Locus 6042

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 15,511,321 – 15,511,441
Length 120
Max. P 0.811438
window9817

overview

Window 7

Location 15,511,321 – 15,511,441
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 93.75
Mean single sequence MFE -54.12
Consensus MFE -47.10
Energy contribution -46.46
Covariance contribution -0.64
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -1.40
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 0.65
SVM RNA-class probability 0.811438
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15511321 120 - 22224390
UCCGCGACUCAGCUGGCAGUGCUCCUCCUCCAGCUCGCAGUCGCUGGUGGAAUUGUGCCCACUGUCCGGACUGAUGUGGCGCAUCUUCUGGGCGGGAGCUGCUAUGGAUCCGGACCUGGC
((((.((..((..(((((((((.(.(((.(((((........))))).)))...).))...(((((((((..((((.....)))).)))))))))..)))))))))..))))))...... ( -50.70)
>DroSec_CAF1 71850 120 - 1
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>DroSim_CAF1 83856 120 - 1
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>DroEre_CAF1 73517 120 - 1
UCCGCGGCUCAGCUGGCAGUGCUCCUCCUCCAGCUCACAGUCGCUGGUGGAGUUGUGCCCACUGUCCGGACUGAUGUGACGCAUCUUCUGGGCGGGAGCUGCUGCGGAUCCGGAUCUGGC
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>DroYak_CAF1 78066 120 - 1
GCCGCGGCUCAGCUGGCAGUGCUCCUCCUCCAGCUCCAAGUCGCUGGUGGAGUUGUGCCCACUGUCCGGACUGAUGUGACGCAUCUUCUGGCCGUUUGCCGCCACGGAUCCGGACCUGGC
(((((......)).))).(..(..((((.(((((........))))).))))..)..)(((..(((((((..((((.....))))(((((((.(....).)))).)))))))))).))). ( -52.30)
>consensus
UCCGCGGCUCAGCUGGCAGUGCUCCUCCUCCAGCUCGCAGUCGCUGGUGGAAUUGUGCCCACUGUCCGGACUGAUGUGGCGCAUCUUCUGGGCGGGAGCUGCUACGGAUCCGGACCUGGC
.((((((((.((((((.((........))))))))...)))))).(((((........)))))(((((((..((((.....)))).(((((((((...))))).)))))))))))..)). (-47.10 = -46.46 +  -0.64)

alignment

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