Locus 5953

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	15,343,391 – 15,343,516
Length	125
Max. P	0.990352

overview

Window 9

Location	15,343,391 – 15,343,497
Length	106
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	83.51
Mean single sequence MFE	-42.85
Consensus MFE	-39.01
Energy contribution	-38.87
Covariance contribution	-0.14
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-4.77
Structure conservation index	0.91
SVM decision value	2.21
SVM RNA-class probability	0.990352
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15343391 106 + 22224390
A---------CGAA--GGAGC---AGCGUCUGUACGGUUGAGUAUUACAUCAGGUACUGGUGUGCCUUAAAUCCAACAACCAGUACUUAUGUCAUACUACGCCGUGCACGGAUCGCACUA
.---------(...--.)...---.(((((((((((((..(((((.((((.((((((((((((............)).)))))))))))))).)))))..)))))))..))).))).... ( -39.80)
>DroVir_CAF1 26137 108 + 1
A---------GCAUCCGCAUC---AGCGUCUGUACGGUUGAGUAUUACAUCAGGUACUGGUGUGCCAUUUAACUAACAACCAGUACUUAUGUCAUACUACGCCGUGCAGUGGGCGCACUA
.---------((..((((...---.))..(((((((((..(((((.((((.((((((((((((............)).)))))))))))))).)))))..))))))))).))..)).... ( -44.90)
>DroGri_CAF1 25416 111 + 1
C---------GAAGCAGCAUCACAAGCGUCUGUACGGUUGAGUAUUACAUCAGGUACUGGUGUGCCAUUUAACCAACAACCAGUACUUAUGUCAUACUACGCCGUGCAGUGGGCGCACUA
.---------...............(((((((((((((..(((((.((((.((((((((((((............)).)))))))))))))).)))))..)))))))))...)))).... ( -43.10)
>DroWil_CAF1 24695 115 + 1
AUCGAACACAGCCG--CUGGC---AGCGCCUGUACGGUUGAGUAUUACAUCAGGUACUGGUGUGCCUUUAAUCCAACAACCAGUACUUAUGUCAUACUACGCCGUGCACGGAUCGCACUA
..........(((.--..)))---.(((((((((((((..(((((.((((.((((((((((((............)).)))))))))))))).)))))..)))))))).))..))).... ( -43.90)
>DroMoj_CAF1 29266 108 + 1
A---------GCAUCAGCAUC---AGCGUCUGUACGGUUGAGUAUUACAUCAGGUACUGGUGUGCCAAUUAACUAACAACCAGUACUUAUGUCAUACUACGCCGUGCAGUGGGCGCACUA
.---------((....))...---.(((((((((((((..(((((.((((.((((((((((((............)).)))))))))))))).)))))..)))))))))...)))).... ( -44.30)
>DroAna_CAF1 2485 97 + 1
--------------------U---GGCGUCUGUACGGCUGAGUAUUACAUCAGGUACUGGUGUGCCUUUAAUCCAACAACCAGUACUUAUGUCAUACUACGCCGUGCACCGAUCGCACUA
--------------------.---.(((((((((((((..(((((.((((.((((((((((((............)).)))))))))))))).)))))..))))))))..)).))).... ( -41.10)
>consensus
A_________GCAG__GCAUC___AGCGUCUGUACGGUUGAGUAUUACAUCAGGUACUGGUGUGCCAUUAAACCAACAACCAGUACUUAUGUCAUACUACGCCGUGCACUGAGCGCACUA
.........................(((((((((((((..(((((.((((.((((((((((((............)).)))))))))))))).)))))..))))))))..)).))).... (-39.01 = -38.87 +  -0.14)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	15,343,391 – 15,343,497
Length	106
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	83.51
Mean single sequence MFE	-36.88
Consensus MFE	-31.36
Energy contribution	-31.08
Covariance contribution	-0.28
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-2.47
Structure conservation index	0.85
SVM decision value	1.24
SVM RNA-class probability	0.934329
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15343391 106 - 22224390
UAGUGCGAUCCGUGCACGGCGUAGUAUGACAUAAGUACUGGUUGUUGGAUUUAAGGCACACCAGUACCUGAUGUAAUACUCAACCGUACAGACGCU---GCUCC--UUCG---------U
.((((((.((.((..((((...(((((.((((..((((((((((((........)))).))))))))...)))).)))))...)))))).))))).---)))..--....---------. ( -33.10)
>DroVir_CAF1 26137 108 - 1
