Locus 597

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	1,666,515 – 1,666,687
Length	172
Max. P	0.999857

overview

Window 1

Location	1,666,515 – 1,666,612
Length	97
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	87.78
Mean single sequence MFE	-46.30
Consensus MFE	-41.74
Energy contribution	-41.42
Covariance contribution	-0.32
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-3.16
Structure conservation index	0.90
SVM decision value	4.22
SVM RNA-class probability	0.999840
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1666515 97 + 22224390
-----------------------CCACCGUCAGCAUCCAUGCCUGCAGUCUACAGCUUGCAGUCUGCGGUGGCGCACACCUACCGCAGGAUGCAGGUGGUGUGGUCAGUGUCAGCCUGUU
-----------------------.((((..(.((((((....((((((.(....).))))))..((((((((.(....))))))))))))))).)..)))).(((........))).... ( -39.10)
>DroSec_CAF1 827 97 + 1
-----------------------CCACCAUCAGCAUCCAUGCCUGCAGUCUACAGCUUGCAGUCUGCGGUGGCGCACACCUACCGCAGGAUGCAGGUGGUGUGGUCAGUGUCAGCCUGUU
-----------------------.(((((((.((((((....((((((.(....).))))))..((((((((.(....))))))))))))))).))))))).(((........))).... ( -41.70)
>DroSim_CAF1 1707 97 + 1
-----------------------CCACCAUCAGCAUCCAUGCCUGCAGUCUACAGCUUGCAGUCUGCGGUGGCGCACACCUACCGCAGGAUGCAGGUGGUGUGGUCAGUGUCAGCCUGUU
-----------------------.(((((((.((((((....((((((.(....).))))))..((((((((.(....))))))))))))))).))))))).(((........))).... ( -41.70)
>DroEre_CAF1 628 103 + 1
-----------------CACCAGCCACCAUCAGCAUCCAAGCCUGCAGUCUACAGCUUGCAGUCUGCGGUGGCGCACACCCACCGCAGGAUGCAGGUGGUGUGGUCAGCGUCAGCCUGUU
-----------------.((((..(((((((.((((((.((.((((((.(....).)))))).))(((((((.(....)))))))).)))))).)))))))))))((((....).))).. ( -47.30)
>DroYak_CAF1 1811 120 + 1
AUGUAACAGGCAGAAGGCACCAGGCACCAUCAGCAUCCAUGACUGCAGUGUACAGCUUGCAGUCUGCGGUGGCGCACACCUACCGCAGGAUGCAGGUGGUGUGGUCAGUGUCAGCCUGUU
....(((((((....(((((...((((((((.((((((..(((((((((.....)).)))))))((((((((.(....))))))))))))))).)))))))).....))))).))))))) ( -61.70)
>consensus
_______________________CCACCAUCAGCAUCCAUGCCUGCAGUCUACAGCUUGCAGUCUGCGGUGGCGCACACCUACCGCAGGAUGCAGGUGGUGUGGUCAGUGUCAGCCUGUU
........................(((((((.((((((....(((((((.....)).)))))..((((((((.(....))))))))))))))).))))))).(((........))).... (-41.74 = -41.42 +  -0.32)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	1,666,515 – 1,666,612
Length	97
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	87.78
Mean single sequence MFE	-46.62
Consensus MFE	-39.46
Energy contribution	-39.86
Covariance contribution	0.40
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-3.20
Structure conservation index	0.85
SVM decision value	3.57
SVM RNA-class probability	0.999402
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1666515 97 - 22224390
