Locus 5950

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 15,341,376 – 15,341,535
Length 159
Max. P 0.763663
window9652 window9653

overview

Window 2

Location 15,341,376 – 15,341,496
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 75.83
Mean single sequence MFE -54.85
Consensus MFE -26.10
Energy contribution -28.28
Covariance contribution 2.17
Combinations/Pair 1.38
Mean z-score -2.00
Structure conservation index 0.48
SVM decision value 0.51
SVM RNA-class probability 0.763663
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15341376 120 - 22224390
AGCCUCCAGUUGAUCCGAGAGUCGGGCUGCAGCUCGCAAUCCUUGAUUGGCCUCCGCCAGCUGCUGCUGCAGGCCGCUCAUCUCCAGCUGGAGCUGACCCUGUCGGUCCAACUGGGCCUG
(((.((((((((....(((((.(((.(((((((..(((......(.(((((....))))))))).))))))).)))))).))..)))))))))))(((...)))(((((....))))).. ( -55.10)
>DroVir_CAF1 23880 120 - 1
AGCCUCCAGCUGAUCGGAGAGCCGGGACGCGGCACGCAGUCCCUGAUUGGCAUCGGCCAAUUGCUGUUGCAAUCCAUUGAUCUCCGACUGCAGCUGGGCCUGCUGCUCCAGCUGUGCCUG
......((((((.(((((((...((((((((...))).))))).(((((.((.((((.....)))).)))))))......)))))))...))))))((((.((((...)))).).))).. ( -52.50)
>DroPse_CAF1 272 120 - 1
CGCCUCCAGCUGGUCGGAGAGGCGCGCCGCCGCCCGCAGUCCCCGAUUGGCCUCCGCCAGCUGCUGCUGCAUGGCCUCCAUUUCCGCCUGCAGUCGGUCCUGCCUGUCCAAGUGGGCCUU
......(((((((.(((((.((((...))))(((...((((...)))))))))))))))))))..((((((.(((..........))))))))).(((((...((.....)).))))).. ( -49.90)
>DroGri_CAF1 22928 120 - 1
GGCCUCCAGCUGAUCGGAGAGACGUGCAGCGGCACGCAGCCCCUGAUUGGCAUCAGCCAGCUGCUGCUGCAGUGCACCCAUUUCGGAUCGCAGCAUCCUAUGCUGCUCCAGCUGCGCCUG
(((...(((((((((.((((...(((((((((((.(((((..(((((....)))))...)))))))))))..)))))...)))).))))(((((((...)))))))...))))).))).. ( -60.10)
>DroMoj_CAF1 26486 120 - 1
GGCCUCCAGCUGAUCGGAGAGCCGGGAUGCGGCACGUAAUCCCUGAUUGGCCUCUGCCAGCUGCUGCUGCAGCGCAUUUAGUUCCGACUGCAGAUGCGCCUGCUGCUCCAACUGGGCCUG
(((((.((((((..(((((.(((((((((((...))).))))).....)))))))).))))))..((.((((((((((((((....))))..)))))).)))).)).......))))).. ( -53.60)
>DroAna_CAF1 275 120 - 1
UGCCUCGAGUUGGUCGGAGAGUCGGGCGGCCGCCCUCAGGCCCUGAUUGGCGUCCGCCAGCUGCUGCUGCAGUCCAAGGAUCUCCGCCUGGAGCACGUCCUGGCGGUCCAGCUGGCUCUG
.(((...((((((.((((((..(.(((((.((((.((((...))))..)))).))))).(((((....)))))....)..)))))(((.(((.....))).))).).))))))))).... ( -57.90)
>consensus
AGCCUCCAGCUGAUCGGAGAGCCGGGCCGCGGCACGCAGUCCCUGAUUGGCCUCCGCCAGCUGCUGCUGCAGUCCAUUCAUCUCCGACUGCAGCUGGCCCUGCCGCUCCAACUGGGCCUG
.....(((((((.(((((((...((...(((((..(((((.......((((....))))))))).)))))...)).....)))))))..((((......)))).....)))))))..... (-26.10 = -28.28 +   2.17)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 15,341,416 – 15,341,535