UAGUGCGCCCACUGCACGGCGUAGUAUGACAUAAGUACUGGUUGUUAGUUAAAUGGCACACCAGUACCUGAUGUAAUACUCAACCGUACAGACGCU---GAUGCGGAUGC---------U
....(((.((.(((.((((...(((((.((((..(((((((((((((......))))).))))))))...)))).)))))...)))).)))..((.---...)))).)))---------. ( -40.10)
>DroGri_CAF1 25416 111 - 1
UAGUGCGCCCACUGCACGGCGUAGUAUGACAUAAGUACUGGUUGUUGGUUAAAUGGCACACCAGUACCUGAUGUAAUACUCAACCGUACAGACGCUUGUGAUGCUGCUUC---------G
..(((((.....)))))((.(((((((.((((..(((((((((((((......))))).))))))))...))))....(.(((.(((....))).))).)))))))).))---------. ( -34.50)
>DroWil_CAF1 24695 115 - 1
UAGUGCGAUCCGUGCACGGCGUAGUAUGACAUAAGUACUGGUUGUUGGAUUAAAGGCACACCAGUACCUGAUGUAAUACUCAACCGUACAGGCGCU---GCCAG--CGGCUGUGUUCGAU
..(..((...))..)((((...(((((.((((..((((((((((((........)))).))))))))...)))).)))))...))))((((.(((.---....)--)).))))....... ( -41.30)
>DroMoj_CAF1 29266 108 - 1
UAGUGCGCCCACUGCACGGCGUAGUAUGACAUAAGUACUGGUUGUUAGUUAAUUGGCACACCAGUACCUGAUGUAAUACUCAACCGUACAGACGCU---GAUGCUGAUGC---------U
....(((....(((.((((...(((((.((((..((((((((((((((....)))))).))))))))...)))).)))))...)))).))).))).---...((....))---------. ( -35.40)
>DroAna_CAF1 2485 97 - 1
UAGUGCGAUCGGUGCACGGCGUAGUAUGACAUAAGUACUGGUUGUUGGAUUAAAGGCACACCAGUACCUGAUGUAAUACUCAGCCGUACAGACGCC---A--------------------
..(.(((.((.((..(((((..(((((.((((..((((((((((((........)))).))))))))...)))).)))))..))))))).))))))---.-------------------- ( -36.90)
>consensus
UAGUGCGACCACUGCACGGCGUAGUAUGACAUAAGUACUGGUUGUUGGAUAAAAGGCACACCAGUACCUGAUGUAAUACUCAACCGUACAGACGCU___GAUGC__AUGC_________U
..(((((.....)))))((((((((((.((((..((((((((((((........)))).))))))))...)))).)))))...........)))))........................ (-31.36 = -31.08 +  -0.28)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	15,343,417 – 15,343,516
Length	99
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.88
Mean single sequence MFE	-27.95
Consensus MFE	-26.17
Energy contribution	-26.17
Covariance contribution	0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-3.03
Structure conservation index	0.94
SVM decision value	1.98
SVM RNA-class probability	0.984579
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15343417 99 + 22224390
AGUAUUACAUCAGGUACUGGUGUGCCUUAAAUCCAACAACCAGUACUUAUGUCAUACUACGCCGUGCACGGAUCGCACUAACCGCAUGAC--CA--ACA-ACCA----------------
(((((.((((.((((((((((((............)).)))))))))))))).))))).....((((.......))))............--..--...-....---------------- ( -26.20)
>DroPse_CAF1 2787 118 + 1
AGUAUUACAUCAGGUACUGGUGUGCUUUAAAUCCAACAACCAGUACUUAUGUUAUACUACGCCGUGCACUGAUCGCACUAACCGCAUGCC--AAGACCAAGCCAAAGCCAAAGACAAAGC
(((((.((((.((((((((((((............)).)))))))))))))).)))))..((.((((.......)))).....((.((..--.....)).))....))............ ( -27.30)
>DroGri_CAF1 25447 101 + 1
AGUAUUACAUCAGGUACUGGUGUGCCAUUUAACCAACAACCAGUACUUAUGUCAUACUACGCCGUGCAGUGGGCGCACUAACCGCAUGCC--ACGCCUAC--AAA---------------
(((((.((((.((((((((((((............)).)))))))))))))).)))))..(.((((((((((.........)))).)).)--))).)...--...--------------- ( -32.40)
>DroWil_CAF1 24730 100 + 1
AGUAUUACAUCAGGUACUGGUGUGCCUUUAAUCCAACAACCAGUACUUAUGUCAUACUACGCCGUGCACGGAUCGCACUAACUGCAUGUC--CACACCAUCC------------------
(((((.((((.((((((((((((............)).)))))))))))))).))))).....(((...((((.(((.....)))..)))--).))).....------------------ ( -28.30)
>DroAna_CAF1 2502 110 + 1
