Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 15,424,249 – 15,424,369 |
Length | 120 |
Max. P | 0.987325 |
Location | 15,424,249 – 15,424,369 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 94.61 |
Mean single sequence MFE | -40.97 |
Consensus MFE | -37.58 |
Energy contribution | -38.38 |
Covariance contribution | 0.81 |
Combinations/Pair | 1.10 |
Mean z-score | -1.10 |
Structure conservation index | 0.92 |
SVM decision value | 0.31 |
SVM RNA-class probability | 0.682900 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 15424249 120 + 22224390 UGGAGCGCAGGAAGCGCUCCAGCUUGUCCGGCUCCAUGUAGACAUCGUCGUCCGCCCGGAUGAACCACUCGAAGCGGUCGAUGUAGUGCUCGUACAUGUAGUACAGCAUCAUGAAGGACU ((((((((.....))))))))....((((.....((((...((((((((((((....))))))(((.(.....).))))))))).(((((.((((.....)))))))))))))..)))). ( -48.60) >DroPse_CAF1 16342 120 + 1 UGGAACGCAGGAAGCGCUCCAGCUUGUUCGGCUCCAUGUACACAUCGUCGUCGGCACGGAUAAACCACUCGAAGCGGUCGAUGUAGUGCUCGUACAUAUAGUACAGCAUCAUGAAGGACU ((((.(((.....))).))))....((((.....((((...(((((((((((((...((.....))..)))..)))).)))))).(((((.((((.....)))))))))))))..)))). ( -34.70) >DroSec_CAF1 14412 120 + 1 UGGAGCGCAGGAAGCGCUCCAGCUUGUCCGGCUCCAUGUAGACAUCGUCGUCCGCCCGGAUGAACCACUCGAAGCGGUCGAUGUAGUGCUCGUACAUGUAGUACAGCAUCAUGAAGGACU ((((((((.....))))))))....((((.....((((...((((((((((((....))))))(((.(.....).))))))))).(((((.((((.....)))))))))))))..)))). ( -48.60) >DroEre_CAF1 13261 120 + 1 UGGAGCGUAGGAAGCGUUCCAGCUUGUCCGGCUCCAUGUAGACAUCGUCGUCCGCCCGAAUGAACCACUCGAAGCGGUCGAUGUAGUGCUCGUACAUGUAGUACAGCAUCAUGAAGGACU ((((((((.....))))))))....((((.(((.((((((((((((((((.((((.(((.((...)).)))..)))).)))))..))).)).)))))).))).((......))..)))). ( -43.60) >DroYak_CAF1 12871 120 + 1 UGGAGCGUAGGAAGCGUUCCAGCUUAUCCGGCUCCAUGUAGACAUCGUCGUCCGCCCGGAUGAACCACUCAAAGCGAUCGAUGUAGUGCUCGUACAUGUAGUACAGCAUCAUGAAGGACU ((((((...((((((......)))..))).)))))).....((((((((((((....)))))).....((.....)).)))))).(((((.((((.....)))))))))........... ( -38.00) >DroPer_CAF1 16275 120 + 1 UGGAACGCAGGAAGCGCUCCAGCUUGUUCGGCUCCAUGUACACAUCGUCGUCGGCACGGAUAAACCACUCGAAGCGGUCGAUGUAGUGUUCGUACAUAUAGUACAGCAUCAUGAAGGACU ((((.(((.....))).))))....((((.....((((...(((((((((((((...((.....))..)))..)))).)))))).(((((.((((.....)))))))))))))..)))). ( -32.30) >consensus UGGAGCGCAGGAAGCGCUCCAGCUUGUCCGGCUCCAUGUAGACAUCGUCGUCCGCCCGGAUGAACCACUCGAAGCGGUCGAUGUAGUGCUCGUACAUGUAGUACAGCAUCAUGAAGGACU ((((((((.....))))))))....((((.....((((...((((((((((((....))))))(((.(.....).))))))))).(((((.((((.....)))))))))))))..)))). (-37.58 = -38.38 + 0.81)
