Locus 5967

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 15,372,152 – 15,372,253
Length 101
Max. P 0.999908
window9692

overview

Window 2

Location 15,372,152 – 15,372,253
Length 101
Sequences 5
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 88.81
Mean single sequence MFE -39.82
Consensus MFE -35.99
Energy contribution -35.83
Covariance contribution -0.16
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -3.21
Structure conservation index 0.90
SVM decision value 4.49
SVM RNA-class probability 0.999908
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15372152 101 - 22224390
AUGCCUCAUGUUUAUGUAUGUGUGCGACUCCAUGUGGCGGCU----------------AUACGGCUAUAUGGAGCAUACCUAUAGGGUGGGAGCAUCAUGAGCAACAGGCGGCAAUA
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>DroSec_CAF1 14149 101 - 1
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>DroSim_CAF1 7314 101 - 1
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>DroEre_CAF1 12229 115 - 1
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>DroYak_CAF1 4239 99 - 1
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>consensus
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secondary structure

Postscript

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