Locus 5945

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 15,338,262 – 15,338,407
Length 145
Max. P 0.944375
window9642 window9643 window9644

overview

Window 2

Location 15,338,262 – 15,338,382
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.22
Mean single sequence MFE -50.50
Consensus MFE -28.01
Energy contribution -29.68
Covariance contribution 1.68
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -2.23
Structure conservation index 0.55
SVM decision value 0.52
SVM RNA-class probability 0.768976
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15338262 120 - 22224390
UCGACGAGCUGUUCACCCAGCAUAUUGAUGCUCAGCUGCUUUUCCAGCUGAGCAUCCUGCAGUUGGGUAUUGGCGAGGGUCAGCUCGGAGAUUUGUGAUUCUAGGGAGACGAGACGAUCG
((..((((((....(((((((.....((((((((((((......)))))))))))).....)))))))...(((....)))))))))..)).....((((((..(....).)))..))). ( -50.90)
>DroPse_CAF1 26344 120 - 1
UCGGCCAGCUGAUCGCCCAGAAGGCUGGAGGAGAGCUCCUUCUCCAGCUGGGCGUCCUGCAGCUGGCUGUUGGCCAGGCUGAGCUCCGCGAUGCGCGUCUCGAGGGCCACGAGCUUGUCG
.((((((((((..((((((....((((((((((.....)))))))))))))))).....))))))))))..(((.(((((..((((((.(((....))).)).))))....)))))))). ( -64.20)
>DroSec_CAF1 42869 120 - 1
UCUUCGAGCUGUUCACUCAGCAUAUUGAUGCAGAGCUGCUUCUCCAGCUGAGUAUCCUCCAGCUGGGUAUUGGUGAGGGUCAGCUCAGCGAUUUGUGAUUCUAGAGAGACGAGGCGAUCG
.....((((((..(.((((.((....((.(((....))).))((((((((((....)).))))))))...)).)))))..))))))..(((((..((.(((....))).))....))))) ( -39.50)
>DroEre_CAF1 18594 120 - 1
UCGACGAGCUGUUCACCGAGCAAAUUGAUGCUCAGCUGCUUCUCCAGCUGAGCAUCCUGCAGUUGGGUAUUGGUAAGGGACAGCUCCGAGAUUUGUGAUUCCAGGGAGACGAGACGAUCG
(((..((((((((((((.(((.....((((((((((((......)))))))))))).....))).))).........))))))))))))((((..((.(((....))).))....)))). ( -45.80)
>DroYak_CAF1 19094 120 - 1
UCAACAAGCUGUUCACCCAGCAAGUUGAUGCUCAGCUGCUUCUCCAGCUGAGCAUCCUGCAGUUGGGUAUUGGUGAGUGUCAGCUCCGAGAUUUGUGAUUCUAGGGAGACGAGACGAUCG
.......((((...(((((((..((.((((((((((((......))))))))))))..)).)))))))..))))((.((((.(((((.(((........)))..)))).)..)))).)). ( -47.60)
>DroAna_CAF1 41588 120 - 1
UCCGCCAGCUGCUCGCCCAGGAGGUUGAUGCUCAGCUGCUUCUCCAGCUGGCCGUCCUGGAGCUGGCUGUUGGUCAACGACAGCUCGGAGAUUUGGGCCUCCAGGGAGACGAGGCGAUCG
..((((...((.((.(((.((((((.((((..((((((......))))))..))))(..((.((((((((((.....))))))).)))...))..))))))).))).)))).)))).... ( -55.00)
>consensus
UCGACGAGCUGUUCACCCAGCAAAUUGAUGCUCAGCUGCUUCUCCAGCUGAGCAUCCUGCAGCUGGGUAUUGGUGAGGGUCAGCUCCGAGAUUUGUGAUUCUAGGGAGACGAGACGAUCG
......(((((((((((((((.....((((((((((((......)))))))))))).....)))))))........))).)))))....((((..((.(((....))).))....)))). (-28.01 = -29.68 +   1.68)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 3