AACAGGCUGACACUGACCACACCACCUGCAUCCUGCGGUAGGUGUGCGCCACCGCAGACUGCAAGCUGUAGACUGCAGGCAUGGAUGCUGACGGUGG-----------------------
..(((.......)))......(((((.((((((((((((.(((....))))))((((.((((.....)))).))))..))).))))))....)))))----------------------- ( -42.10)
>DroSec_CAF1 827 97 - 1
AACAGGCUGACACUGACCACACCACCUGCAUCCUGCGGUAGGUGUGCGCCACCGCAGACUGCAAGCUGUAGACUGCAGGCAUGGAUGCUGAUGGUGG-----------------------
..(((.......)))....(((((.(.((((((((((((.(((....))))))((((.((((.....)))).))))..))).)))))).).))))).----------------------- ( -43.30)
>DroSim_CAF1 1707 97 - 1
AACAGGCUGACACUGACCACACCACCUGCAUCCUGCGGUAGGUGUGCGCCACCGCAGACUGCAAGCUGUAGACUGCAGGCAUGGAUGCUGAUGGUGG-----------------------
..(((.......)))....(((((.(.((((((((((((.(((....))))))((((.((((.....)))).))))..))).)))))).).))))).----------------------- ( -43.30)
>DroEre_CAF1 628 103 - 1
AACAGGCUGACGCUGACCACACCACCUGCAUCCUGCGGUGGGUGUGCGCCACCGCAGACUGCAAGCUGUAGACUGCAGGCUUGGAUGCUGAUGGUGGCUGGUG-----------------
....(((....))).((((..(((((.(((((((((((((((....).)))))))))....((((((((.....))).))))))))))....))))).)))).----------------- ( -47.40)
>DroYak_CAF1 1811 120 - 1
AACAGGCUGACACUGACCACACCACCUGCAUCCUGCGGUAGGUGUGCGCCACCGCAGACUGCAAGCUGUACACUGCAGUCAUGGAUGCUGAUGGUGCCUGGUGCCUUCUGCCUGUUACAU
(((((((.((.....(((((((((.(.((((((((((((.(((....)))))))))(((((((..........)))))))..)))))).).)))))..))))....)).))))))).... ( -57.00)
>consensus
AACAGGCUGACACUGACCACACCACCUGCAUCCUGCGGUAGGUGUGCGCCACCGCAGACUGCAAGCUGUAGACUGCAGGCAUGGAUGCUGAUGGUGG_______________________
..(((.......)))....(((((.(.((((((((((((.(((....)))))))))..(((((..(....)..)))))....)))))).).)))))........................ (-39.46 = -39.86 +   0.40)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	1,666,532 – 1,666,652
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	98.33
Mean single sequence MFE	-57.16
Consensus MFE	-54.80
Energy contribution	-55.04
Covariance contribution	0.24
Combinations/Pair	1.02
Mean z-score	-3.84
Structure conservation index	0.96
SVM decision value	4.27
SVM RNA-class probability	0.999857
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1666532 120 + 22224390
GCCUGCAGUCUACAGCUUGCAGUCUGCGGUGGCGCACACCUACCGCAGGAUGCAGGUGGUGUGGUCAGUGUCAGCCUGUUGCUGCGCGUUAUCAAAUGCAGGAGUUGUAUGCAACAGGCA
(((((..((.((((((((((((((((((.((((.((((((.(((((.....)).))))))))))))).)).)))......)))))(((((....)))))..)))))))).))..))))). ( -56.40)
>DroSec_CAF1 844 120 + 1
GCCUGCAGUCUACAGCUUGCAGUCUGCGGUGGCGCACACCUACCGCAGGAUGCAGGUGGUGUGGUCAGUGUCAGCCUGUUGCUGCGCGUUAUCAAAUGCAGGAGUUGUAUGCAACAGGCA
(((((..((.((((((((((((((((((.((((.((((((.(((((.....)).))))))))))))).)).)))......)))))(((((....)))))..)))))))).))..))))). ( -56.40)
>DroSim_CAF1 1724 120 + 1
