Locus 6036

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 15,501,982 – 15,502,090
Length 108
Max. P 0.500000
window9809

overview

Window 9

Location 15,501,982 – 15,502,090
Length 108
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.33
Mean single sequence MFE -49.02
Consensus MFE -28.38
Energy contribution -30.32
Covariance contribution 1.94
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -1.67
Structure conservation index 0.58
SVM decision value -0.08
SVM RNA-class probability 0.500000
Prediction OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15501982 108 - 22224390
UGGCCAUGGGAUCAUGCGGCGGG---CGGGUGGAGGCGGUUACCAAGCGGCGGCUGAGCUUCUCCUACGCCGAGGAUCUGUUCGUGGAGAAGUGACCC--AAUGCGGG-------UCAUG
...((((((((((...(((((..---.(((.((((.((((..((....))..))))..)))).))).)))))..)))))...)))))....(((((((--.....)))-------)))). ( -49.90)
>DroSec_CAF1 62489 110 - 1
UGGCCAUGGGAUCCUGCGGCGGG---CGGGUGGAGGCGGUCACCAAGCGGCGGCUGAGCUUCUCCUACGCCGAGGAUCUGUUCGUGGAGAAGUGACCCCCAAUUGGGG-------ACAUG
...((((((((((((.(((((..---.(((.((((.(((((.((....)).)))))..)))).))).))))))))))))...)))))....(((.((((.....))))-------.))). ( -52.20)
>DroSim_CAF1 74824 110 - 1
UGGCCAUGGGAUCCUGCGGCGGG---CGGGUAGAGGCGGUCACCAAGCGGCGGCUGAGCUUCUCCUACGCCGAGGAUCUGUUCGUGGAGAAGUGACCCCGAAUUGGGG-------ACAUG
...((((((((((((.(((((..---.(((.((((((((((.((....)).))))..))))))))).))))))))))))...)))))....(((.((((.....))))-------.))). ( -52.60)
>DroEre_CAF1 64231 108 - 1
UGGCCAUGGGUUCCUGCGGCGGG---CGGGUGGAGGCGGUCACCAAGCGGCGGCUGAGCUUCUCCUACGCCGAGGAUCUGUUCGUGGAGAAGUGACCC--CAUUGGGG-------CUAUG
...(((((..(((((.(((((..---.(((.((((.(((((.((....)).)))))..)))).))).)))))))))...)..)))))....(((.(((--(...))))-------.))). ( -46.90)
>DroYak_CAF1 68765 115 - 1
UGGCCAUGGGCUCCUGCGGCGGA---CGGGUGGAGGCGGUCACCAAGCGGCGGCUGAGCUUCUCCUACGCCGAGGAUCUGUUCGUGGAGAAGUGACCC--AGUUGGGGGCUACACCAAUG
(((((((((((((((.(((((..---.(((.((((.(((((.((....)).)))))..)))).))).)))))))))...))))))))....(((.(((--......))).))).)))... ( -51.40)
>DroAna_CAF1 96962 104 - 1
AGGAUCUGAGUCCUUUCGGCCACUUCUCCGCCGAGGCCACCACAAAGCGGCGCCUCAGUUUCUCCUUCUCCGAGGACGUCUUCGUGGAGAAGUGAG---------AAG-------UCCUU
((((((((((....((((((.........))))))(((.(......).)))..))))).((((((((((((((((....))))..))))))).)))---------)))-------)))). ( -41.10)
>consensus
UGGCCAUGGGAUCCUGCGGCGGG___CGGGUGGAGGCGGUCACCAAGCGGCGGCUGAGCUUCUCCUACGCCGAGGAUCUGUUCGUGGAGAAGUGACCC__AAUUGGGG_______ACAUG
...(((((((.((((.(((((......(((.((((((((((.((....)).))))..))))))))).)))))))))....)))))))........(((......)))............. (-28.38 = -30.32 +   1.94)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 12:02:35 2006