Locus 6083

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	15,611,963 – 15,612,112
Length	149
Max. P	0.967607

overview

Window 8

Location	15,611,963 – 15,612,077
Length	114
Sequences	6
Columns	115
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	75.10
Mean single sequence MFE	-47.75
Consensus MFE	-25.75
Energy contribution	-24.95
Covariance contribution	-0.80
Combinations/Pair	1.45
Mean z-score	-2.24
Structure conservation index	0.54
SVM decision value	1.61
SVM RNA-class probability	0.967607
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15611963 114 - 22224390
ACGUAG-AGCGGGCGUGGAGUACGCGGUGUCGCUGCAGGUAUAGAUAAUGCUAUGACCACGCCUGCGCAAAUCGUGGAUUAUGUGCAGCAUGCUGCGCUGCGACACGAUAUCCAA
.....(-.((((((((((.....((((.....)))).(((((.....)))))....)))))))))).)..((((((......((((((....)))))).....))))))...... ( -47.90)
>DroVir_CAF1 19578 114 - 1
CCGGUU-GGCCACGUCGCAGUACUUGGGAUCCGAGCUGGUAUAGAGCACCGCCUGGCCGCUGAAGCACUGCGAUUGAAUCAAACUAUAUAUGUUGCGCUGGCUGCUCACAUCCAG
.((((.-.((((.((((((((.(((.((..(((.((.(((.......))))).)))...)).))).)))))))))).....(((.......)))..))..))))........... ( -34.80)
>DroSec_CAF1 412 114 - 1
UCGUAG-GGCGGGCGUGGAGUACGCGGUGUCGCUGCAUGUAUAGAUCACGCUGUGACCAAACCUGCGCAUGUCGUGGAUUAUGUGCAGCAUGCUGCGCUGCGACACGAUGUCCAA
.....(-((((..((((..(((((((((((.((((((((((....((((((((((..........)))).).)))))..)))))))))))))))))).)))..)))).))))).. ( -51.00)
>DroSim_CAF1 403 115 - 1
UCGUAGGGGCGGGCGUGGAGUACGCGGUGUCGCUGCAUGUAUAGAUCACGCUGUGACCAAACCUGCGCAUGUCGUGGAUUAUGUGCAGCAUGCUGCGCUGCGACACGAUGUCCAA
......(((((..((((..(((((((((((.((((((((((....((((((((((..........)))).).)))))..)))))))))))))))))).)))..)))).))))).. ( -50.80)
>DroEre_CAF1 413 114 - 1
UCGGAG-CGCGGGCGUGGAGAACUCGGUGUCGUUGCAGGUAUAGAUCACAGUGUGGCCACGCCUGCGCAGAUCGUGGAUGAUGUGCAGCAUGUUGCGCUGCGACAUAAGGUCCAG
.....(-(((((((((((...((.(.(((((............)).))).).))..))))))))))))......(((((.(((((((((.......))))).))))...))))). ( -50.20)
>DroYak_CAF1 412 114 - 1
UCGGAG-CGCGGGUGUGGAGAACUCGGUGUCGUUGCAGGUAUAGAUGACGGUGUGGCCACGCCUGCGCAGAUCGUGGAUUAUGUGCAGCAUGCUGCGCUGCGACACAAUGUCCAG
..((((-(((((((((((....(.((.(((((((.........))))))).)).).)))))))))))).....(((......((((((....)))))).....)))....))).. ( -51.80)
>consensus
UCGGAG_GGCGGGCGUGGAGUACGCGGUGUCGCUGCAGGUAUAGAUCACGCUGUGACCACGCCUGCGCAGAUCGUGGAUUAUGUGCAGCAUGCUGCGCUGCGACACGAUGUCCAA
........((((((.(((.....(((..(((............)))..))).....))).))))))........(((((..((((..(((.((...)))))..))))..))))). (-25.75 = -24.95 +  -0.80)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	15,612,000 – 15,612,112
Length	112
Sequences	6
Columns	115
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	73.45
Mean single sequence MFE	-45.30
Consensus MFE	-18.25
Energy contribution	-18.57
Covariance contribution	0.31
Combinations/Pair	1.46
Mean z-score	-2.07
Structure conservation index	0.40
SVM decision value	0.59
SVM RNA-class probability	0.791945
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15612000 112 - 22224390
AUCACCGCGAUUCCU-GGAUAGCUCAGCGUAGC-CAUACGUAG-AGCGGGCGUGGAGUACGCGGUGUCGCUGCAGGUAUAGAUAAUGCUAUGACCACGCCUGCGCAAAUCGUGGA
....((((((((..(-(....((((.(((((..-..))))).)-)))((((((((.....((((.....)))).(((((.....)))))....)))))))).))..)))))))). ( -48.40)
>DroGri_CAF1 15410 112 - 1
AUGAUGCAGAGGCUC-GCACGAUGUAGCAAGGC-CGUCCGAGC-AGCCAAGUCACAGUGCUUGGGAUCCGAACAGGUAUAGAGCACAGCAUGACCAUGACUGCACUGCGAAUUAA
....(((((.((((.-((........))..)))-)......((-((.((.((((..((((((.....((.....))....))))))....))))..)).)))).)))))...... ( -34.00)
>DroSec_CAF1 449 112 - 1
AUCACCGCGAUGCCU-GGAUAGCUCAGCGUAGC-CAUUCGUAG-GGCGGGCGUGGAGUACGCGGUGUCGCUGCAUGUAUAGAUCACGCUGUGACCAAACCUGCGCAUGUCGUGGA
....(((((((....-.....((((.((((.((-(........-)))..)))).)))).(((((((((((.((.((.......)).)).)))))...))).)))...))))))). ( -41.10)
>DroSim_CAF1 440 115 - 1
AUCACCGCAAUGCCCGGGAUAGCUCAGCGUAGCCCAUUCGUAGGGGCGGGCGUGGAGUACGCGGUGUCGCUGCAUGUAUAGAUCACGCUGUGACCAAACCUGCGCAUGUCGUGGA
....((((.((((.((((...((((.((((.((((........))))..)))).)))).((((((((..(((......)))...))))))))......)))).))))...)))). ( -45.80)
>DroEre_CAF1 450 112 - 1
AUCACUGUGAUUCCU-GAAUAGCUCAAGGUAGC-CAUUCGGAG-CGCGGGCGUGGAGAACUCGGUGUCGUUGCAGGUAUAGAUCACAGUGUGGCCACGCCUGCGCAGAUCGUGGA
....(..(((((.((-((((.(((......)))-.)))))).(-(((((((((((...((.(.(((((............)).))).).))..)))))))))))).)))))..). ( -47.70)
>DroYak_CAF1 449 112 - 1
AUCACCGCGAUUCCU-GGAUAGCUUAACGUAGC-CAUUCGGAG-CGCGGGUGUGGAGAACUCGGUGUCGUUGCAGGUAUAGAUGACGGUGUGGCCACGCCUGCGCAGAUCGUGGA
....((((((((.((-((((.(((......)))-.)))))).(-(((((((((((....(.((.(((((((.........))))))).)).).)))))))))))).)))))))). ( -54.80)
>consensus
AUCACCGCGAUGCCU_GGAUAGCUCAGCGUAGC_CAUUCGUAG_AGCGGGCGUGGAGUACGCGGUGUCGCUGCAGGUAUAGAUCACGCUGUGACCACGCCUGCGCAGAUCGUGGA
....((((((((....(((..(((......)))...)))......(((((..(((.....(((..(((............)))..))).....)))..)))))...)))))))). (-18.25 = -18.57 +   0.31)

alignment

secondary structure

dotplot

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