Locus 6078

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 15,605,952 – 15,606,109
Length 157
Max. P 0.941056
window9866 window9867 window9868

overview

Window 6

Location 15,605,952 – 15,606,072
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.42
Mean single sequence MFE -38.34
Consensus MFE -32.34
Energy contribution -33.34
Covariance contribution 1.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.84
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 1.31
SVM RNA-class probability 0.941056
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15605952 120 - 22224390
CCACGUUGUGCAGCGUGUGGCUGGAUAUUUCACUUAUCCAGCAUUUAUUGCUCGCAUCUAUGCUAAGUUGGCUAAUGCACAAUUGCGAUCGUCCGCCGACGGAGAAAACAAGCCAAGUAC
...(((.((((((((....((((((((.......))))))))......)))).))))..)))...(.((((((..((((....)))).((.((((....)))))).....)))))).).. ( -37.10)
>DroSec_CAF1 4029 120 - 1
CCACAUUGUGCAGUGUGUGGCUGGAUAGUUCACUUAUCCAGCAUUUAUUGCUCGCAUCUAUGCUAAGUUGGCUAAUGCACAAUUGCGAUCGUCCGCCGACGGAGAAAACAAGCCAAGUAC
.......(.((((((....(((((((((.....)))))))))...)))))).)(((....)))..(.((((((..((((....)))).((.((((....)))))).....)))))).).. ( -37.20)
>DroSim_CAF1 3993 120 - 1
CCACAUUGUGCAGUGUGUGGCUGGAUAGUUCACUUAUCCAGCAUUUAUUGCUCGCAUCUAUGCUAAGUUGGCUAAUGCACAAUUGCGAUCGUCCGCCGACGGAGAAAACAAGCCAAGUAC
.......(.((((((....(((((((((.....)))))))))...)))))).)(((....)))..(.((((((..((((....)))).((.((((....)))))).....)))))).).. ( -37.20)
>DroEre_CAF1 4030 120 - 1
CUGCAUUGUGCAGUGUGUGGGUGGAUAGUUCACUUAUCCAGCAUUUAUUGCACGCAUCUAUGCUGAGUUGGCUAAUGCACAAUUGCGAUCGUCCGCCGACGGAGAAGACAAGCCAAGUAC
..(((((((((((((....(.(((((((.....))))))).)...))))))))).....))))..(.((((((..((((....)))).((.((((....)))))).....)))))).).. ( -37.60)
>DroYak_CAF1 4042 120 - 1
CCACAUUGUGCAGUGUGUGGCUGGCUAGUUCACUUAUCCAGCAUUUAUUGCACGCAUCUAUGCUCAGUUGGCUAAUGCACAAUUGCGAUCGUCCGCCGACUGAGAAGACAAGCCAAGUGC
.(((...((((((((....(((((..((....))...)))))...))))))))((.(((...((((((((((....(((....)))(......))))))))))).)))...))...))). ( -42.60)
>consensus
CCACAUUGUGCAGUGUGUGGCUGGAUAGUUCACUUAUCCAGCAUUUAUUGCUCGCAUCUAUGCUAAGUUGGCUAAUGCACAAUUGCGAUCGUCCGCCGACGGAGAAAACAAGCCAAGUAC
.......(.((((((....(((((((((.....)))))))))...)))))).)(((....)))..(.((((((..((((....)))).((.((((....)))))).....)))))).).. (-32.34 = -33.34 +   1.00)