Location | 15,424,249 – 15,424,369 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 94.61 |
Mean single sequence MFE | -44.30 |
Consensus MFE | -39.51 |
Energy contribution | -40.27 |
Covariance contribution | 0.75 |
Combinations/Pair | 1.12 |
Mean z-score | -2.12 |
Structure conservation index | 0.89 |
SVM decision value | 2.07 |
SVM RNA-class probability | 0.987325 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 15424249 120 - 22224390 AGUCCUUCAUGAUGCUGUACUACAUGUACGAGCACUACAUCGACCGCUUCGAGUGGUUCAUCCGGGCGGACGACGAUGUCUACAUGGAGCCGGACAAGCUGGAGCGCUUCCUGCGCUCCA .((((((((((.((((((((.....)))).))))..(((((((((((.....)))))((.(((....))).))))))))...))))))...)))).....(((((((.....))))))). ( -50.70) >DroPse_CAF1 16342 120 - 1 AGUCCUUCAUGAUGCUGUACUAUAUGUACGAGCACUACAUCGACCGCUUCGAGUGGUUUAUCCGUGCCGACGACGAUGUGUACAUGGAGCCGAACAAGCUGGAGCGCUUCCUGCGUUCCA ....(((((((.((((((((.....)))).)))).((((((((((((.....))))).....(((....))).)))))))..)))))))...........(((((((.....))))))). ( -43.90) >DroSec_CAF1 14412 120 - 1 AGUCCUUCAUGAUGCUGUACUACAUGUACGAGCACUACAUCGACCGCUUCGAGUGGUUCAUCCGGGCGGACGACGAUGUCUACAUGGAGCCGGACAAGCUGGAGCGCUUCCUGCGCUCCA .((((((((((.((((((((.....)))).))))..(((((((((((.....)))))((.(((....))).))))))))...))))))...)))).....(((((((.....))))))). ( -50.70) >DroEre_CAF1 13261 120 - 1 AGUCCUUCAUGAUGCUGUACUACAUGUACGAGCACUACAUCGACCGCUUCGAGUGGUUCAUUCGGGCGGACGACGAUGUCUACAUGGAGCCGGACAAGCUGGAACGCUUCCUACGCUCCA .((((((((((.((((((((.....)))).))))..((((((.(((((.((((((...)))))))))))....))))))...))))))...)))).....(((.((.......)).))). ( -42.20) >DroYak_CAF1 12871 120 - 1 AGUCCUUCAUGAUGCUGUACUACAUGUACGAGCACUACAUCGAUCGCUUUGAGUGGUUCAUCCGGGCGGACGACGAUGUCUACAUGGAGCCGGAUAAGCUGGAACGCUUCCUACGCUCCA .((((...((((.(((((((.....)))).)))(((((.((((.....)))))))))))))..))))((((......))))...((((((.(((..(((......))))))...)))))) ( -38.10) >DroPer_CAF1 16275 120 - 1 AGUCCUUCAUGAUGCUGUACUAUAUGUACGAACACUACAUCGACCGCUUCGAGUGGUUUAUCCGUGCCGACGACGAUGUGUACAUGGAGCCGAACAAGCUGGAGCGCUUCCUGCGUUCCA ....(((((((.((((((((.....)))))......(((((((((((.....))))).....(((....))).))))))))))))))))...........(((((((.....))))))). ( -40.20) >consensus AGUCCUUCAUGAUGCUGUACUACAUGUACGAGCACUACAUCGACCGCUUCGAGUGGUUCAUCCGGGCGGACGACGAUGUCUACAUGGAGCCGGACAAGCUGGAGCGCUUCCUGCGCUCCA .((((((((((.((((((((.....)))).))))..(((((((((((.....)))))((.(((....))).))))))))...)))))))...))).....(((((((.....))))))). (-39.51 = -40.27 + 0.75)
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