AGUAUUACAUCAGGUACUGGUGUGCCUUUAAUCCAACAACCAGUACUUAUGUCAUACUACGCCGUGCACCGAUCGCACUAACCGCAUGCCUCCA--AAAAAAAA--------AACAAAAC
(((((.((((.((((((((((((............)).)))))))))))))).))))).....((((.......))))................--........--------........ ( -26.20)
>DroPer_CAF1 2768 112 + 1
AGUAUUACAUCAGGUACUGGUGUGCUUUAAAUCCAACAACCAGUACUUAUGUUAUACUACGCCGUGCACUGAUCGCACUAACCGCAUGCC--AAGACCAAGCCAAAGCCA------AAGC
(((((.((((.((((((((((((............)).)))))))))))))).)))))..((.((((.......)))).....((.((..--.....)).))....))..------.... ( -27.30)
>consensus
AGUAUUACAUCAGGUACUGGUGUGCCUUAAAUCCAACAACCAGUACUUAUGUCAUACUACGCCGUGCACUGAUCGCACUAACCGCAUGCC__AAGACCAAACCA________________
(((((.((((.((((((((((((............)).)))))))))))))).))))).....((((.......)))).......................................... (-26.17 = -26.17 +   0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	15,343,417 – 15,343,516
Length	99
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.88
Mean single sequence MFE	-33.98
Consensus MFE	-29.20
Energy contribution	-28.98
Covariance contribution	-0.22
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.91
Structure conservation index	0.86
SVM decision value	1.02
SVM RNA-class probability	0.900701
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15343417 99 - 22224390
----------------UGGU-UGU--UG--GUCAUGCGGUUAGUGCGAUCCGUGCACGGCGUAGUAUGACAUAAGUACUGGUUGUUGGAUUUAAGGCACACCAGUACCUGAUGUAAUACU
----------------....-(((--((--(((((((.....(((((.....)))))......)))))))....((((((((((((........)))).))))))))......))))).. ( -30.10)
>DroPse_CAF1 2787 118 - 1
GCUUUGUCUUUGGCUUUGGCUUGGUCUU--GGCAUGCGGUUAGUGCGAUCAGUGCACGGCGUAGUAUAACAUAAGUACUGGUUGUUGGAUUUAAAGCACACCAGUACCUGAUGUAAUACU
(((..(.((..(((....))).)).)..--)))((((.((..(..(.....)..))).))))(((((.((((..((((((((((((........)))).))))))))...)))).))))) ( -38.90)
>DroGri_CAF1 25447 101 - 1
---------------UUU--GUAGGCGU--GGCAUGCGGUUAGUGCGCCCACUGCACGGCGUAGUAUGACAUAAGUACUGGUUGUUGGUUAAAUGGCACACCAGUACCUGAUGUAAUACU
---------------..(--((((..(.--(((..((.....))..)))).)))))......(((((.((((..(((((((((((((......))))).))))))))...)))).))))) ( -32.80)
>DroWil_CAF1 24730 100 - 1
------------------GGAUGGUGUG--GACAUGCAGUUAGUGCGAUCCGUGCACGGCGUAGUAUGACAUAAGUACUGGUUGUUGGAUUAAAGGCACACCAGUACCUGAUGUAAUACU
------------------..(((.((((--.((.((((.....))))....)).)))).)))(((((.((((..((((((((((((........)))).))))))))...)))).))))) ( -31.80)
>DroAna_CAF1 2502 110 - 1
GUUUUGUU--------UUUUUUUU--UGGAGGCAUGCGGUUAGUGCGAUCGGUGCACGGCGUAGUAUGACAUAAGUACUGGUUGUUGGAUUAAAGGCACACCAGUACCUGAUGUAAUACU
....((((--------(((.....--.)))))))((((....(((((.....)))))..))))((((.((((..((((((((((((........)))).))))))))...)))).)))). ( -32.20)
>DroPer_CAF1 2768 112 - 1
GCUU------UGGCUUUGGCUUGGUCUU--GGCAUGCGGUUAGUGCGAUCAGUGCACGGCGUAGUAUAACAUAAGUACUGGUUGUUGGAUUUAAAGCACACCAGUACCUGAUGUAAUACU
(((.------.((((.......))))..--)))((((.((..(..(.....)..))).))))(((((.((((..((((((((((((........)))).))))))))...)))).))))) ( -38.10)
>consensus
________________UGGCUUGGUCUG__GGCAUGCGGUUAGUGCGAUCAGUGCACGGCGUAGUAUGACAUAAGUACUGGUUGUUGGAUUAAAGGCACACCAGUACCUGAUGUAAUACU
.................................((((.....(((((.....))))).))))(((((.((((..((((((((((((........)))).))))))))...)))).))))) (-29.20 = -28.98 +  -0.22)

alignment

secondary structure

dotplot

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