Location 15,338,302 – 15,338,407
Length 105
Sequences 6
Columns 105
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.38
Mean single sequence MFE -40.82
Consensus MFE -19.33
Energy contribution -20.25
Covariance contribution 0.92
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -2.29
Structure conservation index 0.47
SVM decision value -0.03
SVM RNA-class probability 0.520594
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15338302 105 + 22224390
ACCCUCGCCAAUACCCAACUGCAGGAUGCUCAGCUGGAAAAGCAGCUGAGCAUCAAUAUGCUGGGUGAACAGCUCGUCGAAUUGGAGAAGCGCUUGCGCCUCAGC
.......((((((((((...(((.((((((((((((......))))))))))))....))))))))((.....)).....))))).((.(((....))).))... ( -42.00)
>DroPse_CAF1 26384 105 + 1
AGCCUGGCCAACAGCCAGCUGCAGGACGCCCAGCUGGAGAAGGAGCUCUCCUCCAGCCUUCUGGGCGAUCAGCUGGCCGAGCUGGAGACCCGCCUGCGCAUCAGC
.(((((((.....)))))..(((((.(((((((((((((.((.....)).)))))))....)))))).((((((.....)))))).......)))))))...... ( -49.00)
>DroSec_CAF1 42909 105 + 1
ACCCUCACCAAUACCCAGCUGGAGGAUACUCAGCUGGAGAAGCAGCUCUGCAUCAAUAUGCUGAGUGAACAGCUCGAAGAAUUGGAAAAGCGCUUGCGCCUCAGC
.......(((((..(((((((.((....))))))))).((.((.((((.((((....)))).)))).....)))).....)))))....(((....)))...... ( -32.50)
>DroEre_CAF1 18634 105 + 1
UCCCUUACCAAUACCCAACUGCAGGAUGCUCAGCUGGAGAAGCAGCUGAGCAUCAAUUUGCUCGGUGAACAGCUCGUCGAAUUGGAGAAGCGCCUGCGACUCAGC
.......(((((........(((.((((((((((((......))))))))))))....)))(((..((.....))..)))))))).((..((....))..))... ( -37.80)
>DroYak_CAF1 19134 105 + 1
ACACUCACCAAUACCCAACUGCAGGAUGCUCAGCUGGAGAAGCAGCUGAGCAUCAACUUGCUGGGUGAACAGCUUGUUGAAUUGGAGAAGCGCUUGCGCCUCAGC
.......((((((((((...(((.((((((((((((......))))))))))))....))))))))...(((....))).))))).((.(((....))).))... ( -42.40)
>DroAna_CAF1 41628 105 + 1
UCGUUGACCAACAGCCAGCUCCAGGACGGCCAGCUGGAGAAGCAGCUGAGCAUCAACCUCCUGGGCGAGCAGCUGGCGGAGCUGGAGAAGCGCCUCCACCUGAGC
..(((....))).(((((((((((((..((((((((......)))))).)).......))))))(....))))))))..((.(((((......))))).)).... ( -41.20)
>consensus
ACCCUCACCAAUACCCAACUGCAGGAUGCUCAGCUGGAGAAGCAGCUGAGCAUCAACAUGCUGGGUGAACAGCUCGUCGAAUUGGAGAAGCGCCUGCGCCUCAGC
..................(((.(((((((.((((((......)))))).)))))....(((.(((((.....(..((...))..).....)))))))).))))). (-19.33 = -20.25 +   0.92)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 4

Location 15,338,302 – 15,338,407
Length 105
Sequences 6
Columns 105
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.38
Mean single sequence MFE -45.60
Consensus MFE -31.13
Energy contribution -31.88
Covariance contribution 0.76
Combinations/Pair 1.34
Mean z-score -2.70
Structure conservation index 0.68
SVM decision value 1.34
SVM RNA-class probability 0.944375
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 15338302 105 - 22224390
GCUGAGGCGCAAGCGCUUCUCCAAUUCGACGAGCUGUUCACCCAGCAUAUUGAUGCUCAGCUGCUUUUCCAGCUGAGCAUCCUGCAGUUGGGUAUUGGCGAGGGU
((..(.((....))((((.((......)).)))).....(((((((.....((((((((((((......)))))))))))).....))))))).)..))...... ( -46.00)
>DroPse_CAF1 26384 105 - 1
GCUGAUGCGCAGGCGGGUCUCCAGCUCGGCCAGCUGAUCGCCCAGAAGGCUGGAGGAGAGCUCCUUCUCCAGCUGGGCGUCCUGCAGCUGGCUGUUGGCCAGGCU
((((((.((....)).))).(((((..(((((((((..((((((....((((((((((.....)))))))))))))))).....))))))))))))))...))). ( -58.80)
>DroSec_CAF1 42909 105 - 1
GCUGAGGCGCAAGCGCUUUUCCAAUUCUUCGAGCUGUUCACUCAGCAUAUUGAUGCAGAGCUGCUUCUCCAGCUGAGUAUCCUCCAGCUGGGUAUUGGUGAGGGU
((((((((....))((((............))))......)))))).(((..((((((((....))))(((((((((....)).)))))))))))..)))..... ( -37.20)
>DroEre_CAF1 18634 105 - 1
GCUGAGUCGCAGGCGCUUCUCCAAUUCGACGAGCUGUUCACCGAGCAAAUUGAUGCUCAGCUGCUUCUCCAGCUGAGCAUCCUGCAGUUGGGUAUUGGUAAGGGA
(((........))).(((..((((((((((..(((((((...)))))....((((((((((((......))))))))))))..)).)))))..)))))..))).. ( -38.60)
>DroYak_CAF1 19134 105 - 1
GCUGAGGCGCAAGCGCUUCUCCAAUUCAACAAGCUGUUCACCCAGCAAGUUGAUGCUCAGCUGCUUCUCCAGCUGAGCAUCCUGCAGUUGGGUAUUGGUGAGUGU
(((((((((....)))))).((((((((((..((((......))))..((.((((((((((((......))))))))))))..)).)))))..)))))..))).. ( -46.00)
>DroAna_CAF1 41628 105 - 1
GCUCAGGUGGAGGCGCUUCUCCAGCUCCGCCAGCUGCUCGCCCAGGAGGUUGAUGCUCAGCUGCUUCUCCAGCUGGCCGUCCUGGAGCUGGCUGUUGGUCAACGA
....((.((((((....)))))).))..((((((.(((.((((((((.(.....((.((((((......))))))))).)))))).)).))).))))))...... ( -47.00)
>consensus
GCUGAGGCGCAAGCGCUUCUCCAAUUCGACGAGCUGUUCACCCAGCAAAUUGAUGCUCAGCUGCUUCUCCAGCUGAGCAUCCUGCAGCUGGGUAUUGGUGAGGGU
...((((((....)))))).((((((((((..((((......)))).....((((((((((((......)))))))))))).....)))))..)))))....... (-31.13 = -31.88 +   0.76)

alignment

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