Locus 6118

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 15,677,996 – 15,678,111
Length 115
Max. P 0.711029
window9942

overview

Window 2

Location 15,677,996 – 15,678,111
Length 115
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.36
Mean single sequence MFE -32.23
Consensus MFE -24.00
Energy contribution -25.97
Covariance contribution 1.96
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -1.76
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 0.38
SVM RNA-class probability 0.711029
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15677996 115 - 22224390
AUAGGCGACGUGUGCACACUACUUGCCAUCCAUGUGGCAUCGUUGUGUUGUUGUUAUUAAUCAGCGGAGCAACAGAA--GUCACAAUUUGGAAACAUGUCCGAGCUAAAUAUGGAGC
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>DroPse_CAF1 83634 99 - 1
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>DroSec_CAF1 5598 115 - 1
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>DroSim_CAF1 2345 115 - 1
AUAGGCGACGUGUGCACACUACUUGCCAUCCAUGUGGCAUCGUUGUGUUGUUGUUAUUAAUCAGCGGAGCAACAAAA--GUCAAAAUUUGGAAACAUGUCCGAGCUAAAUAUGGAGC
...(((((.(((....)))...))))).((((((((((...(((((.((((((........)))))).)))))....--........(((((......))))))))..))))))).. ( -34.20)
>DroEre_CAF1 4584 115 - 1
AUAGGCGAUUUGUGCACACUACUUGCCAUCCAUGUGGCAUCGUUGUGUUGUUGUUAUUAAUCAGCGAAGCAACAAAA--GUCAAAAUUUGGAAACAUGUCCGAGCUAAAUAUGGAGC
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>DroYak_CAF1 2346 115 - 1
AUUGGCAAUGUGUGCACACUACUUGCCAUCCAUGUGGCAUCGUUGUGUUGUUGUUAUUAAUAAGCGGAGCAACAAAA--GUCGAAAUUUGGAAACAUGUCCGAGCUAAAUAUGGAGC
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>consensus
AUAGGCGACGUGUGCACACUACUUGCCAUCCAUGUGGCAUCGUUGUGUUGUUGUUAUUAAUCAGCGGAGCAACAAAA__GUCAAAAUUUGGAAACAUGUCCGAGCUAAAUAUGGAGC
...(((((.(((....)))...))))).((((((((((...(((((.((((((........)))))).)))))..............(((((......))))))))..))))))).. (-24.00 = -25.97 +   1.96)

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