Locus 6025

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	15,474,684 – 15,474,791
Length	107
Max. P	0.990385

overview

Window 1

Location	15,474,684 – 15,474,791
Length	107
Sequences	5
Columns	109
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	96.10
Mean single sequence MFE	-19.90
Consensus MFE	-19.94
Energy contribution	-19.54
Covariance contribution	-0.40
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-1.55
Structure conservation index	1.00
SVM decision value	2.21
SVM RNA-class probability	0.990385
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15474684 107 + 22224390
ACAAUAACAAUCAACAGCCCACAAAGCGUUUAACAAAACAAAACUGGGUAUUGAUUUGAUUUAUGGUAAUGAUUUAAUUAAUUCAUUAAUCAGUUGCGUACGUUAUU--
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>DroSec_CAF1 35406 107 + 1
AUAAUAACAAUCAACAGCCCACAAAGCGUUUAACAAAACAAAACUGGGCAUUGAUUUGAUUUAUGGUAAUGAUUUAAUUAAUUCAUUAAUCAGUUGCGUACGUUAUU--
..((((((((((((..(((((......((((....)))).....))))).))))))(((((.((((((((......))))..)))).))))).........))))))-- ( -20.50)
>DroSim_CAF1 33115 107 + 1
ACAAUAACAAUCAACAGCCCACAAAGCGUUUAACAAAACAAAACUGGGCAUUGAUUUGAUUUAUGGUAAUGAUUUAAUUAAUUCAUUAAUCAGUUGCGUACGUUAUU--
..((((((((((((..(((((......((((....)))).....))))).))))))(((((.((((((((......))))..)))).))))).........))))))-- ( -20.60)
>DroEre_CAF1 37200 107 + 1
ACAAUAACAAUCAGCAGCCCACAAAGCGUUUAACAAAACAAAACUGGGUAUUGAUUUGAUUUAUGGUAAUGAUUUAAUUAAUUCAUCAAUCAGUUGCGUAUGUUAUU--
..(((((((....((((((((......((((....)))).....)))))......((((((.((((((((......))))..)))).)))))).)))...)))))))-- ( -20.10)
>DroYak_CAF1 35651 109 + 1
ACAAUAACAAUCAACAGCCCACAAAGCGUUUAGCAAAACAAAACUGGGUAUUGAUUUGAUUUAUGGUAAUGAUUUAAUUAACUCAUUAAUCAGCUGCGUACGUUAUUUA
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>consensus
ACAAUAACAAUCAACAGCCCACAAAGCGUUUAACAAAACAAAACUGGGUAUUGAUUUGAUUUAUGGUAAUGAUUUAAUUAAUUCAUUAAUCAGUUGCGUACGUUAUU__
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alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	15,474,684 – 15,474,791
Length	107
Sequences	5
Columns	109
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	96.10
Mean single sequence MFE	-20.58
Consensus MFE	-19.64
Energy contribution	-19.60
Covariance contribution	-0.04
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.14
Structure conservation index	0.95
SVM decision value	0.31
SVM RNA-class probability	0.683497
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15474684 107 - 22224390
--AAUAACGUACGCAACUGAUUAAUGAAUUAAUUAAAUCAUUACCAUAAAUCAAAUCAAUACCCAGUUUUGUUUUGUUAAACGCUUUGUGGGCUGUUGAUUGUUAUUGU
--((((((.........(((((.(((...((((......)))).))).)))))((((((((((((....(((((....))))).....)))).)))))))))))))).. ( -20.40)
>DroSec_CAF1 35406 107 - 1
--AAUAACGUACGCAACUGAUUAAUGAAUUAAUUAAAUCAUUACCAUAAAUCAAAUCAAUGCCCAGUUUUGUUUUGUUAAACGCUUUGUGGGCUGUUGAUUGUUAUUAU
--((((((.........(((((.(((...((((......)))).))).)))))((((((((((((....(((((....))))).....))))).))))))))))))).. ( -22.00)
>DroSim_CAF1 33115 107 - 1
--AAUAACGUACGCAACUGAUUAAUGAAUUAAUUAAAUCAUUACCAUAAAUCAAAUCAAUGCCCAGUUUUGUUUUGUUAAACGCUUUGUGGGCUGUUGAUUGUUAUUGU
--((((((.........(((((.(((...((((......)))).))).)))))((((((((((((....(((((....))))).....))))).))))))))))))).. ( -22.00)
>DroEre_CAF1 37200 107 - 1
--AAUAACAUACGCAACUGAUUGAUGAAUUAAUUAAAUCAUUACCAUAAAUCAAAUCAAUACCCAGUUUUGUUUUGUUAAACGCUUUGUGGGCUGCUGAUUGUUAUUGU
--(((((((...(((..((((((((......))).)))))...(((((((.((((.(((.((...)).))).))))........)))))))..)))....))))))).. ( -16.50)
>DroYak_CAF1 35651 109 - 1
UAAAUAACGUACGCAGCUGAUUAAUGAGUUAAUUAAAUCAUUACCAUAAAUCAAAUCAAUACCCAGUUUUGUUUUGCUAAACGCUUUGUGGGCUGUUGAUUGUUAUUGU
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>consensus
__AAUAACGUACGCAACUGAUUAAUGAAUUAAUUAAAUCAUUACCAUAAAUCAAAUCAAUACCCAGUUUUGUUUUGUUAAACGCUUUGUGGGCUGUUGAUUGUUAUUGU
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alignment

secondary structure

dotplot

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