))))))))))))))).))).. ( -30.10) >DroEre_CAF1 5496 117 - 1 UGAUCGUGUGUGGUAUGAUA-UGGAUAACUUAUCAUCGGAAUACAC--UGUUAUCUAGCAGAGCCGACUCACUUAUAUAAAGACCGGUGUAUAUAUAUAGUACCAUUGUCACCAAGCACA .....((((.((((..((((-(((...((((((((((((......(--((((....)))))..........(((.....))).)))))).))).....))).))).)))))))).)))). ( -26.80) >DroYak_CAF1 3256 117 - 1 UGAUCGUGUGUGAUAUGAUA-UGGAUACCUUAUCAUCGGAAUACACCGUGUUAUCUAGCAGAGCCGACUCACUUAUAUAAAAACCGGUGUAUA--UAUAGUCCCAUUGUCACCAAGCACA .....(((((((((((((((-.((...)).)))))..(((((((((((((((....))))(((....)))..............)))))))).--.....)))...))))))...)))). ( -28.50) >consensus UGAUCGUGUGUGGUAUGAUAAUGGAUACCUUAUCAUCGGAACGCACUUUGUUAUCUAGCAGAGCCGACUCACUUAUAUAAAAACCGGUGUAUA__UAUAGUCCCAUUGUCACCAAGCAAG ......(((.(((..((((((((((((...(((((((((.........((((....))))(((....))).............)))))).)))..)))....)))))))))))).))).. (-23.44 = -24.24 + 0.80)
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