Locus 6068

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 15,584,013 – 15,584,133
Length 120
Max. P 0.669581
window9855

overview

Window 5

Location 15,584,013 – 15,584,133
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 94.75
Mean single sequence MFE -48.86
Consensus MFE -44.42
Energy contribution -44.46
Covariance contribution 0.04
Combinations/Pair 1.13
Mean z-score -1.19
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 0.29
SVM RNA-class probability 0.669581
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15584013 120 - 22224390
GCCACCGUCGUCAGCUCCUCAUUCAGCGGUAUAUCGUAGAGUCGGGACAGGGAGUACACCAGGCAGGCGUAGCCAGCUGCACUGGAUGCCAGUCCGGCGGCGGUGGGGAAAUUGUUUACC
.(((((((((((.(.((((.((((.((((....)))).)))).)))))..(((.(.((((((((((.(.......))))).)))).))..).)))))))))))))).............. ( -49.70)
>DroSec_CAF1 72 120 - 1
GCCACCGUCGUCAGCUCCUCACUCAGCGGUAUGUCGUAGAGUCGGGACAGGGAGUACACCAGACAGGCGUAGCCAGCCGCACUGGAUGCCAGUCCGGCGGCGGUGGGGAAAUUGUUAACC
.(((((((((((.(.((((.((((.((((....)))).)))).))))).((.......)).))).(((...))).((((.(((((...))))).)))))))))))).............. ( -51.40)
>DroSim_CAF1 293 120 - 1
GCCACCGUCGUCAGCUCCUCACUCAGCGGUAUGUCGUAGAGUCGGGACAGGGAGUACACCAGGCAGGCGUAGCCAGCUGCACUGGAUGCCAGUCCGGCGGCGGUGGGGAAAUUGUUAACG
.(((((((((((.(.((((.((((.((((....)))).)))).)))))..(((.(.((((((((((.(.......))))).)))).))..).)))))))))))))).............. ( -52.10)
>DroEre_CAF1 670 120 - 1
GCCACCGUCGUUAGCUCCUCAUUCAGCGGUAUAUCGUACAGUCGGGACAGGGAGUACACCAGGCAGGCGUAGCCAGCUGCACUGGAUGCCAGUCCAGCGGCGGUGGGGAAAUUGUUAACC
.(((((((((((.((((((..(((.((.((((...)))).))..)))..))))))......(((.(((((..((((.....))))))))).))).))))))))))).............. ( -45.30)
>DroYak_CAF1 285 120 - 1
GCCACCGUCGUCAGCUCCUCAUUCAGCGGUAUAUCGUACAGGCGGGACAGCGAGUACACCAGGCAGGCGUAGCCAGCUGCACUGGAUGCCAGACCAGCGGCGGUGGGAAAAUUGUUCACC
.((((((((((..(((........)))(((((...((((..((......))..)))).((((((((.(.......))))).)))))))))......)))))))))).............. ( -45.80)
>consensus
GCCACCGUCGUCAGCUCCUCAUUCAGCGGUAUAUCGUAGAGUCGGGACAGGGAGUACACCAGGCAGGCGUAGCCAGCUGCACUGGAUGCCAGUCCGGCGGCGGUGGGGAAAUUGUUAACC
.(((((((((((.(.((((.((((.((((....)))).)))).))))).((.......)).))).(((...))).((((.(((((...))))).)))))))))))).............. (-44.42 = -44.46 +   0.04)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:03:18 2006