Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 15,319,660 – 15,319,780 |
Length | 120 |
Max. P | 0.969469 |
Location | 15,319,660 – 15,319,780 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 4 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 73.89 |
Mean single sequence MFE | -51.17 |
Consensus MFE | -29.86 |
Energy contribution | -35.05 |
Covariance contribution | 5.19 |
Combinations/Pair | 1.05 |
Mean z-score | -2.15 |
Structure conservation index | 0.58 |
SVM decision value | 1.64 |
SVM RNA-class probability | 0.969469 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 15319660 120 + 22224390 CGGUGGAGCUGUGGCCGGAUCUCAUAUGCUGCUCGCUAAAUCAGGCGGCGGAGCAGGAUCAACGGCAACUAAUGCAACAGCAGCGGCGAGGGUUGCAGCGGCCGCUCUGGUAGCUGCCAA .((..(.(((((((((((((((....((((.((((((......))))).).)))))))))....((((((..(((..(....)..)))..))))))..)))))))...)))..)..)).. ( -50.00) >DroSec_CAF1 396 120 + 1 CGUUGGAGCUGUGGCCGGAUCUCAUGUUCUGCUCGCUAAGUCAGGCGGCGGAGCAGGAUCAACGGCAACUAAUGCAACAGCAGCGGCGAGGGUUGCAGCGGCCGCUCUGGUAGCUGCCAA .((((.(...((.(((((((((..((((((((.((((......)))))))))))))))))..)))).))...).)))).(((((.((.(((((.((....)).))))).)).)))))... ( -56.60) >DroSim_CAF1 205 120 + 1 CGGUGGAGCUGUGGCCGGAUCUCAUGUUCUGCUCGCUAAGUCAGGCGGCGGAGCAGGAUCAACGGCAACUAAUGCAACAGCAGCGGCGAGGGUUGCAGCGGCCGCUCUGGUAGCUGCCAA .((..(.(((((((((((((((..((((((((.((((......)))))))))))))))))....((((((..(((..(....)..)))..))))))..)))))))...)))..)..)).. ( -56.40) >DroAna_CAF1 18162 90 + 1 UGGC--AGCGGUGG----UGCUCACCUGCAG--------------AGCAGUGGCGGUGUCACUGGCA-GUAGUUCGUCGUCAGUGGC------UGCAGUG---GCUCUGGCAGCCGCCAA ((((--.((((((.----....))))(((((--------------(((....(((((..(((((((.-..........)))))))))------)))....---))))).))))).)))). ( -41.70) >consensus CGGUGGAGCUGUGGCCGGAUCUCAUGUGCUGCUCGCUAAGUCAGGCGGCGGAGCAGGAUCAACGGCAACUAAUGCAACAGCAGCGGCGAGGGUUGCAGCGGCCGCUCUGGUAGCUGCCAA ..........((((((((((((..((((((((.((((......)))))))))))))))))....((((((..(((..(....)..)))..))))))..)))))))..((((....)))). (-29.86 = -35.05 + 5.19)
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