Length 119
Sequences 6
Columns 119
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.38
Mean single sequence MFE -46.42
Consensus MFE -26.44
Energy contribution -27.95
Covariance contribution 1.51
Combinations/Pair 1.31
Mean z-score -1.57
Structure conservation index 0.57
SVM decision value -0.05
SVM RNA-class probability 0.508991
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15341416 119 - 22224390
CUUACCUUCAUCACGCAACACGGCGAUCGUCUGCUGUCCAGCCUCCAGUUGAUCCGAGAGUCGGGCUGCAGCUCGCAAUCCUUGAUUGGCCUCCGCCAGCUGCUGCUGCAGGCCGCUCA
..........((..((......))(((((.(((..(......)..))).))))).))(((.(((.(((((((..(((......(.(((((....))))))))).))))))).)))))). ( -39.90)
>DroVir_CAF1 23920 119 - 1
CUCACCUUCGUCACGGAGCACGGCUAUGGUUUGCUGUCCAGCCUCCAGCUGAUCGGAGAGCCGGGACGCGGCACGCAGUCCCUGAUUGGCAUCGGCCAAUUGCUGUUGCAAUCCAUUGA
..............((((((((((...((((..(((..((((.....))))..)))..))))((((((((...))).))))).(((((((....))))))))))).)))..)))..... ( -45.80)
>DroGri_CAF1 22968 119 - 1
CUCACCUUCGUCCCGCAGCACGGCUAUCGUCUGCUGUCCGGCCUCCAGCUGAUCGGAGAGACGUGCAGCGGCACGCAGCCCCUGAUUGGCAUCAGCCAGCUGCUGCUGCAGUGCACCCA
.........(((((((((((.(((....))))))))..))).((((........)))).)))(((((((((((.(((((..(((((....)))))...)))))))))))..)))))... ( -48.70)
>DroWil_CAF1 22173 119 - 1
CUCACCUUCAUCCCGUAGAACGGCAAUGGUCUGUUGACCCAAUUCCAAUUGAUCGGAAAGACGUGCUGCCGCCCUCAAGCCCUGAUUGGCCUCGGCCAAUUGUUGCUGCAGACCAGCCA
.....................(((..((((((((........((((........)))).((.(.((....))).)).(((..((((((((....))))))))..)))))))))))))). ( -35.20)
>DroMoj_CAF1 26526 119 - 1
CUCACCUUCGUCGCGCAGCACAGCGAUGGCCUGCUGUCCGGCCUCCAGCUGAUCGGAGAGCCGGGAUGCGGCACGUAAUCCCUGAUUGGCCUCUGCCAGCUGCUGCUGCAGCGCAUUUA
.........(.((((((((((((((((.((.(((((((((((((((........)))).)))))...)))))).)).)))......((((....)))))))).)))))).))))..... ( -54.60)
>DroAna_CAF1 315 119 - 1
GUUACCUUCAUCUCGCAGGACAGCAAUGGUCUGUUGUCCUGCCUCGAGUUGGUCGGAGAGUCGGGCGGCCGCCCUCAGGCCCUGAUUGGCGUCCGCCAGCUGCUGCUGCAGUCCAAGGA
....((((..(((((((((((((((......)))))))))))..(((.....)))))))....(((((.((((.((((...))))..)))).))))).(((((....)))))..)))). ( -54.30)
>consensus
CUCACCUUCAUCACGCAGCACGGCAAUGGUCUGCUGUCCAGCCUCCAGCUGAUCGGAGAGACGGGCUGCGGCACGCAAUCCCUGAUUGGCCUCCGCCAGCUGCUGCUGCAGUCCACUCA
..............((((((((((....(.((((.((((.((((((........)))).)).)))).)))))..............((((....)))))))).)))))).......... (-26.44 = -27.95 +   1.51)

alignment

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