Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 15,639,206 – 15,639,317 |
Length | 111 |
Max. P | 0.919927 |
Location | 15,639,206 – 15,639,317 |
---|---|
Length | 111 |
Sequences | 4 |
Columns | 112 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 93.42 |
Mean single sequence MFE | -29.27 |
Consensus MFE | -26.05 |
Energy contribution | -25.67 |
Covariance contribution | -0.38 |
Combinations/Pair | 1.07 |
Mean z-score | -2.00 |
Structure conservation index | 0.89 |
SVM decision value | 1.13 |
SVM RNA-class probability | 0.919927 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 15639206 111 + 22224390 UGCUGUGCUGUGCAGUGCUGUAUGCGUUUAUUUGACAGCUUAUGAAUCACCCACAAAGAUUUAUUUGUGCUGAUUGCAGCACAACUGUUGCACCCCAU-UCAAAAAAAAAAC ((..((((...((((((((((.............)))))..(((((((.........))))))).(((((((....)))))))))))).))))..)).-............. ( -28.82) >DroSec_CAF1 3876 111 + 1 UGCUGUGCUGUGCAGUGCUGUAUGCGUUUAUUUGACAGCUUAUGAAUCACCCGCAAAGAUUUAUUUGUGCUGAUUGCAGCACAACUGUUGCACCCCAU-UCAAAAAAAAAAU ((..((((...((((((((((.............)))))..(((((((.........))))))).(((((((....)))))))))))).))))..)).-............. ( -28.82) >DroSim_CAF1 3868 111 + 1 UGCUGUGCUGUGCAGUGCUGUAUGCGUUUAUUUGACAGCUUAUGAAUCACCCGCAAAGAUUUAUUUGUGCUGAUUGCAGCACAACUGUUGCACCCCAU-UCAAAAAAAAAAC ((..((((...((((((((((.............)))))..(((((((.........))))))).(((((((....)))))))))))).))))..)).-............. ( -28.82) >DroEre_CAF1 3527 109 + 1 UGCUGUGCUGUGCUGAGCUGUGUGCAUUUAUUUGACAGCUUAUGAAUCACCCGCAAAGAUUCAUUUGCGCUGAUUGCAGCACAACUGUUGCACCCACUUUCAAAAAACA--- (((((((((((..((((((((...((......))))))))))..(((((..((((((......)))))).)))))))))))))......))).................--- ( -30.60) >consensus UGCUGUGCUGUGCAGUGCUGUAUGCGUUUAUUUGACAGCUUAUGAAUCACCCGCAAAGAUUUAUUUGUGCUGAUUGCAGCACAACUGUUGCACCCCAU_UCAAAAAAAAAAC (((((((((((.....(((((.............))))).....(((((..((((((......)))))).)))))))))))))......))).................... (-26.05 = -25.67 + -0.38)
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