GCCUGCAGUCUACAGCUUGCAGUCUGCGGUGGCGCACACCUACCGCAGGAUGCAGGUGGUGUGGUCAGUGUCAGCCUGUUGCUGCGCGUUAUCAAAUGCAGGAGUUGUAUGCAACAGGCA
(((((..((.((((((((((((((((((.((((.((((((.(((((.....)).))))))))))))).)).)))......)))))(((((....)))))..)))))))).))..))))). ( -56.40)
>DroEre_CAF1 651 120 + 1
GCCUGCAGUCUACAGCUUGCAGUCUGCGGUGGCGCACACCCACCGCAGGAUGCAGGUGGUGUGGUCAGCGUCAGCCUGUUGCUGCGCGUUAUCAAAUGCAGGAGUUGUAUGCAACAGGCA
.(((((((.((((((((((((..(((((((((.(....))))))))))..)))))))..))))).).(((.((((.....))))))).........)))))).((((....))))..... ( -59.10)
>DroYak_CAF1 1851 120 + 1
GACUGCAGUGUACAGCUUGCAGUCUGCGGUGGCGCACACCUACCGCAGGAUGCAGGUGGUGUGGUCAGUGUCAGCCUGUUGCUGCGCGUUAUCAAAUGCAGCAGUUGUAUGCAACAGGCA
(((((((((.....)).))))))).(((.((((.((((((.(((((.....)).))))))))))))).)))..(((((((((((((((((....))))).))).......))))))))). ( -57.51)
>consensus
GCCUGCAGUCUACAGCUUGCAGUCUGCGGUGGCGCACACCUACCGCAGGAUGCAGGUGGUGUGGUCAGUGUCAGCCUGUUGCUGCGCGUUAUCAAAUGCAGGAGUUGUAUGCAACAGGCA
(((((..(..((((((((((((((((((.((((.((((((.(((((.....)).))))))))))))).)).)))......)))))(((((....)))))..))))))))..)..))))). (-54.80 = -55.04 +   0.24)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	1,666,532 – 1,666,652
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	98.33
Mean single sequence MFE	-45.30
Consensus MFE	-42.92
Energy contribution	-43.32
Covariance contribution	0.40
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.57
Structure conservation index	0.95
SVM decision value	3.63
SVM RNA-class probability	0.999467
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1666532 120 - 22224390
UGCCUGUUGCAUACAACUCCUGCAUUUGAUAACGCGCAGCAACAGGCUGACACUGACCACACCACCUGCAUCCUGCGGUAGGUGUGCGCCACCGCAGACUGCAAGCUGUAGACUGCAGGC
.(((((((((..........(((............)))))))))))).................((((((..(((((((.(((....)))))))))).((((.....))))..)))))). ( -45.10)
>DroSec_CAF1 844 120 - 1
UGCCUGUUGCAUACAACUCCUGCAUUUGAUAACGCGCAGCAACAGGCUGACACUGACCACACCACCUGCAUCCUGCGGUAGGUGUGCGCCACCGCAGACUGCAAGCUGUAGACUGCAGGC
.(((((((((..........(((............)))))))))))).................((((((..(((((((.(((....)))))))))).((((.....))))..)))))). ( -45.10)
>DroSim_CAF1 1724 120 - 1
UGCCUGUUGCAUACAACUCCUGCAUUUGAUAACGCGCAGCAACAGGCUGACACUGACCACACCACCUGCAUCCUGCGGUAGGUGUGCGCCACCGCAGACUGCAAGCUGUAGACUGCAGGC
.(((((((((..........(((............)))))))))))).................((((((..(((((((.(((....)))))))))).((((.....))))..)))))). ( -45.10)
>DroEre_CAF1 651 120 - 1
UGCCUGUUGCAUACAACUCCUGCAUUUGAUAACGCGCAGCAACAGGCUGACGCUGACCACACCACCUGCAUCCUGCGGUGGGUGUGCGCCACCGCAGACUGCAAGCUGUAGACUGCAGGC
.((((((.(..((((.((...............(((((((.....)))).))).............((((..((((((((((....).)))))))))..)))))).))))..).)))))) ( -47.40)
>DroYak_CAF1 1851 120 - 1