alignment

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secondary structure

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Window 7

Location 15,605,992 – 15,606,109
Length 117
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.52
Mean single sequence MFE -33.46
Consensus MFE -24.40
Energy contribution -24.76
Covariance contribution 0.36
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -2.02
Structure conservation index 0.73
SVM decision value 0.36
SVM RNA-class probability 0.706463
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15605992 117 + 22224390
GUGCAUUAGCCAACUUAGCAUAGAUGCGAGCAAUAAAUGCUGGAUAAGUGAAAUAUCCAGCCACACGCUGCACAACGUGGCCGCAUCCAAA---ACGAGUACCAUUGAAGCGCGACUAAU
((((.((((...((((......((((((.((.......((((((((.......))))))))..((((........))))))))))))....---..))))....)))).))))....... ( -35.20)
>DroSec_CAF1 4069 117 + 1
GUGCAUUAGCCAACUUAGCAUAGAUGCGAGCAAUAAAUGCUGGAUAAGUGAACUAUCCAGCCACACACUGCACAAUGUGGUCGCAUCCAGA---ACGGGUACCAUUGAAGCGCGACUGAU
((((.((((...((((......(((((((.........((((((((.(....)))))))))..((((........)))).)))))))....---..))))....)))).))))....... ( -33.10)
>DroSim_CAF1 4033 117 + 1
GUGCAUUAGCCAACUUAGCAUAGAUGCGAGCAAUAAAUGCUGGAUAAGUGAACUAUCCAGCCACACACUGCACAAUGUGGUCGCAUCCAGA---ACGGGUACCAUUGAAGCGCGACUGAU
((((.((((...((((......(((((((.........((((((((.(....)))))))))..((((........)))).)))))))....---..))))....)))).))))....... ( -33.10)
>DroEre_CAF1 4070 117 + 1
GUGCAUUAGCCAACUCAGCAUAGAUGCGUGCAAUAAAUGCUGGAUAAGUGAACUAUCCACCCACACACUGCACAAUGCAGCAUCAUCUACA---ACGAGUACUAUUGAAGCGCGAUUAAU
((((.((((...((((....((((((.((((.........((((((.(....))))))).........(((.....)))))))))))))..---..))))....)))).))))....... ( -29.80)
>DroYak_CAF1 4082 120 + 1
GUGCAUUAGCCAACUGAGCAUAGAUGCGUGCAAUAAAUGCUGGAUAAGUGAACUAGCCAGCCACACACUGCACAAUGUGGCAUCAUCUAGAGGUACUAGUACCAUUGAGGCGCGACUAAU
((((.(((((((.....(((....)))(((((......(((((...((....))..))))).......)))))....))))..........((((....))))..))).))))....... ( -36.12)
>consensus
GUGCAUUAGCCAACUUAGCAUAGAUGCGAGCAAUAAAUGCUGGAUAAGUGAACUAUCCAGCCACACACUGCACAAUGUGGCCGCAUCCAGA___ACGAGUACCAUUGAAGCGCGACUAAU
((((.((((...((((......((((((.((.......((((((((.......))))))))..((((........)))))))))))).........))))....)))).))))....... (-24.40 = -24.76 +   0.36)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 8

Location 15,605,992 – 15,606,109
Length 117
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 90.52
Mean single sequence MFE -37.90
Consensus MFE -29.38
Energy contribution -30.50
Covariance contribution 1.12
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -2.24
Structure conservation index 0.78
SVM decision value 1.31
SVM RNA-class probability 0.940006
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15605992 117 - 22224390
AUUAGUCGCGCUUCAAUGGUACUCGU---UUUGGAUGCGGCCACGUUGUGCAGCGUGUGGCUGGAUAUUUCACUUAUCCAGCAUUUAUUGCUCGCAUCUAUGCUAAGUUGGCUAAUGCAC
((((((((.(((....(((((.....---..((((((((((((((((....))))))..((((((((.......)))))))).......)).)))))))))))))))))))))))).... ( -41.21)
>DroSec_CAF1 4069 117 - 1
AUCAGUCGCGCUUCAAUGGUACCCGU---UCUGGAUGCGACCACAUUGUGCAGUGUGUGGCUGGAUAGUUCACUUAUCCAGCAUUUAUUGCUCGCAUCUAUGCUAAGUUGGCUAAUGCAC
....((((((((..(((((...))))---)..)).))))))......(.((((((....(((((((((.....)))))))))...)))))).)((((....(((.....)))..)))).. ( -38.90)
>DroSim_CAF1 4033 117 - 1
AUCAGUCGCGCUUCAAUGGUACCCGU---UCUGGAUGCGACCACAUUGUGCAGUGUGUGGCUGGAUAGUUCACUUAUCCAGCAUUUAUUGCUCGCAUCUAUGCUAAGUUGGCUAAUGCAC
....((((((((..(((((...))))---)..)).))))))......(.((((((....(((((((((.....)))))))))...)))))).)((((....(((.....)))..)))).. ( -38.90)
>DroEre_CAF1 4070 117 - 1
AUUAAUCGCGCUUCAAUAGUACUCGU---UGUAGAUGAUGCUGCAUUGUGCAGUGUGUGGGUGGAUAGUUCACUUAUCCAGCAUUUAUUGCACGCAUCUAUGCUGAGUUGGCUAAUGCAC
.........((.....(((((((((.---.(((((((.((.((((..((((..((..((((((((...))))))))..))))))....)))))))))))))..)))))..))))..)).. ( -34.20)
>DroYak_CAF1 4082 120 - 1
AUUAGUCGCGCCUCAAUGGUACUAGUACCUCUAGAUGAUGCCACAUUGUGCAGUGUGUGGCUGGCUAGUUCACUUAUCCAGCAUUUAUUGCACGCAUCUAUGCUCAGUUGGCUAAUGCAC
((((((((((((.....))).((((.....))))..(((((......((((((((....(((((..((....))...)))))...)))))))))))))........).)))))))).... ( -36.30)
>consensus
AUUAGUCGCGCUUCAAUGGUACUCGU___UCUGGAUGCGGCCACAUUGUGCAGUGUGUGGCUGGAUAGUUCACUUAUCCAGCAUUUAUUGCUCGCAUCUAUGCUAAGUUGGCUAAUGCAC
((((((((((((.....)))...........((((((((((((((((....)))))).)(((((((((.....))))))))).........)))))))))......).)))))))).... (-29.38 = -30.50 +   1.12)

alignment

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