UGCCUGUUGCAUACAACUGCUGCAUUUGAUAACGCGCAGCAACAGGCUGACACUGACCACACCACCUGCAUCCUGCGGUAGGUGUGCGCCACCGCAGACUGCAAGCUGUACACUGCAGUC
.(((((((((.......(((.((..........))))))))))))))...................((((..(((((((.(((....))))))))))..)))).(((((.....))))). ( -43.81)
>consensus
UGCCUGUUGCAUACAACUCCUGCAUUUGAUAACGCGCAGCAACAGGCUGACACUGACCACACCACCUGCAUCCUGCGGUAGGUGUGCGCCACCGCAGACUGCAAGCUGUAGACUGCAGGC
.(((((((((..........(((............)))))))))))).................((((((..(((((((.(((....)))))))))).((((.....))))..)))))). (-42.92 = -43.32 +   0.40)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	1,666,572 – 1,666,687
Length	115
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	95.21
Mean single sequence MFE	-46.30
Consensus MFE	-36.93
Energy contribution	-37.33
Covariance contribution	0.40
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.16
Structure conservation index	0.80
SVM decision value	1.11
SVM RNA-class probability	0.916775
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1666572 115 + 22224390
UACCGCAGGAUGCAGGUGGUGUGGUCAGUGUCAGCCUGUUGCUGCGCGUUAUCAAAUGCAGGAGUUGUAUGCAACAGGCAGGAGGCCCACCGAC---CAAUACAUGCGCAU--CUCAUGC
....(((((((((..(((...(((((.(((...((((.(((((..(((((....)))))....((((....)))).))))).)))).))).)))---))...)))..))))--))..))) ( -46.60)
>DroSec_CAF1 884 115 + 1
UACCGCAGGAUGCAGGUGGUGUGGUCAGUGUCAGCCUGUUGCUGCGCGUUAUCAAAUGCAGGAGUUGUAUGCAACAGGCAGGAGGCCCACCGAC---CAAUACAUGCGCAU--CUCAUGC
....(((((((((..(((...(((((.(((...((((.(((((..(((((....)))))....((((....)))).))))).)))).))).)))---))...)))..))))--))..))) ( -46.60)
>DroSim_CAF1 1764 115 + 1
UACCGCAGGAUGCAGGUGGUGUGGUCAGUGUCAGCCUGUUGCUGCGCGUUAUCAAAUGCAGGAGUUGUAUGCAACAGGCAGGAGGCCCACCGAC---CAAUACAUGCGCAU--CUCAUGC
....(((((((((..(((...(((((.(((...((((.(((((..(((((....)))))....((((....)))).))))).)))).))).)))---))...)))..))))--))..))) ( -46.60)
>DroEre_CAF1 691 115 + 1
CACCGCAGGAUGCAGGUGGUGUGGUCAGCGUCAGCCUGUUGCUGCGCGUUAUCAAAUGCAGGAGUUGUAUGCAACAGGCAGGAGGCCCACCGAC---CCAUACAUGCGCAC--CUCACGC
....(.(((.((((.((((..((((..((.((.(((((((((((((((((....))))).......))).)))))))))..)).))..))))..---))))...))))..)--))).... ( -43.11)
>DroYak_CAF1 1891 120 + 1
UACCGCAGGAUGCAGGUGGUGUGGUCAGUGUCAGCCUGUUGCUGCGCGUUAUCAAAUGCAGCAGUUGUAUGCAACAGGCAGGAGGCCCACCGACCACCAAUACACACGCAUGUGUCAUGC
....(((.((((((((((((((((((.(((...((((.((((((((((((....))))).)).((((....)))).))))).)))).))).))))))....)).))).).)))))).))) ( -48.60)
>consensus
UACCGCAGGAUGCAGGUGGUGUGGUCAGUGUCAGCCUGUUGCUGCGCGUUAUCAAAUGCAGGAGUUGUAUGCAACAGGCAGGAGGCCCACCGAC___CAAUACAUGCGCAU__CUCAUGC
.(((((.....)).)))((((.((((....((.(((((((((((((((((....))))).......))).))))))))).)).))))))))................((((.....)))) (-36.93 = -37.33 +   0.40)

alignment

secondary structure

dotplot

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